Identification of TPX inhibitors against pathogen-host interactions
Patojen-konak hücre etkileşimlerine karşı TPX inhibitörlerinin belirlenmesi
- Tez No: 371764
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ, PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 115
Özet
Antibiyotik direnci ilaca karşı dirençli bakterilerin çoğalmasıyla ciddi bir sağlık sorunu haline gelmiştir. Bu yüzden, bulaşıcı hastalıkla savaşta, yeni ilaç hedeflerinin ve yeni kimyasal yapıların belirlenmesine artan bir ihtiyaç bulunmaktadır. İlaç hedefi olarak kullanılan mekanizmalardan biri patojen-konak hücre etkileşimleridir. Patojenik bakterilerin efektör proteinleri, konak hücreyi tip III salgı sistemi vasıtasıyla istila ederler ve hücresel sinyal mekanizmasını bozarlar. Tiol peroksidaz proteininin tip III salgı sisteminin kurulmasında işlevi olduğunun ve salisilidin açilhydrazit türevlerinin bu proteinin fonksiyonlarını bloke ettiği geçmişteki çalışmalarla gösterilmiştir. Bu çalışmanın amacı sanal tarama ve moleküler kenetleme yöntemleriyle potansiyel Tpx inhibitörleri belirlemektir. Hem mevcut ligand yapılarını hem de protein yapısını temel alan farmakoför modeller oluşturulmuş ve seçilen hipoteze üç boyutlu benzerliğe göre ZINC veri tabanı taranmıştır. Tarama sonucunda elde edilen on bin tane molekülün bağlanma bölgelerini tahmin etmek için Maestro moleküler modelleme paketinin Glide modülü ile moleküler kenetleme gerçekleştirilmiştir. Doklamadan en yüksek skoru elde eden bileşikler, etkinlik katsayıları, gerginlik enerji düzeltimi, emme, dağıtım, metabolizma ve boşaltım (ADME) ve ilaç benzerliği özelliklerine göre detaylı olarak incelenmiştir. Seçilen kümelerin ortak yapıları kullanılarak tekrar tarama yapılmıştır ve 31 tane bileşik yüksek doklama skoru, hipoteze olan uygunluk değerleri ve bağlanma etkinlik indisleri, düşük molekül ağırlığı ve yüksek ağızdan emilim yüzdesi baz alınarak seçilmiştir. İndüklenmiş doklama ve seçicilik analizlerin de yapılarak, n-benzil formamit, 1,2-dimetoksibenzen and fenoksietanol içeren değişik kimyasal yapılardaki sekiz ligand potansiyel Tpx inhibitörleri olarak önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
Antibiotic resistance is a major health issue as due to the emergence of multidrug resistant bacteria. Thus, there is an increasing need for the identification of new drug targets and discovery of novel scaffolds in the combat with infectious diseases. One mechanism that can be targeted is the pathogen-host interaction. Effector proteins of pathogenic bacteria invade the host cell through type III secretion system (T3SS) and disrupt the cellular signaling mechanism. Previous studies demonstrated that thiol peroxidase, Tpx, is functional in the assembly of T3SS and its inhibition by salicylidene acylhydrazides prevents the secretion of pathogenic effectors. The aim of this thesis study is to carry out virtual screening and molecular docking to identify potential Tpx inhibitors. Both ligand-based and structure-based pharmacophore models were developed to screen the ZINC database of 500,000 compounds based on 3D similarity to the chosen pharmacophore hypotheses. Molecular docking of filtered 10,000 compounds was performed with Glide module of Maestro molecular modeling package to predict binding modes of the ligands. Top scoring hits were further analyzed by efficiency indices, strain energy corrections, and their absorption, distribution, metabolism and excretion (ADME) and druglikeness properties. Common scaffolds of the selected clusters were used for substructure search and 31 hits with high docking scores, fitness values to the hypothesis and binding efficiency index (BEI), low molecular weight and high percentage of human oral absorption (HOA) values were obtained. As a final outcome, eight ligands with different chemotypes including n-benzyl formamide, 1,2-dimethoxybenzene and phenoxyethanol were proposed as potential inhibitors of Tpx after induced fit docking and selectivity analysis.
Benzer Tezler
- Identification of by products in hydrogen producing bacteria Rhodobascter sphaeradies OU 001 grown in waste water of a sugar refinery
Şeker fabrikası atık suyundan hidrojen üretebilen Rhadobacter sphaeradies OU 001'in yan ürünlerinin karakterizasyonu
DENİZ ÖZGÜR YİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Lactococcus cinsine ait suşlarda faj dirençlilik sistemlerinin tanımlanması
Identification of phage resistance in genus: Lactococcus
PINAR ŞANLIBABA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Türkiye'de izole edilen lactococcus lactis subsp. lactis suşlarında laktoz fermentasyon yeteneğinin genetik determinantlarının, konjugal aktarımının ve stabilitesinin tanımlanması
Identification of genetic determinants, conjugal transfer and stability of lactose fermentation ability in lactococcus lactis subsp. lactis strains isolated from Turkey
ÇAĞLA TÜKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Identification of the role of p33ING1 protein in the cellular activities of p53 tumor suppressor protein
p33ING1 proteininin p53 tümör baskılıyıcı proteininin hücresel aktiviteleri üzerindeki etkisinin belirlenmesi
N.C. TOLGA EMRE
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN-ATALAY
- Hatay bölgesinde zeytin ağaçlarında görülen bazı virüs hastalıklarının serolojik ve biyolojik yöntemlerle saptanması
Identification of virus diseases of olive trees by using serological and biological methods in Hatay province
GÜLCAN TARLA
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
ZiraatMustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF.DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN