Disease gene search via linkage mapping and exome sequencing
Bağlantı haritalaması ve eksom dizileme ile hastalık geni arama
- Tez No: 371775
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLIHAN TOLUN, DOÇ. DR. SERVER HANDE ÇAĞLAYAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 170
Özet
Bir hastalık geninin tanımlanması hastalık patogenezinin moleküler mekanizmasının anlaşılmasının yanısıra, gen fonksiyonu üzerine bilgimize katkıda bulunması açısından da kilit öneme sahiptir. Bağlantı haritalaması, bir ailede hastalığa yol açan geni içeren genom bölgesini belirlemek için kuvvetli bir yöntemdir. Hastalık lokusu belirlendiğinde, o lokustaki genlerde hastalıkla ilişkili olabilecek varyantlar aranır. Dizileme teknolojilerinde son on yıldaki gelişmeler mutasyon aramayı çok kolaylaştırmıştır; küçük bir ailede bile hastalığa sebep olan mutasyonun belirlenmesi artık mümkündür. Bu çalışmada, beş kalıtımsal hastalıkla ilişkili genler belirlendi. Akraba evliliği yapmış dört Koni ve Çubuk Distrofisi (KÇD) hastalı büyük bir ailede yeni bir hastalık geni olan POC1B'de bir homozigot mutasyon (p.R106P) tanımladık. Büyük bir ailenin Optik Atrofi (OPA) hastası dört bireyinde, diğer bir sentriyol protein kodlayan CEP290 geninde homozigot bir yanlış anlamlı mutasyonu (p.Q21P) belirledik. Ayrıca, bu hastaların üçünde, ACSS3 geninde, hastaların en az ikisinde görülen göz dışı semptomların temelini oluşturabilecek yeni, homozigot ve muhtemelen zararlı bir varyant bulduk. Çalıştığımız diğer üç nörolojik hastalıkta, hepsi homozigot ve güdük proteine yol açan nedensel mutasyonlar bulduk: Amyotrofik Lateral Skleroz (ALS) için ALDH1B1 p.G388EfsX23, Rett Sendromu (RTT) için P2RX6 p.K331EfsX26 ve İnfantil Nöroaksonal Distrofi (INAD) için NALCN p.Q642X. Ayrıca, büyük ailelerde çalışmanın bir zorluğu OPA ailesinde gösterilmiştir: değişken fenotipin temelinde iki hastalık geninin birden olması yatmaktadır. Bulgularımız, yeni nedensel genler belirlediğimiz CORD, OPA, ALS, RTT ve INAD hastalıklarının fenotip spektrumlarını genişletmiş ve yeni hastalık genlerinin işlevlerine ışık tutmuştur. Tanımış olduğumuz genlerin çalıştığımız ailelerle benzer hastalık taşıyan ailelerde mutasyon için taranması o ailelere yarar sağlayabilir.
Özet (Çeviri)
Identification of disease genes is important in understanding the disease mechanisms and in expanding our knowledge on gene function. Linkage mapping is a powerful method to identify the regions in the genome that possibly harbor the gene responsible for the disease. Then, the genes within the identified locus are searched for variants that could be associated with the disease. Whole exome sequencing is an ideal method for this purpose. In this study, causative genes for five inherited disorders were identified. In a consanguineous family with four members afflicted with Cone-Rod Dystrophy (CORD), we identified a homozygous mutation p.R106P in novel disease gene POC1B. We identified homozygous missense mutation p.Q21P in CEP290, encoding another centriolar protein, in four patients afflicted with Optic Atrophy (OPA) in a large inbred family. In three of those patients, we additionally detected a novel and homozygous variant in ACSS3 possibly underlying the extraocular neurological symptoms shared by at least two of the patients. For the other three diseases we studied, identified mutations were all homozygous and truncating: ALDH1B1 p.G388EfsX23 for Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS), P2RX6 p.K331EfsX26 for Rett syndrome and NALCN p.Q642X for Infantile Neuroaxonal Dystrophy. One difficulty in studying large families is demonstrated in OPA family, in which two genes are responsible for the variable phenotype. Our findings expand the spectrums of phenotypes of CORD, OPA, ALS, RTT, and INAD, for which we identified novel causative genes, and shed light onto the functions of the causative, novel genes.
Benzer Tezler
- Disease gene identification via linkage analysis and exome sequencing
Bağlantı analizi ve eksom dizileme yöntemleriyle hastalık genlerinin bulunması
AYŞE GÜVEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Neuron derived exosomes in diagnosis and propagation of alzheimer's disease
Alzheimer hastalığının tanısında ve yayılımında nöron kökenli ekzozomlar
DEVRİM YAĞMUR DURUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
NörolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERMİN GENÇ
- Amyotrofik lateral skleroz (ALS) hastalarında mitokondriyal fonksiyon bozukluğu ile ilgili genleri hedef alan mirna'ların in siliko ve in vitro yöntemlerle araştırılması
In silico and in vitro analysis of mirnas that target genes associated with mitochondrial dysfunction in patients with amyotrophic lateral sclerosis (ALS)
GÜLÇİN BAYKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiYıldız Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞENAY VURAL KORKUT
- Prostat kanseri hücrelerinde rutinin epitelyal mezenkimal geçiş üzerine olan etkisinin belirlenmesi
Determining the effect of routine on epithelial mesenchymal transition in prostate cancer cells
ESRA BAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiKocaeli ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP BETTS
- Çukurova bölgesindeki keratokonus olgularında VSX1 ve LOX genlerinin dizileme yöntemi ile analizi
Sequencing analysis of VSX1 and LOX genes in cases with keratoconus in the Cukurova region
ASTAN IBAYEV
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Göz HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELTEM YAĞMUR