Ray: A profile-based approach for homology matching of tandem-ms spectra to sequence databases
Ray: Dizi veritabanlarında tandem ms spektraların homolji eşleşmesini sağlamak amacı ile profile dayalı yaklaşım
- Tez No: 320731
- Danışmanlar: DOÇ. DR. JENS ALLMER, DOÇ. DR. BİLGE KARAÇALI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 62
Özet
Kütle spektrometresi, proteinleri tanımlamak ve miktarını belirmede Proteomiks'te sıkça kullanılan bir araçtır. Birkaç saat içinde, binlerce spektra elde etmek mümkündür. Bilişimsel yöntemler, böylesi yüksek verimliğe sahip çalışmalar hakkında bilgi alınmasını sağlar. Temel olarak iki strateji mevcuttur: veritabanı araması ve de novo sekanslama. Çoğu araştırmacının ilk tercihi veri tabanı aramasıdır; fakat proteindeki en ufak değişiklik bile tanımlanmayı engeller. Böylesi durumlarda, de novo sekanslama kullanılabilir. Fakat, bu yaklaşım spektral kaliteye oldukça bağlı olup, bütün dizi tahminlerini elde etmek oldukça zordur. Veritabanı aramalarına esneklik vermesi amacı ile, peptit dizi etiketleri (PDE) kullanılabilir. PDE belirli kütle bilgisini içeren kısa amino asit dizisidir, fakat hassas PDE'leri elde etmek hala güçtür. Bu nedenle, eğer veritabanında dizi bulunmuyorsa, homoloji aramaları yararlı olabilir. Günümüzde, bazı homoloji arama algoritmaları bulunmaktadır, MS-BLAST, MS-Shotgun, FASTS gibi. Fakat bunlar varolan algoritmaların değiştirilmiş halleridir, mesela BLAST kütle spektrometrik verisine göre modifiye edilmiş ve MS-BLAST adı verilmiştir. Ayrıca, bu algoritmalar, hala kısıtlamaları bulunan de novo sekanslama algoritmalarına dayalı çalışmaktadır. Homoloji aramalarının kapsamını genişletmek amacı ile yeni algoritmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu amaçla, sekans profiline dayalı yeni bir yaklaşıma uygulanmıştır. Sekans profili, verilen MS/MS spektrumunda yer alan olası tüm amino asitlerin frekansını içeren bir tablodur. Elde edilen bu profiller sonra veritabanındaki dizilerle hizalanır. Profiller, PDE'lerden daha spesifiktirler ve öncül iyon kütlesine yada enzim bilgisine dair herhangi bir kısıtlama bulunmamaktadır
Özet (Çeviri)
Mass spectrometry is a tool that is commonly used in proteomics to identify and quantify proteins. Thousands of spectra can be obtained in just few hours. Computational methods enable the analysis of high-throughput studies. There are mainly two strategies: database search and de novo sequencing. Most of the researchers prefer database search as a first choice but any slight changes on protein can prevent identification. In such cases, de novo sequencing can be used. However, this approach highly depends on spectral quality and it is difficult to achieve predictions with full length sequence. Peptide sequence tags (PST) allows some flexibility on database searches. A PST is a short amino acid sequence with certain mass information but obtaining accurate PST is still arduous. In case a sequence is missing in database, homology searches can be useful. There are some homology search algorithms such as MS-BLAST, MS-Shotgun, FASTS. But, they are altered versions of existing algorithms, for example BLAST has been modified for mass spectrometric data and became MS-BLAST. Besides, they are usually coupled with de novo sequencing which still possess limitations. Therefore, there is a need for novel algorithms in order to increase the scope of homology searches. For this purpose, a novel approach that is based on sequence profiles has been implemented. A sequence profile is like a table that contains frequencies of all possible amino acids on a given MS/MS spectrum. Then, they are aligned to sequences in database. Profiles are more specific than PSTs and the requirement for precursor mass restrictions or enzyme information can be removed
Benzer Tezler
- Yer içinin modellenmesi amacıyla sismik kırılma verilerinin tersçözümü
Inversion of seismic refraction data for subsurface modelling
AHMET YOĞURTÇUOĞLU
- Integrated approach for pm characterization: A comparative analyses between ICP-MSMS and pixe, source location, source apportionment and probabilistic health risk assessment
Pm karakterizayonu için entegre yaklaşım: ICP-MSMS ve pixe arasındaki karşılaştırmalı analizler, kaynak yeri, kaynak paylaşımı ve olasılıksal sağlık riski değerlendirmesi
ABDALLAH MUNIR ABDALLAH DAWOOD
Doktora
İngilizce
2018
Çevre MühendisliğiAnadolu ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EFTADE E. GAGA
- Hedef kimyasala duyarlı floresan malzemelerin sentezi ve kimyasal sensörlerde kullanımı
Synthesis of fluorescent materials sensitive to target chemicals and usage in chemical sensors
FEHMİ KARAGÖZ
- Analysis of energy efficiency by coasting application on ertms/etcs fitted railway lines that have different gradient profiles and maximum operating speed
Farklı eğim profillerine ve maksimum hız işletmesine sahip ertms/etcs donanımlı demiryolu hatlarında treni boşa alma uygulaması ile enerji verimliliği analizi
EMRE BÜYÜKAKINCAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Ulaşımİstanbul Teknik ÜniversitesiRaylı Sistemler Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET TURAN SÖYLEMEZ
- Time and frequency domain numerical modeling for ground wave propagation
Yer dalgası yayılımının zaman ve frekans domeninde modellenmesi
FUNDA AKLEMAN
Doktora
İngilizce
2002
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN TOPUZ
