Geri Dön

G-proteini-kenetli-reseptörler ve Go proteini arasındaki etkileşimlerin moleküler dinamik simülasyonu ile incelenmesi

Research of interactions between g protein coupled receptors and Go protein with molecular dynamics simulation

  1. Tez No: 852304
  2. Yazar: MEHMET HAKAN ALBAYRAK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CEVDET NACAR
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyofizik, Biophysics
  6. Anahtar Kelimeler: GPCR, dopamin 2 reseptörü, intrasellüler halka 3, Go proteini, GPCR, dopamine 2 receptor, intracellular loop 3, Go protein
  7. Yıl: 2024
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 94

Özet

Amaç: Tezin amacı, G proteini kenetli reseptör (GPCR) yapılarında majör eksik olarak izlenen intrasellüler halka 3 (ICL3) ile Go proteini alfa alt birimi (Gαo) arasındaki etkileşimlerin ikincil yapı tahmin, modelleme, moleküler dinamik (MD) simülasyon ve protein-protein kenetleme yöntemiyle araştırılmasıdır.Gereç ve Yöntem: İkincil yapı tahmin eden yazılımlar, ab-initio ve benzeşim modelleme yazılımları kullanılarak Go proteini ile etkileşebilen insan uzun form dopamin 2 reseptörü (D2R), ICL3 kısmı dahil inaktif halde modellendi. Model, membran, su ve iyonların dahil olduğu sistemle MD simülasyona tabi tutuldu. Go proteini yapısındaki eksikler giderilerek benzeşim modellemesi yardımıyla modellendi ve sulu ortamda MD simülasyona tabi tutuldu. MD simülasyonlar sonrasında D2R ICL3 ve Gαo arasındaki etkileşimler protein-protein kenetleme yöntemiyle tarandı. Bulgular: Elde edilen modellerin kalitesi yazılımlarla değerlendirildi ve MD simülasyon için uygun bulundu. MD simülasyonlar sonrasında modellerin RMSD değerlerine bakılarak plato fazı yakalandığı izlendi ve ardından D2R ICL3 ve Gαo modellerinin protein-protein etkileşimleri araştırıldı. Etkileşim modellerinin içinden D2R ve Gαo'nun membran yerleşimine göre modeller seçildi. Bu modellerin içinden atom çifti mesafesi 3Å içinde kalan modeller D2R ICL3 ve Gαo'nun etkileşebileceği olası modeller olarak değerlendirildi. Sonuç: Elde edilen yapılarda bulunmayan, modellenen D2R ICL3 ile yapısı eksikleriyle bilinen, eksikleri modellenen inaktif formdaki Gαo'nun aktif form öncesinde ligand öncesi bağlanma modeline göre etkileşime girebileceği olası modeller bulunmaktadır.

Özet (Çeviri)

Objective: Objective of thesis is to research interactions between ICL3 of a GPCR which is a major missing loop in GPCR structures and Gαo with secondary structure prediction, protein modelling, MD simulations and protein-protein docking. Material and Methods: ICL3 included D2R which can interact with Go protein modelled with secondary structure prediction programs, ab-initio and homology modelling programs. MD simulation was run with a system of D2R model, membrane, water and ions. Go protein was modeled with eliminated deficiencies on its structure and MD simulation was run with a system of Go protein model and water. After MD simulations, interactions between D2R ICL3 and Gαo were researched with protein-protein docking. Results: The quality of acquired models was evaluated with sofware and models were approved for MD simulations. After MD simulations, it was observed that RMSD values of models was reached plateau phase and then protein-protein interactions between D2R ICL3 and Gαo models were researched. Models were selected from interaction models according to the membrane locations of D2R and Gαo. Possible interaction models of D2R ICL3 and Gαo were evaluated from this group of interaction models according to their distance between atoms coupled within 3Å. Conclusion: D2R ICL3 which is not located in acquired structures was modeled and Gαo which is known structures has missing parts was modeled in inactive form as a whole has possible interaction models which agree with pre-coupled model.

Benzer Tezler

  1. Evolutionary identification of residues related to G protein coupling selectivity in aminergic gpcrs

    Aminerjik reseptörlerde G protein kenetlenme seçiciliğiyle alakalı pozisyonların evrimsel olarak ortaya çıkarılması

    BERKAY SELÇUK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    DR. OGÜN ADEBALİ

  2. Investigating the homo-dimerization of ADGRD1/GPR133 andADGRG5/GPRr114 via resonance energy transfer techniques

    Rezonans enerji transfer teknikleriyle ADGRD1/GPR133 ve ADGRG5/GPR114'ün homo-dimerizasyonunu araştırmak

    BERKAY DEMİRBAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON

    ÖĞR. GÖR. ORKUN CEVHEROĞLU

  3. Analysis of candidate cocaine and amphetamine regulated transcript (CART) genes:Changes in erk phosphorylation in N2A cells

    Aday kokain ve amfetamin ile regüle edilen transkript (CART) reseptör genlerinin analizi: N2A hücrelerinde erk fosforilasyonundaki değişimler

    AYLA ÖZKILIÇ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜLİN YANIK

    DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON

  4. Identifying the putative G protein coupled receptor/s candidates of cocaine and amphetamine regulated transcript (CART) peptide

    Kokain ve amfetamin ile regüle edilen transkript (CART) peptidini tanıdığı varsayılan G-proteine kenetli reseptör adaylarının tayini

    MERVE KASAP

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON