Identification of proteins interacting with tagged-pathogen effector protein in agro-delivered planta
Bitkide agrobakteri ile anlatımı sağlanan patojen efektörünün etkileştiği proteinlerin bulunması
- Tez No: 313700
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA, YRD. DOÇ. ASLIHAN GÜNEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Wheat, yellow rust, Puccinia striiformis f. sp. tritici, FLAG-tag, immunoprecipitation, PstHa2a5, Nicotiana benthamiana, `agrobacterium-mediated gene transformation, Gateway cloning, GFP
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 96
Özet
Buğday, dünyada en önemli besin kaynaklarından biridir. Fakat, fungal patojen Puccinia striiformis f. sp. tritici'nin sebep olduğu sarı pas hastalığı nedeni ile önemli ölçüde ürün kaybı yaşanmaktadır. Hastalığa karşı maliyeti düşük ve kalıcı çözüm, genetik olarak dirençli bitkilerin elde edilmesi ile sağlanabilir. Bunu gerçekleştirmek üzere gerekli olan ilk adım bitki-patojen etkileşimini hücresel ve moleküler seviyede anlamaktır.Bu tez çalışmasında, Puccinia striiformis f. sp. tritici'e ait olası efektör gen PstHa2a5'in rolü ve konakçı faktörlerle olan ilişkisi, sarı pas ile enfekte edilmiş Triticum aestivum L. bitkisinde incelenmiştir. Aday efektör gen, ?FLAG-Tag? proteini genin ?N-terminal? bölgesinde olacak şekilde tasarlanmış ve sentezlettirilmiştir. Sentezlettirilen bu gen, ekspresyon çalışmaları için pJL48-TRBO vektörünün içine klonlanmış ve agrobacterium gen transferi yolu ile Nicotiana benthemiana bitkisine aktarılmıştır. Ekspresyonu sağlanan rekombinant ?FLAG? füzyon proteini saflaştırılmış ve etkileşime giren bir N. benthemiana proteini immunoprespite yöntemi ile ayrıştırılmıştır. Bu etkileşime giren protein kütle spektrometresi ile tanımlanacaktır. Ayrıca, bu aday efektör proteinin hücre içi lokalizasyonu N. benthemiana bitkisinde incelenmiştir. Bu aşamada, PstHa2a5 geni pK7WGF2 ?Gateway? vektörüne klonlanıp agrobacterium gen transferi yolu ile N. benthemiana bitkisine aktarılmış ve hücreiçi lokalizasyon GFP ekspresyonunun belirlenmesi ile tanımlanmıştır.Anathar Kelimeler: Buğday, sarı pas, Puccinia striiformis f. sp. tritici, FLAG-tag, immunoprespite, PstHa2a5, Nicotiana benthamiana, `agrobacterium yolu ile gen transferi', Gateway klonlama, GFP.
Özet (Çeviri)
Wheat is one of the most essential food sources in the world. However, there has been serious yield loss of wheat production due to stripe rust disease caused by the fungal pathogen Puccinia striiformis f. sp. tritici. The cost-effective and long-lasting defense to the disease can be achieved by generating genetically resistant crops against the disease forming pathogens. To accomplish this, first step is to acquire knowledge in the plant pathogen interactions of the crop and the pathogen of interests at the cellular and the molecular level.In this thesis research, PstHa2a5 candidate effector gene from Puccinia striiformis f.sp. tritici is investigated to identify its role and interaction between host factors in yellow rust infected Triticum aestivum L. The gene construct was engineered with FLAG-tag fusion at its N-terminus, and synthesized. This construct was cloned into pJL48-TRBO vector for an expression in Nicotiana benthamiana via agrobacterium-mediated gene transformation. The expressed protein structure with FLAG-tag was purified, and immunoprecipitated with one putative N. benthamiana interactor by immunoprecipitation experiments. This candidate interactor protein will be identified with Mass Spectroscopy. In addition to this, subcellular localization of the effector candidate was examined in N. benthamiana plant. This was achieved by cloning PstHa2a5 gene construct in pK7WGF2 gateway destination vector and localization is determined by GFP expression in N. benthamiana after agrobacterium-mediated gene transformation.
Benzer Tezler
- Cloning, transformation and wheat infiltration assay of a Puccinia striiformis f. sp. tritici effector candidate
Bir Puccinia striiformis f. sp. tritici efektör adayının klonlanması, transformasyonu ve buğdayda infiltrasyon analizi
AHMET ÇAĞLAR ÖZKETEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Identification of the interaction partners of anti-apoptotic BAG-1M isoform in breast cancer and breast epithelial cells
Anti-apoptotik BAG-1M izoformunun etkileşim partnerlerinin meme kanseri ve meme epitel hücrelerinde tanımlanması
NİSAN DENİZCE CAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Targeting bag-1S/C-raf interaction for therapeutic intervention in cancer
Bag-1S/C-raf etkileşiminin kanserde terapötik bir yaklaşım olarak kullanılmak üzere hedeflenmesi
ÖZGE TATLI
Doktora
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Identification of interaction between septin3 and p60-katanin (KATNA1) proteins
Septin3 ve p60-katanin (KATNA1) proteinlerinin etkileşiminin aydınlatılması
BURCU SUCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Identification of complexes that interact with tRNA-derived small RNAs by gene expression methods.
tRNA kökenli küçük RNA'larla etkileşen komplekslerin gen ekspresyonu yöntemleriyle belirlenmesi.
SANİYE ELVAN ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL