Hidrofobik-polar model protenlerin konformasyon uzaylarının incelenmesi
Investigation of the conformational space of hydrophobic-polar model proteins
- Tez No: 323235
- Danışmanlar: PROF. DR. HANDAN OLĞAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Polimer Bilim ve Teknolojisi, İstatistik, Biophysics, Polymer Science and Technology, Statistics
- Anahtar Kelimeler: AB protein modeli, multikanonik algoritma, 3 boyutlu konformasyon uzayı, dönme tensörü, anizotropi, küresel olmama durumu parametresi, AB protein models, multicanonical algorithm, 3-d configuration space, gyration tensor, anisotropy, asphericity
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
Proteinlerin potansiyel enerji yüzeyleri çok sayıda bölgesel minimum, bariyerler ve topolojik şekillerden oluşur. Proteinin doğal yapısı en düşük enerjiye sahip olduğu için, özellikle yerel minimuma yakın olan enerjiler çok önemlidir, çünkü potansiyel enerji yüzeyi sistemin davranışını tanımlar. Proteinlerin 3 boyutlu konformasyon uzayı yapısının iri taneli örgü dışı bir protein modeli olan AB model ile multikanonik algoritma kullanılarak araştırılması dizilimlerin serbest enerji yüzeyleri ve katlanma karakteristikleri hakkında bilgi verir. Bu çalışmada farklı heteropolimerlerin önce dönme yarıçapı ile konformasyon uzayları çalışılmış, daha sonra dönme tensörü özdeğerlerinden yararlanılarak yazılan küresel olmama durumu ve anizotropi gibi yeni parametreler tanımlanmıştır. Tanımlanan yeni parametrelerle dönme yarıçapıyla elde edilen verilere destekleyici bilgiler bulunmuştur. Gerçek proteinlerden ve yapay peptitlerden bilinen katlanma karakteristikleri gözlemlenmiştir.
Özet (Çeviri)
The configuration space of proteins presents a complex energy profile consisting of numerous local minima, barriers and further topological features. The topography of the energy landscape, especially near the global minimum is of particular importance; this is because the potential energy surface defines the behavior of the system. Within the frame of an effective, coarse-grained hydrophobic-polar protein model, we employ multicanonical algorithm to investigate free-energy landscapes and folding channels. The obtained pictures serve as a useful tool for visualization of the funnel-like structure of considered systems in the configuration space.
Benzer Tezler
- Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking
SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi
ONUR ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Hidrofobik-polar model proteinlerin farklı yüzeylere adsorpsiyonunun incelenmesi
Investigation of the adsorption of hydrophobic-polar model proteins on different surfaces
HAKAN ALABOZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiAnkara ÜniversitesiFizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HANDAN OLĞAR
- Protein yapısının yapay arı kolonisi algoritması ile tahmini
Protein structure prediction with artificial bee colony algorithm
TURGAY BATBAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolErciyes ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CELAL ÖZTÜRK
- Discovery of amino acid compositions and motifs responsible for topological transitions in protein complexes
Protein komplekslerinde topolojik geçişlere sebep olan amino asit yüzdelerinin ve motiflerin keşfi
ERHAN EKMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyofizikSabancı ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CANAN ATILGAN
PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN
- Artificial intelligence based methods for the solution of protein folding problem by using coarse-grained lattice and off-lattice models
Protein katlanma probleminin çözümü için kaba-taneli kafes ve kafes-dışı modelleri kullanan yapay zeka tabanlı yöntemler
BERAT DOĞAN
Doktora
İngilizce
2015
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAMER ÖLMEZ