Geri Dön

Global many-to-many alignment of multiple protein-protein interaction networks

Birden çok protein etkileşim ağının çoka çok olarak hizalanması

  1. Tez No: 333178
  2. Yazar: FERHAT ALKAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CESİM ERTEN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Genetik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 71

Özet

Proteinler canlı organizmaların temel yapıtaşlarını oluşturur ve hücreler içerisindeki birçok biyolojik süreci düzenlerler. Bu büyük önemleri nedeniyle de sistem biyolojisi ve evrimsel biyoloji alanlarında birçok araştırmanın odağı halindedirler. Özellikle proteinlerin fonksiyonlarının tanımlanması ve fonksiyonel olarak benzer proteinlerin gruplanması birçok araştırma alanı için büyük önem taşımaktadır. Fakat bir proteinin kesin fonksiyonu ancak biyokimyasal ve yapısal analizlerle bulunabilmektedir. Bununla beraber proteinlerin dizilim ve etkileşim bilgilerini kullanarak bu amaçlara hizmet eden hesapsal yöntemler de geliştirilmektedir. Örneğin ağ hizalama çalışmaları bunlardan biridir ve verilen protein ağları içerisinden fonksiyonel olarak birbirine benzeyen proteinleri kümelemeyi amaçlar. Bu çalışmalar genellikle verilen ağların çizgeler olarak tanımlanmasını ve bu çizgeler üzerinde çeşitli çizge teorik yaklaşımlar uygulanmasını içerirler. Bu tez kapsamında ise birden çok protein ağının çoka çok olarak hizalanması problemi ele alınmaktadır. Bu tez ile bu hizalama problemi bir optimizasyon problemi olarak tanımlanmakta ve bu tanım bu problem için literatürde verilmiş olan ilk kombinatöryel tanımdır. Daha sonra bu problemin işlemsel karmaşıklığı analiz edilmekte ve problemin çözümü için bir buluşsal algoritma önerilmektedir. Sunulmuş olan BEAMS algoritmasının hem gerçek hem de sentetik ağlar üzerindeki test sonuçları sunulmakta ve bu sonuçlar literatürde aynı amaca hizmet eden diğer algoritmalar ile karşılaştırıldığında, BEAMS algoritmasının birçok açıdan diğer benzer algoritmalardan daha etkili çalıştığı görülmektedir.

Özet (Çeviri)

Proteins are essential parts of organisms and almost every biological process within a living cell is mediated by proteins and their interactions. Due to such importance, proteins are at the core of many researches in systems biology and evolutionary biology. In particular, defining the function of a protein and identfying functionally orthologous proteins are crucially important in many research areas and precise function of a protein can only be defined by biochemical and structural studies. However, many computational methods are also developed for such purposes and they use the sequence and interaction data of proteins since it provides a presumption about the chemical structure of a protein. For example, network alignment studies aims to find clusters of functionally related proteins across given protein interaction networks usually by implementing the given networks as graphs and employing some graph theoretical approaches. In this thesis, we focused on the problem of global many-to-many alignment of multiple protein-protein interaction networks. We define the problem as an optimization problem and this is the first combinatorial definition that is given for the problem in the literature. Then, we prove the computational intractability of this problem and we propose a new heurictic algorithm for the solution. We test the proposed algorithm BEAMS on both actual and synthetic PPI networks and it outperforms the existing algorithms, that serve at similar purpose, in terms of many evaluation aspects.

Benzer Tezler

  1. HIV-1 proteaz enzimine ait kesme konumlarının fizikokimyasal özelliklere dayalı yeni bir kodlama yaklaşımı ile oluşturulmuş veri seti ile tahmin edilmesi

    HIV-1 protease cleavage site prediction with generating dataset using a new encoding scheme based on physicochemical properties

    METİN YANGIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    İstatistikMimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi

    İstatistik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYÇA ÇAKMAK PEHLİVANLI

  2. Fiziksel dağıtım yönetiminde teknolojinin rekabet üstünlüğü sağlamadaki rolü

    Başlık çevirisi yok

    ALİ BURAK BASMACI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    İşletmeİstanbul Teknik Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NİMET URAY

  3. Gelişmekte olan ülkelerde teknoloji politikalarının belirlenmesi ve Türkiye'deki durum

    Technology policies in developing countries and the situatiın in Turkey

    MEHPARE BARIŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Mühendislik Yönetimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUFAN V. KOÇ

  4. Yerel alan ağ yönetimi ve SNMP protokol uyumlu yeni bir kullanıcı analizi

    Başlık çevirisi yok

    ÖZGÜR ÇELİKOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET BÜLENT ÖRENCİK

  5. Proje yönetiminde kısıtlar teorisi ve gemi inşaasında örnek uygulama

    Theory of constraints in project management and a model application in shipbuilding industry

    SEZGİN KARABACAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Gemi Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YALÇIN ÜNSAN