Geri Dön

De novo selective inhibitor design to neuronal NOS enzyme and exploration of the binding site

Nöronal NOS enzimine de novo seçilimli inhibitör tasarımı ve bağlanma bölgelerinin araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 333165
  2. Yazar: BORA BÜYÜKTÜRK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 84

Özet

Nöral Nitrik Oksit Sentaz(nNOS) Nitrik Oksit (NO) üretimini devam ettirerek beyin hücreleri arasında nöral sinyal iletiminde önemli rol oynayan bir enzimdir. nNOS Nitrik Oksit Sentaz (NOS) enzim ailesinin bir üyesidir ve üç izoformu bulunmaktadır; nNOS, eNOS ve iNOS. NO hayli reaktif bir bileşik olduğundan NOS izozimlerinin sırasıyla nöral, endotelyal ve bağışıklık sistemlerinde birçok ayırıcı fonksiyonellikleri vardır. Bu fonksiyonelliklerine ragmen bağlanma bölgeleri büyük benzerlikler gösteirler ve bu yüzden onlar seçici inhibitörler tasarlamak zorlayıcıdır. NOS izizimlerinin kristalografik yapılarının açığa çıkması in siliko inhibitör tasarımı ve hesapsal modelleme çalışmaları için bir temel oluşturmuştur. iNOS ve eNOS?a karşı nNOS seçimli bir öncü inhibitör keşfetmek için NOS izoformları üzerinde, öncü ve parça temelli de novo tasarım tekniklerini uyguladık ve bir seri hesapsal doklama operasyonu yürüttük. Farklı yazılım ortamlarında Sanal Tarama (VS) methodlarını kullanarak, uygun öncü iskelet yapılarını seçip, parçalar ekleyip, aday ligandlar geliştirdik ve önde gelen doklama algoritmalarını uyguladık. Literatürde tanımlı öncü deneysel bileşiklerin sonuçlarıyla ligandlarımızı kıyasladık. Son olarak, bağlanma bölgelerini araştırıp kavite ve belirli amino asitlerin özelliklerini ortaya koyduk

Özet (Çeviri)

Neural Nitric Oxide Synthase (nNOS) is an enzyme that plays a significant role in neural signal transmission among brain cells by carrying on Nitric Oxide(NO) generation. nNOS is one of the member of Nitric Oxide Synthase (NOS) enzyme family and has three isoforms; nNOS, eNOS and iNOS. Since NO is a highly reactive compound, NOS isozymes have many distinct functionalities on neural, endothelial and immune systems respectively. Despite these functionalities, their binding sites show great similarities and hence it became a challenge to design a selective inhibitor to them. Revealing of crystallographic structures of NOS isoenzymes set a foundation for in silico inhibitor design and computational modeling studies. We applied lead and fragment based de novo design techniques and carried on a series of computational docking operations on the NOS isoforms to discover an nNOS selective leading inhibitor against iNOS and eNOS. Utilizing virtual screening (VS) methods on different software environments we selected suitable lead scaffolds, added fragments, developed candidate ligands and applied leading docking algorithms on these ligands. We compared our ligands with experimental leading compounds defined on the related literature. Finally, we explored the binding sites and stated the properties of cavities and specific amino acids.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    360948

    In silico screening of neuronal nitric oxide synthase enzyme inhibitors

    Seçici nitrik oksit sentaz enzim inhibitörlerinin bilgisayar ortamında taranması

    BAHANUR ÖRTMEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyolojiKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  2. Tez No

    333174

    In silico design of selective neuronal nitric oxide synthase inhibitors in order to prevent neurodegenerative diseases

    Nörodejeneretif hastalıkları önlemek için nöral nitrik oksit sentaz inhibitörlerinin In slico tasarımı

    NURDAN KAYRAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    KimyaKadir Has Üniversitesi

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  3. Tez No

    352259

    In silico design of novel and highly selective cyclooxygenase-2 inhibitors

    Bilgisayar destekli ilaç tasarımı kullanarak seçici siklooksijenaz-2 inhibötörü tasarımı

    TUĞBA MEHMETOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyofizikKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

  4. Tez No

    297789

    De novo peptide design strategies

    Peptid dizayn stratejileri

    EVRİM BESRAY ÜNAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Mühendislik BilimleriKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  5. Tez No

    317904

    Designing inhibitors via molecular modelling methods for monoamine oxsidase isozymes A and B

    Monoamin oksodaz A ve B izozimlerine moleküler modelleme yöntemleri ile inhibitör tasarlanması

    FİLİZ VARNALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyomühendislikKadir Has Üniversitesi

    Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ

    YRD. DOÇ. DR. E. DEMET AKDOĞAN

Geri Dön