Geri Dön

Virtual screening and docking of potential Protein Kinase B inhibitors

Potansiyel Protein Kinaz B inhibitörlerinin sanal taraması ve doklanması

PDF İndir

  1. Tez No: 325593
  2. Yazar: SEVAL KENAR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KUTLU ÜLGEN, YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 149

Özet

Bu çalışmada, pankreas ve yumurtalık kanseri vakalarının %30-40'ında aktivasyonu gözlenen protein kinaz B-ß (PKB-ß / AKT-2) için yeni ?ATP rekabetçi? inhibitörlerin moleküler doklanması hedeflenmiştir. AKT-2 proteininin farklı inhibitörlere bağlandığında geçirdiği yapısal değişiklikleri hesaba katmak için iki farklı AKT-2 yapısına, Phase ile üç boyutlu farmakofor filtreleme ve Glide ile çok adımlı doklama ve skorlama uygulanmıştır. CoCoCo molekül kütüphanesi isabet molekülleri (hit) bulmak için taranmıştır. Bu çalışmada kullanılan uygulama ile farmakofor oluşturma ve veritabanı tarama yöntemleri birleştirildi, bağlanma sırasındaki protein yapısal değişikliği iki farklı protein konformasyonu kullanılarak ele alındı, ve aynı zamanda korunmuş su molekülleri aktif bölgeye dahil edilerek çözünme etkisi dikkate alındı. Üst sıradaki moleküllerin AKT-2 ile olan etkileşimleri detaylı olarak analiz edildi ve Glide'ın nihai doklama sonuçları, önceden tanımlanmış inhibitörlerle yapılarına ve kimyalarına göre karşılaştırıldı. Sonuç olarak, on olası inhibitör önerildi ve bu moleküllerin ADME ve PKB-ß' ya seçicilik özellikleri incelendi.

Özet (Çeviri)

This study aims to carry out a molecular docking process of novel ATP competitive inhibitors for protein kinase B-beta (PKBß / AKT-2), activation of which has been observed in 30-40% of ovarian and pancreatic cancers. 3D pharmacophore filtering by Phase and multistep docking and scoring by Glide were applied to two different conformations of AKT-2 to take into account the conformational change upon binding of different inhibitors. The molecule library CoCoCo was screened to find hits. The procedure employed here combines the pharmacophore building and database screening methods, considers the protein conformation change upon binding by using two different protein conformations and also takes into account the solvation effect by including conserved water molecules in the active site. The top ranked molecules were further analyzed according to their interactions with AKT-2 and the final docking results from Glide were compared with previously identified inhibitors based on structure and chemistry. As a main contribution, ten putative inhibitors were proposed and analyzed for absorption, distribution, metabolism, and excretion (ADME) properties and selectivity for PKB-ß.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    883925

    Kanser tedavisi için potansiyel polo-benzeri kinaz 1 (plk1) inhibitörlerinin hesaplamalı yaklaşımlar ile belirlenmesi ve plk1 protein hedefinin biyomoleküler etkileşimleri

    Identification of potential polo-like kinase 1 (plk1) inhibitors for cancer therapy by computational approaches, and biomolecular interactions of polo-like kinase 1 (plk1) protein target

    GÜLCE DAVUTLAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyofizikÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Tıbbi Sistem Biyolojisi Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ FERAH CÖMERT ÖNDER

  2. Tez No

    312126

    Prediction of potential inhibitors against Yersinia yope and Salmonella sope by virtual screening and docking

    Potansiyel Yersinia yope ve Salmonella sope karşıtı inhibitörlerin sanal tarama ve doklama ile tahmini

    GİZEM ÖZBÜYÜKKAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KUTLU ÖZERGİN ÜLGEN

    YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  3. Tez No

    371764

    Identification of TPX inhibitors against pathogen-host interactions

    Patojen-konak hücre etkileşimlerine karşı TPX inhibitörlerinin belirlenmesi

    UTKU DENİZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

    PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN

  4. Tez No

    636315

    Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  5. Tez No

    847291

    Dockıng tabanlı ters sanal tarama ve moleküler dinamik simülasyon ile karvakrol'un potansiyel anti-diyabetik özelliğinin insan hedef proteinlerine etkisinin araştırılması

    Investigation of the efficacy of the potential antidiabetic properties of carvacrol on human target proteins by docking-based inverse virtual screening and molecular dynamic simulation

    NAİL BEŞLİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜLKAN KILIÇ

Geri Dön