Bazı bakteri türlerinin bor toleranslarının, SDS-PAGE profillerinin belirlenmesi ve bursa-kestelek bor maden yatakları ve çevresinden bor toleransı yüksek bakterilerin izolasyonu
Some bacterial species boron tolerance, SDS-PAGE profiles and bursa-kestelek from boron mineral deposits and the isolation of bacteria with high tolerance
- Tez No: 318300
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Bor, Bakteri, İzolasyon, Tolerans, Protein profil, Boron, Bacteria, Isolation, Tolerance, Protein profile
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Muğla Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Ülkemiz, dünya Bor rezervlerinin % 72'sine sahiptir ve her geçen gün Bor'un önemi gittikçe artmaktadır. Bor elementi bir yarı metal olup, maden, kimya, tarım, ilaç sektörü dâhil birçok alanda kullanılmaktadır. Bunların yanında, göreceli olarak az çalışma yapılmış olmasına rağmen, Bor'un biyolojik olarak da çok öneme sahip olduğu görülmektedir. Bor'un faydalı özelliklerinin yanında belli bir eşik seviyesinin üzerinde zararlı olma durumu da söz konusudur. Bor'un biyolojik öneminin detaylı olarak anlaşılması için yeni moleküler biyoloji yaklaşımları ve model organizmalar kullanılmalıdır. Bu açıdan bakteriler, birçok nedenden dolayı ideal adaylardır. Bor'un bakterilerle olan ilişkisi konusunda yapılan çalışmalar göreceli olarak yetersizdir. Bu yüzden, bu tez çalışmasında, öncelikle türleri bilinen çeşitli bakterilerin Bor toleransları belirlenmiştir. Test edilen 37 farklı mikroorganizma türünde, Borik asit toleransları büyük çoğunlukla 25 mM- 75 mM arasında değişiklik göstermiştir. Sadece iki bakteride tolerans değeri 100 mM borik asit olarak tespit edilmiştir. Bu değer üzerinde hiçbir mikroorganizma üreme göstermemiştir. Dolayısıyla bakteri dünyasında Bor tolerans eşik değeri 100 mM borik asit olarak önerilmiştir. Ayrıca, Bor etkisinin anlaşılabilmesi için, seçilen bakterilerin (n = 18) farklı Bor konsantrasyonarında geliştirilmesinden elde edilen hücrelerden, protein ekstraktları elde edilmiş ve bunlar üzerinde 1D SDS-PAGE analizleri gerçekleştirilmiştir. Bazı durumlarda Bor konsantrasyonuna bağlı ortaya çıkan protein bandları gözlemlenmiştir. Borun sıvı besi yerinde bakteri üremesi üzerine etkisini göstermek amacıyla, 22 farklı türün büyüme eğrileri belirlenmiştir. Ayrıca, Bor toleransı yüksek bakteri izolatları elde edebilmek amacıyla, Bursa Kestelek'te bulunan Bor madeni ve çevresinden, Bor'ca zengin toprak örnekleri toplanmış ve Bor'a tolerans gösteren bakteriler izole edilmiştir. Bu izolatların Bor tolerans değerleri 150-300 mM borik asit arasında değişmektedir. Seçilen Bor toleransı yüksek 10 adet izolatın, 16SrRNA gen dizisi belirlenerek, Pseudomonas, Bacillus, Zhihengliuella ve Exiguobacterium genuslarına ait türler açığa çıkarılmıştır. Bor toleransı yüksek çıkan bazı izolatların, artan Bor konsantrasyonuna bağlı olarak, sıvı besi yerinde büyüme eğrileri belirlenmiş ve bu ortamda da Bor tolerans seviyelerinin yüksek olduğu gösterilmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada, hem türü bilinen bakteriler üzerinde Bor tolerans ve protein profil belirleme deneyleri yapılmış, hem de Bor toleransı yüksek olan yeni bakteri izolatları elde edilmiştir. Bu çalışma, Bor-bakteri ilişkisinin anlaşılabilmesi adına önemli bir boşluğu doldurarak, gelecekteki çalışmalarda kullanılacak veriler üretmiştir.
Özet (Çeviri)
Our country shares 72% of the world Boron reserves and the significance of this element (Boron) has increased with each passing day. Boron is a semi-metal that is used in numerous areas including mining, chemistry, agriculture and pharmacology. In addition, despite the lack of sufficient studies, it is seen that Boron is also important in biology. Besides its beneficial effects, this element is harmful when present above a threshold level. In order to understand the biological importance of Boron in detail, modern molecular biology approaches and model organisms should be employed. The bacteria, in that regard, are the ideal candidates. The scope and number of the studies addressing the Boron-bacteria relationship are relatively insufficient. Thus, in this thesis, firstly the boron tolerances of known bacteria species were determined. Among the 37 different microorganism species tested, Boric acid tolerances have been mostly found within the range of 25 mM- 75 mM. Only for the two of the bacteria, was the tolerance detected to be 100 mM. No microorganisms were able to grow above this level. Consequently, the value of 100 mM boric acid is presented here as the threshold level for Boron tolerance in the bacteria world. Also, in order to elucidate the Boron effect further, the protein extracts were prepared from the cell pellets obtained from the selected bacteria (n = 18) grown with varying concentrations of Boron and SDS-PAGE analyzes were performed. Protein bands were observed in some cases as a function of Boron concentration. To show the effect of Boron on the growth of bacteria in liquid medium, the growth curves of 22 different species were determined. Also, with the goal of obtaining bacteria with high Boron tolerance, the soil samples containing relatively higher levels of boron were collected and from which Boron tolerant bacteria were isolated. The Boron tolerance levels of the bacteria isolates were within the range of 150-300 mM boric acid. 16SrRNA gene sequences of the 10 Boron tolerant isolates selected were determined and the species belonging to Pseudomonas, Bacillus, Zhihengliuella and Exiguobacterium genus were revealed. The growth curves of some of the isolates with higher levels of tolerance were determined in liquid culture as a function of increasing Boron concentration and it was shown as well that Boron tolerance levels are high in such conditions. As a result of this study, the experiments dealing with the determination of Boron tolerance of known bacteria species and the analysis of protein profiles were conducted in addition to obtaining highly Boron tolerant novel bacteria isolates. This study, in conclusion, provides much needed information that will likely fill an important gap in the field in order to be able to understand the boron-bacteria relationship and can certainly be used in future studies.
Benzer Tezler
- Eskişehir-Kırka bor maden yatakları ve çevresinden bor toleransı yüksek bakterilerin izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve bor toleransı ile ilgili genlerin araştırılması
Isolation and characterization of highly boron tolerant bacteria from Eskisehir-Kirka boron mine and surrounding regions and investigation of genes realated to boron tolerance
NİHAN AKGÜÇ
Doktora
Türkçe
2013
BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL
- Sclerotinia sclerotiorum'a karşı bazı bakteri türlerinin biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Determination of biological activity of some bacteria species against Sclerotinia sclerotiorum
ASLI YAVUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ABDURRAHMAN ONARAN
- Statistical evaluation of isolation, identification and antimicrobial susceptibility of some types of bacteria in kidney failure patients
Böbrek yetmezliği hastalarında bazı bakteri türlerinin izolasyonu, tanımlanması ve antimikrobiyal duyarlılıklarının istatistiksel değerlendirilmesi
AHMED HASAN RAHEEM RAHEEM
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EFEHAN ULAŞ
PROF. DR. EFEHAN ULAŞ
- Kirli topraklardan izole edilen bazı bakteri türlerinin etkileriyle ham petrolün biyodegradasyonu
Biodegradation of crude oil by the action of some bacterial species isolated from polluted soils
KHALAF MOHAMMED KHALAF KHALAF
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELDA DÖLARSLAN
PROF. DR. YASSİN HUSSEİN OWAİD AL-JUBOURI
- Tikrit şehir hastanelerindeki diyabetik ayak hastalarından bazı bakteri türlerinin izolasyonu ve tanımı
Isolation and identification of some bacterial species from foot diabetes patients in Tikrit city hospitals
MOHSIN SHAALAN IBRAHIM IBRAHIM
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ RAMAZAN SERDAR ESMER