Cloning, transformation and wheat infiltration assay of a Puccinia striiformis f. sp. tritici effector candidate
Bir Puccinia striiformis f. sp. tritici efektör adayının klonlanması, transformasyonu ve buğdayda infiltrasyon analizi
- Tez No: 338299
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 116
Özet
Puccinia striiformis f. sp. tritici küresel ölçekte en çok zarar veren ve ekonomik önemi olan buğday hastalıklarından birisinin, sarı pas hastalığının nedeni olan patojendir. Mantar ilaçlarının kullanımı hastalığa karşı pratik bir çözüm sunsa da daha verimli, etkili ve çevre problemlerine duyarlı yaklaşımlara gereksinim duyulmaktadır. Bunu başarmak için bitki ve patojen ilişkisi moleküler ve hücresel düzeyde anlaşılmalıdır. Patojen efektörleri bitki-mikrop etkileşiminde moleküler labirentleri keşfetmek için bir anahtardır. Puccinia genomu için sürdürülen sekanslama projelerindeki ilerlemeler ve yeni stratejilerin geliştirilmesiyle beraber araştırmacılar efektör adaylarını bulabilmek ve biyolojik analizlerde test edebilmek için şimdi bir şans yakaladılar. Bu tezde, Puccinia striiformis f. sp. tritici patojenine ait bir efektör adayı, hücre içi konumu saptayabilmek, efektör adayının etkileşime geçtiği konukçul faktörleri belirleyebilmek ve de avirülens testinin yapılabilmesi için ilgili üç ayrı vektöre klonlandı. Biyoinformatik programlarının ve anlatım düzeyi sonuçlarının yardımıyla PstHa15N21 patojen geni (Yin et al., 2009a) bu çalışmanın efektör adayı olarak belirlendi. Efektör geni bir gateway varış vektörü olan pK7FWG2?a hücre içi konumunu agroinfiltrasyon yöntemiyle saptayabilmek için klonlandı. Tip III Salgı Sistemi protein geni içeren vector, pEDV6, ise P. fluorescens (EtHAn) bakterisi yoluyla efektörün buğdaya aktarılmasını sağlamak için kullanıldı, Bu sayede bitkide hiper duyarlı yanıta dayalı avirülanslığın sınanması için çalışılabildi. Son olarak, ilgili gen N-terminus ucunda FLAG başlığı takılı olarak pJL48-TRBO anlatım vektörüne klonlandı. Klonlanan bu yapı daha sonra agroinfiltrasyon yöntemiyle bitkiye aktarılacak ve ko-immunopresipitasyon analizleri ile etkileşen bitki faktörlerinin sonraki çalışmalarda saptanması mümkün olacaktır.
Özet (Çeviri)
The stripe rust pathogen, Puccinia striiformis f. sp. tritici is the causative agent of the yellow (stripe) rust which is globally one of the most devastating and economically significant diseases in wheat. Although using fungicide can present a practical solution against the disease, an efficient, better and environmentally safer approach is needed to grow disease free wheat. To achieve this, better comprehension of the plant-pathogen interaction at the molecular and cellular level is required. The pathogen effectors are the key to discover this molecular maze of the plant-microbe interactions. With the advances in Puccinia genome sequencing projects and development of new strategies, researchers now have a chance to predict and test the candidate effectors on various biological assays. In this thesis, one of the predicted effector candidates from Puccinia striiformis f. sp. tritici is cloned into three different vectors to test for avirulence, to determine subcellular localization and to pull-down the interacting host factors. PSTha15N21 pathogen gene is predicted as an effector candidate using bioinformatic tools and expression data (Yin et al., 2009a). The pathogen effector gene was cloned into a gateway destination vector, pK7FWG2 to study subcellular localization, using agroinfiltration method. The gene construct was also cloned into a pEDV6 vector for avirulence testing by searching the presence of hypersensitive (HR) response using Type III secretion system of P. fluorescens (EtHAn). Lastly, the gene construct with FLAG-tag fusion in its N-terminus site was cloned into pJL48-TRBO expression vector for expressing FLAG-fused protein to perform tagged protein co-immunoprecipitation experiment toward identification of host interacting factors in future studies.
Benzer Tezler
- Cloning and chararacterization of a novel abscisic acid (ABA)-induced HVA22-like protein from Triticum turgidum spp. dicoccoides in response to drought stress
Kuraklık koşulları altında ABA ile indüklenen HVA22-türü bir proteinin yabani buğdaydan (Triticum turgidum ssp. dicoccoides) klonlanması ve karakterizasyonu
ESEN DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiSabancı ÜniversitesiBiyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİKMET BUDAK
- Identification of proteins interacting with tagged-pathogen effector protein in agro-delivered planta
Bitkide agrobakteri ile anlatımı sağlanan patojen efektörünün etkileştiği proteinlerin bulunması
BAYANTES DAGVADORJ
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
YRD. DOÇ. ASLIHAN GÜNEL
- Puccinia striiformis f. sp. tritici aday patojen efektör geninin polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılması ve klonlanması
Başlık çevirisi yok
NASİBE TEKİNER
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiAhi Evran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE ÖĞÜTÇÜ
PROF. DR. MAHİNUR SEZENER AKKAYA
- Ceride-i Havâdis Gazetesinde çıkan haber ve olaylar (1857-1876)
News and events published in Ceride-i Havâdis Newspaper (1857-1876)
AYSEL ÇELİK SONAR
- Aktivitelere dayalı yönetim
Aktivity-based management
ANIL ÖZKAYNAK
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiEndüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. NAHİT SERASLAN