Reseptörle etkileşen serin treonin kinaz 4 (RIPK4) ve pleimorfik adenomagen benzeri 2 (PLAGL2) proteinlerinin etkileşimlerinin araştırılması
Investigation of receptor-interacting serine-threonine kinase 4 (RIPK4) andpleimorphic adenoma gene-like 2 (PLAGL2) proteins interaction
- Tez No: 650721
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DİNÇER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
Epidermis, çoğalabilen tek kat bazal keratinositlerden ve bazal katmandan ayrılarak farklılaşma sürecine girmiş suprabazal keratinosit katmanlarından oluşmaktadır. Epidermiste bulunan bu tabakalaşma TGF-beta, WNT, Notch, PI3K ve NF-κB gibi gelişim biyolojisi için önemli yolaklar tarafından düzenlenmektedir. Daha önce Aslan Tip Multiple Pterygium sendromu ile ilişkilendirilen ve epidermal farklılaşmada yer aldığı gösterilen RIPK4'ün moleküler mekanizması tam olarak bilinmemektedir. RIPK4'ün epidermal farklılaşma sürecindeki rolünü aydınlatmaya yönelik olarak, yürütücülüğünü Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Yrd. Doç. Dr. Tuba DİNÇER'in yapmış olduğu KTÜ BAP tarafından desteklenen 9749 nolu proje kapsamında RIPK4 ile insan keratinosit cDNA kütüphanesi büyük ölçekli maya ikili hibrit ile taranmış ve sonucunda 16 proteinin RIPK4 ile etkileştiğine dair bilgi elde edilmiştir. Tespit edilen proteinlerden biri PLAGL2 isimli bir trankripsiyon faktörüdür. RIPK4 ve PLAGL2' nin WNT yolağında rol aldığının daha evvel gösterilmiş olması bu iki proteinin hücresel olaylarda birlikte çalışabileceğine dair ipucu vermektedir. Tezin amacı, RIPK4- PLAGL2 etkileşimini in-vivo koşullarda küçük ölçek maya ikili hibrit ile, sonrasında ko-immünopresipitasyon ve ko-immunofloresan yöntemleri ile doğrulamak ve bu etkileşimden sorumlu domainleri analiz etmektir. Bu doğrultuda, küçük ölçek maya ikili hibrit ile insan RIPK4 ve PLAGL2 proteinlerinin etkileştiği doğrulandı. İki proteinin memeli hücrelerinde de etkileştiği ve bu etkileşimin RIPK4 ün N terminal kinaz domaini ile PLAGL2' nin C terminal domaini üzerinden olduğu ayrıca, RIPK4'ün kinaz aktivitesinin etkileşim için gerekli olduğu gösterildi. İlaveten, RIPK4'ün hücrede PLAGL2 ile birlikte ekspresyonunun PLAGL2'nin çekirdeğe lokalizasyonunu engelleyerek PLAGL2'yi sitoplazmada, hücre iskelet filamanları ve nokta benzeri yapılarda sabitlediği ve bu ko-lokalizasyondan RIPK4'ün kinaz aktivitesi ve C-terminalinin sorumlu olduğu gösterildi.
Özet (Çeviri)
Epidermis is a stratified squamous epithelium, composed of a proliferating basal and differentiated suprabasal keratinocyte layers. Epidermal layers are under the control of different signaling pathways, such as TGF-beta, WNT, PI3K and NF-kB, that are important for development. RIPK4, which we have previously associated with Aslan Type Multiple Pterygium syndrome, regulates the epidermal differentiation. However, there is not enough information about the molecular mechanisms of RIPK4 in this process. Within the context of a BAP9749 Project that was conducted by Asst. Prof. Tuba DİNÇER and supported by KTU Scientific Reaserch Coordination Unit, RIPK4 interacting proteins were aimed to be identified to clarify the role of RIPK4 in epidermal differentiation. For this purpose, human keratinocyte cDNA library was screened by large scale yeast two hybrid system using RIPK4 as bait and sixteen proteins were identified. Among them, transcription factor PLAGL2 was chosen for further analyses since it was previously reported to have a role in WNT signaling pathway similar to the RIPK4. Accordingly within the scope of this thesis; we aimed to verify the interaction of RIPK4 and PLAGL2 and identify the domains responsible for his interaction firstly in yeast with small scale yeast two hybrid system and secondly in mammalian cells by coimmunoprecipitation and co-immunoflourescence experiments. In this context, initially the interaction betwwen RIPK4 and PLAGL2 was shownwith small scale yeast two hybrid in yeast. Then interaction of RIPK4 and PLAGL2 was verifien in mammalian cells by co-immunoprecipitation experiment. Furthermore, N-terminal domain of RIPK4 with intact kinase activity and C-terminal domain of PLAGL2 were found to be responsive from this interaction. In addition immunoflourescence experiment showed that when RIPK4 and PLAGL2 co-expressed RIPK4 prevented nuclear trasnsport of PLAGL2 by keeping PLAGL2 in the cytoskeleton filaments and cytoplasmic dot like structures and RIPK4's kinase activity and C-terminal domain was important for PLAGL2-RIPK4 cytoplasmic co-localization.
Benzer Tezler
- Keratinosit farklılaşmasında rol alan reseptörle etkileşen serin treonin kinaz 4 (RIPK4) ve keratin 14 (KRT14) proteinleri arasındaki etkileşimin araştırılması
Investigation of interactions between receptor interacting serine/threonine protein kinase 4 (RİPK4) and keratin 14 (KRT14) proteins that have a role in keratinocyte differentiation
CEREN SÜMER
Doktora
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TUBA DİNÇER
- Reseptörle etkileşen serin treonin kinaz 4 (RIPK4)'ü sürekli eksprese eden HaCaT hücre hattı oluşturulması
Generation of HaCaT cell line that continually express the receptor interacting serine-threonine kinase (RİPK4)
EDA GÜNEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUBA DİNÇER
- Farelerde liposakkarit ile oluşturulan enflamatuvar hiperaljezi modelinde piropitoz ve nekropitoz inhibitörü nekrosülfonamidin etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of pyroptosis and necropitosis inhibitor necrosulphonamide in the model of liposarcarid-induced inflammatory hyperalgesia in mice
BEYZA ÖZGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiEczacılık Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR TUNÇTAN
- Lipopolisakkartit ile farelerde oluşturulan enflamatuvar hiperaljezinin RİPK1/RİPK3/MLKL nekrozomunun katkısının araştırılması
Investigation of the contribution of RİPK1/RİPK3/MLKL necrosome to inflammatory hyperalgesia induced by lipopolysaccharide in mice
SEDA KURT
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Eczacılık ve FarmakolojiMersin ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR TUNÇTAN
- Expressional protein profiling of MCF-7 breast cancer epithelial cells upon BAG-1 overexpression
BAG-1 proteininin fazla ifade edildiği MCF-7 epitel kanser hücrelerinin proteomik analizi
PINAR ÖZTEPE
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY