SINEC: Large scale signaling network topology reconstruction using protein-protein interactions and RNAi data
SINEC: Protein-protein etkileşim ve RNAi verileri kullanarak yüksek ölçekli sinyalleme yolak topolojilerinin oluşturulması
- Tez No: 318812
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 53
Özet
Biyolojik sinyalleme yolaklarının topolojilerinin RNA engelleme (RNAi) teknolojisi kullanılaraktespit edilmesi problemi, özellikle yolaktaki tek bir gen susturuldugunda ya dagözlemlendiginde eksik belirtilmis bir problemdir. Buna ek olarak, RNAi verisi ile tutarlıyolak topolojilerinin uzayının gen sayısı ile üssel olarak artması da varolan yöntemleri ancak10-15 genle sınırlamaktadır. Bu tezde, verilen bir RNAi verisini referans bir Vzikseletkilesim agı ile birlestirmeyi önermekteyiz. Sinyalleme yolagı olusturma problemini verilenbir referans ag üzerinde en az sayıda ekleme/silme operasyonu yaparak RNAi verisiile tutarlı hale getirme problemi olarak formalize etmekteyiz. Fakat bu formulasyonun daproblemi kolay bir hale getirmedigini ve olusan problemin NP-complete sınıfında bir problemoldugunu ispatlıyoruz. Bu nedenle bu tezde bu yeni formulasyon için optimum sonucayakın sonuçlar üreten ve yüzlerce gen içeren yolaklar için çalısabilen bir yöntem önermekteyiz.Yöntemimizi sentetik ve gerçek veriler üzerinde dogrulamaktayız. Varolan yöntemlerile kıyaslandıgında önerdigimiz yöntemin daha iyi ölçeklendigini ve biyolojik olarak dahadogru sonuçlar ürettigini gösteriyoruz.
Özet (Çeviri)
Reconstructing the topology of a signaling network by means of RNA interference (RNAi)technology is an underdetermined problem especially when a single gene in the networkis knocked down or observed. In addition, the exponential search space limits the existingmethods to small signaling networks of size 10-15 genes. In this thesis, we propose integratingRNAi data with a reference physical interaction network. We formulate the problem ofsignaling network reconstruction as Vnding the minimum number of edit operations on agiven reference network. The edit operations transform the reference network to a networkthat satisfy the RNAi observations. We show that using a reference network does notsimplify the computational complexity of the problem. Therefore, we propose an approachthat provides near optimal results and can scale well for reconstructing networks up tohundreds of components. We validate the proposed method on synthetic and real datasets.Comparison with the state of the art on real signaling networks shows that the proposedmethodology can scale better and generates biologically signiVcant results.
Benzer Tezler
- Managing complexity of cellular systems theoretical tools for dynamic modeling of metabolic reaction networks
Başlık çevirisi yok
İLKEM EMRAH NİKEREL
Doktora
İngilizce
2009
BiyoteknolojiTechnische Universiteit Delft (Delft University of Technology)Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. J. J. HEIJNEN
DR. P. J. T. VERHEIJEN
- Asenkron transfer modu ve çerçeve aktarma
Asynchronous transfer mode and frame relay
HALİT DÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜNSEL DURUSOY
- Reseptörle etkileşen serin treonin kinaz 4 (RIPK4) ve pleimorfik adenomagen benzeri 2 (PLAGL2) proteinlerinin etkileşimlerinin araştırılması
Investigation of receptor-interacting serine-threonine kinase 4 (RIPK4) andpleimorphic adenoma gene-like 2 (PLAGL2) proteins interaction
ASİYE BÜŞRA BOZ ER
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DİNÇER
- CHARACTERIZATION OF THE REGULATORY MECHANISMS OF NOD LIKE RECEPTORS IN THE GENERATION OF IMMUNE RESPONSES: REVISITING NLRC4 IN EOSINOPHILIC FUNCTIONS IN VITRO
BİR EDİNSEL BAĞIŞIKLIK OLAN T2 HÜCRE CEVABININ NOD BENZERİ RESEPTÖRLERİ (NLR) İLE REGÜLASYON MEKANİZMALARININ KARAKTERİZASYONU
ILGIN AKKAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI