Geri Dön

Analysis of lysosomal neu4 sialidase associated proteins by using mass spectrometry (MS/MS)

Lizozomal neu4 sialidazın etkileşime girdiği proteinlerin kütle spektrometrisi (MS/MS) ile analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 325715
  2. Yazar: SÜLEYMAN CAN ÖZTÜRK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 51

Özet

Sialidazlar glikoproteinlerden, oligosakkaritlerden, ve glikolipitlerden sialik asit gruplarını uzaklaştıran glikohidrolazlardır. Memelilerde 4 adet sialidaz karakterize edilmiştir. Bunlar Neu1 (lizozomal), Neu2 (sitoplazmik), Neu3 (hücre membranı), Neu4 (mitokondriyel/lizozomal) sialidazdır. Sialidazlar birçok metabolik yolakta ve hücresel işleyişlerde rol almaktadır. Sialidazlar başka proteinlerle ilişki kurabilir ya da multiprotein kompleksleri oluşturarak beraber çalışabilir. Örnek olarak, Neu1 hücrede betagalaktosidaz ve katepsin A enzimi ile beraber lizozomda aktiftir. Diğer Neu2, Neu3 ve Neu4 sialidaz enzimlerinin proteinlerle ilişkileri tam olarak tanımlanamamıştır.Çalışmamızda lizozomal Neu4 enziminin ve yanında Neu1 enziminin ilişkili olduğu proteinleri kütle spektrometrisi ile belirleme ve sialidazların yeni rollerini bulmak amaçlandı. Proteinimizin cDNA'sı kalmodulin bağlanma bölgesi ve streptavidin bağlanma bölgesi ile işaretlendi. Anlatım vektörü memeli hücrelerine transfeksiyon yapıldıktan sonra sıralı afinite saflaştırması ile proteinler saflaştırıldı. Sonuç olarak çalışmamızda sialidaz Neu4 ve Neu1 ile ilişkili olan proteinleri, MS/MS vebiyoinformatik analizleri kullanarak tanımladık

Özet (Çeviri)

Sialidases are glycohydrolytic enzymes which remove sialic acid residues from glycoproteins, oligosaccharides and glycolipids. There are 4 different sialidases known in mammalians. These are Neu1 (lysosomal), Neu2 (cytoplasmic), Neu3 (cell membrane) and Neu4 (lysosomal/mitochondrial) sialidase. Sialidases are involved in many metabolic and cellular processes interactioning with another proteins or work together in multiprotein complexes. For example, Neu1 is only active with betagalactosidase and cathepsin A enzyme in lysosome. Interactions of sialidases Neu2,Neu3 and Neu4 enzyme with other proteins remain unknown In our study, we aimed to identify proteins which have interaction with sialidase Neu4 as well as Neu1 by using mass spectrometry analysis to find new possible roles of sialidases. Our bait protein's cDNA was tagged with calmodulin binding protein as well as streptavidin binding protein. After transfection and expression of vectors tomammalian cells, proteins were purified using tandem affinity purification (TAP). We identified some associated proteins with sialidase Neu1 and Neu4 by using MS/MS analysis and bioinformatics.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    387151

    Identification of cytosolic sialidase neu2 associated proteins by mass spectrometric analysis

    Kütle spektrometresi analizi ile sitozolik sialidaz neu2 ile ilişkili proteinlerin tanımlanması

    SEÇİL AKYILDIZ DEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Moleküler Tıpİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE

  2. Tez No

    302376

    Molecular analysis of mammalian NEU4 sialidase gene promoter

    Memeli NEU4 sialidaz gen promotörünün moleküler analizi

    MURAT DELMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TALAT YALÇIN

    DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE

  3. Tez No

    302377

    Brain lipid profiling of triply mouse model with the deficiencies of sialidase Neu1, Neu4 and ß-Hexosaminidase a enzymes

    Sialidaz Neu1 ve Neu4 ile ß-Hekzosaminidaz a enzim eksikliği olan fare modelinde beyin lipid profilinin çikarilmasi

    ZEHRA KEVSER PEKMEZCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. VOLKAN SEYRANTEPE

  4. Tez No

    492562

    Immunohistochemical, biochemical and imaging-mass spectrometric analysis of brain tissues of mice with combined deficiencies of β-hexosaminidase A, sialidase NEU4 and GM2-AP

    Β-hekzosaminidaz A, sialidaz NEU4 ve GM2-AP birleşik eksikliği bulunan fare beyin dokularının immünohistokimyasal, biyokimyasal ve görüntülü-kütle spektrometrik analizi

    ZEHRA KEVSER TİMUR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. VOLKAN SEYRANTEPE

  5. Tez No

    742791

    İdrarda total glikozaminoglikan semi-kantitatif ölçümü için hızlı test yöntemi geliştirilmesi

    Development of rapid test method for semi-quantitative measurement of total glycosaminoglycan in urine

    ÖZNUR ÇOPUR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyokimyaEge Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ESER YILDIRIM SÖZMEN

Geri Dön