Quantitave real time (q-RT) - PCR Array analysis of miRNA in endothelial cells exposed laminar flow conditions
Düzenli akış şartlarına maruz kalan endotel hücrelerindeki miRNA? ların qRT-PCR Aray metodu ile analizi
- Tez No: 318632
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURULLAH ARSLAN, YRD. DOÇ. DR. FAHRİ AKBAŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Genetik, Bioengineering, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Aterosklerosis genellikle insandaki atardamar ağının düz bölgelerinden ziyade dallanan ve kıvrılan kısımlarında meydana gelir. Kayma gerilmesi teorisine göre bu bölgesel tercih kayma gerilmesinin farklı olmasından kaynaklanmaktadır. Kan damar içinde akarken damarın iç çeperindeki yüzeye teğetsel bir kuvet uygular. Bu teğetsel basıç kayma gerilmesi olarak adlandırılır. Atardamarın düz bölgelerinde, kayma gerilmesi 15 dyne/cm2 den daha fazladır ve akış düzgündür. Atardamarın dallanan yada kıvrılan bölgelerinde ise kayma gerilmesi 10 dyne/cm2 den daha düşüktür ve akış düzensizdir. Pekçok araştırmalar gösteriyorki, düzensiz akış bölgelerinde oluşan düşük kayma gerilmesi proatherogenik genlerin ifadesinde artışa atheroprotektif genlerin ise azalışına sebebiyet vermiştir. Diğer bir taraftan ise, pek çok araştırma gösteriyorki, düzgün akış bölgelerinde oluşan yüksek kayma gerilmesi DKG tam tersi bir etkiye sahip ve atardamarları aterosklerosis oluşumundan korumakta. Kayma gerilmesinin gen ifadesinde değişiklik sağlaması mekaniktransdüksiyon dediğimiz bir olay sayesinde meydana gelir. Mekaniktrandüksiyonda, endotel hücreler yüzeylerinde bulunan reseptörler sayesinde kayma gerilmesini hissederler sonra onları hücre içi sinyale çevirir ki buda çeşitli sinyal yolaklarını tetikler ve bu sinyal yolaklarının sonunda çeşitli genlerin ifadesinde artış yada azalışa sebebiyet verir.Biz çalışmamızda, kayma gerilmesinin tüm insan genomundaki miRNA'lar üzerindeki etkisine baktık. İlk olarak bir öncekinden daha iyi bir düzgün yüzey akış odacığı ürettik. Düzgün akış deneyi için HUVEClere 24 saat boyunca 12.28 dyne/cm2 kayma gerilmesi uyguladık. Düzensiz akış deneyi için ise düzensiz bir akış oluşturmak için bir basamak koyup aynı prosedüru uyguladık. Konturol grubunu ise 24 saat boyunca statik koşullarda(akışın olmadığı) bekletik. 24 saat sonra düzenli akış ve kontrol deney gruplarındaki HUVEC'leri toplayıp miRNA izolasyonu yaptık ve tüm genom miRNA analizini her bir gurup için miScript miRNA PCR array kiti kullanarak yaptık. 174 miRNA içinde 10 miRNA'nın anlamlı bir şekilde değiştiğini bulduk.
Özet (Çeviri)
In general, atherosclerosis is located in branching and curved regions rather than straight regions of artery tree in human. This locatinal preference is caused from shear stress differences according to shear stress theory. When blood flows in vessel, it applies a tangential force to surface area of vessel inner wall. This tangential pressure is called as shear stress. In straight regions of artery, shear stress is higher than 15dyne/cm2 and flow is laminar. In curved or branching regions of artery, shear stress is lower than 10dyne/cm2 and flow is disturbed. In many researches show that low shear stress(LSS) formed in disturbed flow cause increase of proatherogenic genes expression and decrease atheroprotective genes expression. On the other hand, many researches show high shear stress formed in laminar flow perform opposite effect of LSS and protect arteries from atherosclerosis. Effects of shear stress on gene expressions are provided by mechanotransduction phenomena. In mechanotransduction, endothelial cells sense shear stress magnitude by receptors found in its membrane. Then, it transduce shear stress into internal signal that trigger many signaling pathways and at the end of pathway, it cause increase or decrease some genes expression.In our research, we worked on shear stress effect on miRNA expressions in whole human genome. At first, we produced new parallel plate flow chamber better than previous one. For laminar flow experiment, we applied 12.28 dyne/cm2 shear stress to HUVEC for 24h. For disturbed flow, we placed a step to form disturbed flow and applied same procedure. For control group, HUVECs were waited under static condition (no flow) for 24h. After 24h, laminar and control groups were collected and miRNA isolations of them were done. Whole genome miRNA analysis was done by using miScript miRNA PCR array kit. We found that 10 miRNA were significantly changed among 174 miRNA.
Benzer Tezler
- Glut1 eksikliği sendromunda genetik analizler
Başlık çevirisi yok
CEMRE ÖRNEK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ
- Oral skuamöz hücreli karsinomda thioredoxin interacting protein (TXNIP) geninin metilasyon ve ekspresyon seviyelerinin incelenmesi
Investigation of methylation and expression levels of thioredoxin interacting protein (TXNIP) gene in oral squamous cell carcinoma
İLKER ERDİNÇ ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Kulak Burun ve Boğazİstanbul ÜniversitesiKulak Burun Boğaz ve Baş-Boyun Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT ULUSAN
- Kimerizm analizi için short tandem repeat PCR ve quantıtatıve real tıme PCR yöntemlerinin karşılaştırılması
Comparison of short tandem repeat PCR and quantitative real time PCR methods for chimerism analysis
FİGEN ABATAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA OĞUZ
- Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemi olgularının tanısında yeni bir kombine yaklaşım: Real time pcr ve yüksek çıktılı bac tabanlı moleküler fısh analizleri
A new combined approach at the diagnosis of childhood acute lymphoblastic leukemia patients: Real time pcr and bac based high throughput fish analysis
ZEYNEP İLKAY
- Nöral tüp defektinin gelişiminde matriks metalloproteinazların rolü
Role of matrix metalloproteinases on the development of neural tube defect
MEHMET EDİP AKYOL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
NöroşirürjiVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET ARSLAN