Geri Dön

SINEC: Large scale signaling network topology reconstruction using protein-protein interactions and RNAi data

SINEC: Protein-protein etkileşim ve RNAi verileri kullanarak yüksek ölçekli sinyalleme yolak topolojilerinin oluşturulması

PDF İndir

  1. Tez No: 318812
  2. Yazar: SEYEDSASAN HASHEMİKHABİR
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 53

Özet

Biyolojik sinyalleme yolaklarının topolojilerinin RNA engelleme (RNAi) teknolojisi kullanılaraktespit edilmesi problemi, özellikle yolaktaki tek bir gen susturuldugunda ya dagözlemlendiginde eksik belirtilmis bir problemdir. Buna ek olarak, RNAi verisi ile tutarlıyolak topolojilerinin uzayının gen sayısı ile üssel olarak artması da varolan yöntemleri ancak10-15 genle sınırlamaktadır. Bu tezde, verilen bir RNAi verisini referans bir Vzikseletkilesim agı ile birlestirmeyi önermekteyiz. Sinyalleme yolagı olusturma problemini verilenbir referans ag üzerinde en az sayıda ekleme/silme operasyonu yaparak RNAi verisiile tutarlı hale getirme problemi olarak formalize etmekteyiz. Fakat bu formulasyonun daproblemi kolay bir hale getirmedigini ve olusan problemin NP-complete sınıfında bir problemoldugunu ispatlıyoruz. Bu nedenle bu tezde bu yeni formulasyon için optimum sonucayakın sonuçlar üreten ve yüzlerce gen içeren yolaklar için çalısabilen bir yöntem önermekteyiz.Yöntemimizi sentetik ve gerçek veriler üzerinde dogrulamaktayız. Varolan yöntemlerile kıyaslandıgında önerdigimiz yöntemin daha iyi ölçeklendigini ve biyolojik olarak dahadogru sonuçlar ürettigini gösteriyoruz.

Özet (Çeviri)

Reconstructing the topology of a signaling network by means of RNA interference (RNAi)technology is an underdetermined problem especially when a single gene in the networkis knocked down or observed. In addition, the exponential search space limits the existingmethods to small signaling networks of size 10-15 genes. In this thesis, we propose integratingRNAi data with a reference physical interaction network. We formulate the problem ofsignaling network reconstruction as Vnding the minimum number of edit operations on agiven reference network. The edit operations transform the reference network to a networkthat satisfy the RNAi observations. We show that using a reference network does notsimplify the computational complexity of the problem. Therefore, we propose an approachthat provides near optimal results and can scale well for reconstructing networks up tohundreds of components. We validate the proposed method on synthetic and real datasets.Comparison with the state of the art on real signaling networks shows that the proposedmethodology can scale better and generates biologically signiVcant results.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    400766

    Managing complexity of cellular systems theoretical tools for dynamic modeling of metabolic reaction networks

    Başlık çevirisi yok

    İLKEM EMRAH NİKEREL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyoteknolojiTechnische Universiteit Delft (Delft University of Technology)

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. J. J. HEIJNEN

    DR. P. J. T. VERHEIJEN

  2. Tez No

    66720

    Asenkron transfer modu ve çerçeve aktarma

    Asynchronous transfer mode and frame relay

    HALİT DÖNMEZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜNSEL DURUSOY

  3. Tez No

    39907

    CPM/PERT ile proje planlama ve kontrol

    Project planning and controlling by CPM/PERT

    YEŞİM ALP

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. AYHAN TORAMAN

  4. Tez No

    650721

    Reseptörle etkileşen serin treonin kinaz 4 (RIPK4) ve pleimorfik adenomagen benzeri 2 (PLAGL2) proteinlerinin etkileşimlerinin araştırılması

    Investigation of receptor-interacting serine-threonine kinase 4 (RIPK4) andpleimorphic adenoma gene-like 2 (PLAGL2) proteins interaction

    ASİYE BÜŞRA BOZ ER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DİNÇER

  5. Tez No

    562496

    CHARACTERIZATION OF THE REGULATORY MECHANISMS OF NOD LIKE RECEPTORS IN THE GENERATION OF IMMUNE RESPONSES: REVISITING NLRC4 IN EOSINOPHILIC FUNCTIONS IN VITRO

    BİR EDİNSEL BAĞIŞIKLIK OLAN T2 HÜCRE CEVABININ NOD BENZERİ RESEPTÖRLERİ (NLR) İLE REGÜLASYON MEKANİZMALARININ KARAKTERİZASYONU

    ILGIN AKKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

Geri Dön