In silico design of selective monoamine oksidase B inhibitors using indane ring
İndan iskeleti kullanarak monoamin oksidaz B inhibitörü tasarımı
- Tez No: 333177
- Danışmanlar: PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 56
Özet
Monoamine oxidases (MAOs; EC 1.4.3.4) nörotransmiterlerin kontrolünde önemli rol oynar. MAO iki adet izoforma sahiptir, MAO-A ve MAO-B. Ayrı fonksiyonları olmasına rağmen aktif bölgeleri ciddi benzerlik gösterir. Doğru ilaç etkisini oluşturabilmek için yeni seçici ve geri dönüştürülebilir inhibitörler tasarlamak gerekir. MAO-A (pdb kodu: 2Z5X; harmin ile birlikte insan monoamin oksidazı, resolution 2.2 Å) ve MAO-B?nin (pdb kodu : 2V5Z; safinamide inhibitörü ile birlikte insan monoamin oksidazı, resolution 1.6 Å) kristal yapıları in silico olarak hesaplamalı modellemenin yolunu açmıştır. Bu çalışmada bir indan iskeletinden farklı fragment parçacıkları farklı pozisyonlarda kullanılarak 209952 analog elde edildi. GOLD docking yazılımının CHEMPLP modülü kullanılarak tarama işlemi gerçekleştirildi. Seçiciliğin ve skor değerlerinin doğruluğunun kontrol edilmesi için en iyi 100 seçici MAO inhibitörü GOLD?un ChemScore, ASP modülleri ve AutoDock 4, AutoDock Vina yazılımları ile yeniden test edildi. İnhibisyon katsayıları ve enzimin aktif bölgelerindeki pozları belirlendi. İnhibitörler ADMET PSA 2D (polar yüzey) ADMET AlogP98?e karşı Accelrys 3.5 Discovery Studio modelleme programı ile test edildi.
Özet (Çeviri)
Monoamine oxidases (MAOs; EC 1.4.3.4) play significant roles in the control of major monoamine neurotransmitters. MAO has two isoforms; MAO-A and MAO-B. Although they have distinct functionalities their active sites of these enzymes show great similarities. In order to get specific drug action it is important to design new, more selective and reversible monoamine oxidase inhibitors. Crystallographic structures of MAO-A (pdb code: 2Z5X; human monoamine oxidase in complex with harmine, resolution 2.2 Å) and MAO-B (pdb code : 2V5Z; human MAO-B in complex with inhibitor safinamide, resolution 1.6 Å) isozymes have opened the way for computational modeling and in silico design studies. In the present work, 209952 analogs of an indane scaffold were created using various fragment moieties at different position of indane ring. CHEMPLP module of GOLD program is utilized in the screening process. In order to obtain additional validation of selectivity and scoring values, the first 100 best selective MAO inhibitor candidates are also tested via ChemScore and ASP scoring fuctions of Gold docking software, AutoDock 4.2 and AutoDock Vina. Inhibition constants and their poses in the active sites of both MAO isozymes are determined. The dispositions of the candidate inhibitors within the organism were checked by ADMET PSA 2D (polar surface area) versus ADMET AlogP98 using Accelrys 3.5 Discovery Studio modeling program.
Benzer Tezler
- In silico design and modeling of coumarin derivatives as selective monoamine oxidase a inhibitors
Kumarin türevlerinin seçici ve geri dönebilir monoamin oksidaz-a inhibitörleri olarak tasarlanması ve modellenmesi
DİLARA KARAMAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- Depresyon tedavisinde ın sılıco yeni aday MAO inhibitörü tasarımı
In silico new candidate MAO inhibitor design for depression treatment
KADRİYE BALDIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyokimyaÜsküdar ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. VİLDAN ENİSOĞLU ATALAY
- Çift etkiye sahip potansiyel antioksidan ve anti-parkinson ilaç aktif maddelerin in siliko tasarımı
In silico design of potential drug active compounds possessing antioxidants and anti-parkinson dual effect
PINAR ERZİNCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
KimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE OGAN
PROF. DR. SAFİYE ERDEM
- In silico inhibitor design for monoamine oxidase A and B isozymes
Bilgisayar destekli monoamin oksidaz A ve B izoenzimleri inhibitor tasarımı
ÇAĞLA MIDIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiKadir Has ÜniversitesiHesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL YELEKÇİ
- In silico design of selective neuronal nitric oxide synthase inhibitors in order to prevent neurodegenerative diseases
Nörodejeneretif hastalıkları önlemek için nöral nitrik oksit sentaz inhibitörlerinin In slico tasarımı
NURDAN KAYRAK