Disease gene identification via linkage analysis and exome sequencing
Bağlantı analizi ve eksom dizileme yöntemleriyle hastalık genlerinin bulunması
- Tez No: 312108
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 125
Özet
Kalıtsal hastalıkların genetik temellerinin ortaya çıkarılması hastalık belirtilerinin altında yatan moleküler mekanizmaları aydınlatır ve genlerin işlevleriyle ilgili bilgi verir. Akraba evliliği yapmış aileler hastalık genlerinin haritalanmasında çok yararlıdır. Ayrıca, genotipleme ve yeni nesil dizileme teknolojilerinde son yıllarda meydana gelen gelişmeler ve bu teknolojilerin maliyetlerinin düşmesi hastalık genleri aramayı oldukça kolaylaştırmıştır. Bu tezde, yeni hastalık genleri belirlenmesi amacıyla, farklı çekinik kalıtımsal hastalık taşıyan üç aile çalışıldı: ataksi, azospermia ve distonya ile seyreden ilerleyici (progresif) miyoklonik epilepsi (progressive myoclonic epilepsy with dystonia, PMED). Ataksi kas hareketlerinde koordinasyon bozukluğu ile tanımlanan bir nörolojik hastalıktır. Bu tezde çalışılan ailede anne-baba akrabadır ve iki hasta erkek kardeş ataksi, spasitisite, lökodistrofi, okülomotor apraksi ve işitme kaybı sergilemektedir. Analizler sonucunda dört aday bölge belirlendi, bölgelerdeki yeni varyantlar eksom dizileme ile araştırıldı ve hastalık geni 3q21.1-22.1'de bulundu. Azospermi erkeklerde semende gözlenebilir spermatozoa bulunmaması durumudur. Bu çalışmada 4p16.2-p16.1 ve 18q12.1'de iki aday bölge bulundu. Bölgelerin eksom dizileme ile incelenmesi sonucunda hastalık geninin 18q12.1'de olduğu saptandı. PMED ailesel miyoklonik çocukluk epilepsisine (FIME, MIM 605021) benzeyen ancak çok daha hızlı ilerleyen yeni bir progresif miyoklonik epilepsi hastalığıdır. Bu çalışmadaki ailede hastalık geninin 16pter-p13.3'te olduğu biliniyordu. TBC1D24 geni ekson 3'te 2 nükleotidlik bir silinme (c.969_970delGT, p.S324TfsX3) bulundu. Bu silinme çerçeve kaymasına sebep olduğundan, biraz aşağısında bir stop kodonu oluştuğu yordandı. Bu mutasyon yalnızca bir transkript izoformunu etkilediğinden izoformların insan beyninin yedi ayrı bölgesindeki göreli anlatımları belirlendi. Bu çalışma sırasında ekson 3'ü içeren iki yeni transkript izoform daha bulundu.
Özet (Çeviri)
Understanding the genetic basis of hereditary diseases elucidates the molecular mechanisms underlying disease manifestations and uncovers valuable information about gene function. Consanguineous families are very useful for mapping hereditary disease loci. In addition, recent advances in the technologies of genotyping arrays and next generation sequencing as well as their decreasing costs made disease gene search easier. In this thesis, three families afflicted with different recessive hereditary diseases, autosomal recessive ataxia, azoospermia and progressive myoclonic epilepsy with dystonia (PMED), were studied. Ataxia is a neurological disorder, mainly characterized by lack of coordination in muscle movements. A consanguineous family with two brothers afflicted by ataxia, associated with spasticity, leukodystrophy, oculomotor apraxia and hearing loss, was studied. Four candidate loci were found, novel variants at the loci were investigated via exome sequencing, and the disease gene was identified at 3q21.1-22.1. Azoospermia is the condition in males where there is no detectable spermatozoon in the semen. Two candidate loci at 4p16.2-p16.1 and 18q12.1 were found, the loci were examined via exome sequencing, and the disease gene was identified at 18q12.1. PMED is a novel form of progressive myoclonic epilepsy, similar to FIME (MIM 605021) but with a much more severe clinical course. The disease locus is at 16pter-p13.3. A 2-bp deletion in exon 3 of TBC1D24, c.969_970delGT (p.S324TfsX3), was identified. The mutation resulted in frameshift and was predicted to lead to a premature termination codon. The mutation was predicted to affect only one isoform and relative expression of different isoforms was assessed in seven different human brain regions. Meanwhile, two novel transcript isoforms, both harboring exon 3, were identified.
Benzer Tezler
- Disease gene identification using linkage and exome analysis
Bağlantı ve ekzom analizi kullanarak hastalık geni keşfi
DERYA YAVUZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Disease gene discovery by linkage mapping and exome analysis
Bağlantı haritalaması ve eksom analizi ile hastalık geni keşfi
ESRA YILDIZ BÖLÜKBAŞI
Doktora
İngilizce
2018
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Limb girdle kas distrofisi fenotipinden sorumlu yeni gen araştırılması
Identification of a locus responsible for limb-girdle muscular dystrophy phenotype
HÜLYA GÜNDEŞLİ
- Disease gene search via linkage mapping and exome sequencing
Bağlantı haritalaması ve eksom dizileme ile hastalık geni arama
ÇİĞDEM KÖROĞLU ALTOK
Doktora
İngilizce
2014
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
DOÇ. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Cancer-testis gene expression as a biomarker of the genetic variation in the one carbon metabolic pathway
Bir karbon metabolik yolundaki genetik farklılıkların belirleyicisi olarak kanser-testis gen ifadesi
AHMET RASİM BARUTÇU
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
