Method development for protein identification with maldi-tof/tof by using on-surface digestion
Maldı-tof/tof ile protein tanımlaması için yüzeyde parçalama yöntemini kullanarak metot geliştirme
- Tez No: 325722
- Danışmanlar: PROF. DR. TALAT YALÇIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 68
Özet
Protein tanımlaması ağırlıklı olarak, peptitlerin sıralı kütle spektrometrik verisinin bir protein veri tabanında taranmasıyla gerçekleştirilir. Bu sebeple, proteinler bir parçalama işlemi üzerinden belli bazı endoproteinazlar kullanılarak peptitlere dönüştürülürler. Bu örnek hazırlama basamağında, yüksek aktivitesi ve uygun kütle aralığına sahip ürünlerinden dolayı çoğunlukla tripsin tercih edilir. Solüsyondaki proteinler için solüsyon-içinde parçalama metodu uygulanırken, jele hapsolmuş proteinler jel-içinde parçalama tekniği ile parçalanabilir. Bu geleneksel parçalama metotlarına alternatif olarak proteinlerin, katı yüzeyler üzerine tutturulmuşken de parçalanabildiği gösterilmiştir. Bu çalışmada, yüzeyde parçalama olarak adlandırılan adsorplanmış proteinlerin parçalanma işlemi, hidrofobik ve iyonik adsorbentler kullanılarak farklı proteinler üzerinde kapsamlı olarak incelenmiştir. Ayrıca yüzeyde parçalama sonuçları solüsyoniçinde ve jel-içinde parçalama metodları ile karşılaştırılmıştır. Sonuç olarak yüzeyde parçalama metodu kütle spektrometresi ile protein tanımlamasında uygulanabilir ancak verimi, parçalama öncesi protein tutturulması ve parçalama sonrası peptit geri kazanımı şeklinde ayrı fakat birbiriyle ilişkili iki sürece bağlı olarak bir denemeden diğerine değişiklik gösterebilir. Buna rağmen, yüzeyde parçalama kütle spektrometresi öncesi protein zenginleştirme ve saflaştırma avantajlarına sahiptir. Bu işlemler özellikle çok az miktarda protein içeren örnekler ve etkili bir enzimatik aktivite için gerekli ve mühimdir. Son ve bir o kadar önemli olarak, aynı örnek kaynağından yeni ve farklı peptit sinyalleri elde edilebildiğinden, bu metot diğer parçalama metotlarına tamamlayıcı olarak uygulanabilir
Özet (Çeviri)
Protein identification is predominantly carried out by searching tandem mass spectrometric data of peptides in a protein database. For this reason, proteins are converted to peptides through a digestion process by using some certain endoproteinases. Trypsin is mostly preferred in this sample preparation step due to its high activity and products having appropriate mass range. Whereas in-solution digestion method is applied for the proteins in solution, proteins trapped in the gel can be digested by using in-gel digestion technique. Alternative to these traditional digestion methods, it has been reported that proteins can be digested too while they were adsorbed onto solid surfaces. In this study, digestion process of the adsorbed proteins, namely on-surface digestion is examined widely by using both hydrophobic and ionic adsorbents on different proteins. Results of the on-surface digestion were compared with in-solution digestion and in-gel digestion methods. As a conclusion, on-surface digestion is applicable for the protein identification by mass spectrometry; however, its yield may change from one experiment to another, depending on two separate but related processes: protein adsorption before the digestion and peptide recovery after the digestion. Nevertheless on-surface digestion has the advantages of protein enrichmentand protein purification prior to mass spectrometry. These processes are necessary and significant especially for the samples containing minute amounts of protein and an effective enzymatic activity. Last but not least, this method may be performed complementarily to other digestion methods since new and different peptides may be acquired from the same sample source
Benzer Tezler
- Glikopeptitlerin kütle spektrometrik analizleri için yeni bir biyoanalitik yöntem geliştirilmesi ve insan C1-inhibitör proteininin ayrıntılı bölgeye özgü glikozilasyon analizinin gerçekleştirilmesi
Development of a novel bioanalytical method for mass spectrometric analysis of glycopeptides and achieving in-depth site specific glycosylation analysis of human C1-inhibitor
HACI MEHMET KAYILI
- Alabalıklarda bakteriyel balık patojenlerinin teşhisinde yeni izolasyon ve identifikasyon yöntemlerinin uygulanması
Application of new isolation and identification methods in diagnosis of bacterial fish pathogens in trout
EZGİ DİNÇTÜRK
Doktora
Türkçe
2019
Su Ürünleriİzmir Katip Çelebi ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEVFİK TANSEL TANRIKUL
- Sağlıklı ve meme kanseri hastası kadınların (tedavi almamış, tedavi alan ve tedavi olmuş) serum proteinleri değişiminin 2-d (iki boyutlu) elektroforez ile tespiti
Detection with two dimensional gel electrophoresis the change of serum proteins in breast cancer patients (the untreated group, the treated group and the cured group) and healthy women
CEVAHİR ALTINKAYNAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
BiyokimyaErciyes ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. DUYGU ÖZEL DEMİRALP
YRD. DOÇ. DR. NALAN ÖZDEMİR
- Kütle spektrometrisi ile proteinlerin ubikitinasyon bölgelerinin düşük derişimlerde belirlenmesi
Determination of ubiquitination site of proteins at low concentrations by mass spectrometry
ÜLKÜ GÜLER TOKAT
- Pozitif kan kültürlerinde MALDI-TOF yöntemi kullanılarak hızlı bakteri maya identifikasyonu
Identification of bacteria-yeast / positive blood cultures using MALDI-TOF methodology
CENNET TUĞÇE BİLGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVRİYE GÖNÜLLÜ