Geri Dön

Investigating genetic variation and population structure of A. lignicolus (Hartig, 1840)using mitochondrial DNA

Genetik varyasyon ve populasyon yapısının Andricus lignicolus (Hartig, 1840)'da mitokondriyal DNA kullanılarak araştırılması

PDF İndir

  1. Tez No: 338210
  2. Yazar: HÜLYA KARAGÖZOĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SERAP MUTUN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 70

Özet

Meşe taksonları ile gal arısı Andricus lignicolus Anadolu tür çeşitliliğinin birer parçasıdır. Andricus lignicolus türünün eşeysiz nesil galleri Q. Robur, Q. Petraea ve Q. Pubescens türü meşelerde oluşturulur. Bu tezde A. lignicolus?un genetik çeşitliliği, filogenetik ve filocoğrafik yapısı ve populasyonlar arası genetik farklılaşması araştırılmıştır. Bu amaçla, 15 populasyondan 117 bireyin mitokondri DNA?sı izole edilmiş ve mitokondriyal sitokrom b geninin 433 baz çiftlik bölgesi çoğaltılmıştır. Dizilime işleminden sonra 18 haplotip belirlenmiştir. Haplotiplerde varyasyon gösterirken 58 karakterden 21?I bilgi sağlayıcı değildir, ancak 37 karakter filogenetik olarak bilgilendirici bulunmuştur. Andricus lignicolus haplotiplerinde, nükleotid frekansları sırasıyla A, C, G, T bazları için %34, %11, %9 ve %44 olarak bulunmuştur. Substitüsyonlar arasında 30 transisyon ve 20 transversiyon tespit edilmiştir (ti/tv= 1.5). Ortalama haplotip ve nükleotid çeşitliliği 0,32519 ve 0,0087955 olarak hesaplanmıştır. En yüksek haplotip çeşitliliği Kütahya populasyonunda (h= 0,7778) ve en yüksek nükleotid çeşitliliği Uşak populasyonunda (?=0,042494) bulunmuştur. Uyumsuzluk dağılım analizi ile çalışılan A. lignicolus populasyonlarının genetik dengede olduğu gözlenmiştir. AMOVA analizi araştırıcının daha önceden belirlediği gruplara moleküler varyasyonun hiyerarşik olarak dağılımını belirler. Yapılan farklı gruplandırma denemelerinden istatistiksel olarak en anlamlı ve yüksek değerin populasyonlarca paylaşıldığı bulunmuştur (% 71.43 herbir populasyon karşılaştırıldığında). Filogenetik analizler maksimum olasılık ve maksimum tutumluluk uygulamaları doğrultusunda yürütülmüştür. Elde edilen sonuç ağaçları yüksek bootstrap değerleriyle desteklenen iki temel klad ayrımı gösteren aynı topografiyi vermiştir. Bayesian analizi önemli bazal gruplaşmaların olmadığı ve daha çok politomi içeren ağaçla sonuçlanmıştır. Parsimoni network analizi en büyüğü A. lignicolus haplotiplerinin yarısını içeren 4 haplogrup üretmiştir. Genel olarak ele alındığında bu tezde elde edilen veriler Türkiye?deki A. lignicolus türünün tür içi filogenisi ile beraber genetik çeşitlilik ve populasyon yapısına da ışık tutmaktadır.

Özet (Çeviri)

Oak taxa and gall-forming insect species, Andricus lignicolus, are parts of the Anatolian species diversity. Parthenogenetic generation galls of A. lignicolus are induced on the oak host as Q. robur, Q. petraea and Q. pubescens. In this thesis genetic variation, phylogenetic and phylogeographic structure and genetic differentiation among populations of A. lignicolus were investigated. For this purpose, mtDNA was isolated from 117 individuals from 15 populations, and a 433-bp region of mtDNA cytochrome b (cyt b) gene was amplified using PCR. After sequencing amplicons 18 specific haplotypes have been detected. Of the 58 characters showing variation, 21 were parsimony uninformative and 37 characters were parsimony informative, and there were several multiple hits. The nucleotide frequencies of A. lignicolus haplotypes were 34%, 11%, 9% and 44% for A, C, G and T, respectively. Among the variable sites, there were 30 transitions and 20 transversions (ti/ tv= 1.5). Average haplotype and nucleotide diversity were 0.32519 and 0.0087955, respectively. The highest haplotype diversity (h= 0.7778) was found in Kütahya population and the highest nucleotide diversity (?=0.042494) was estimated in Uşak population. Mismatch distribution analyses indicated that the studied A. lignicolus populations were in genetic equilibrium. Hierarchical F-statistics (AMOVA) were conducted for detecting hierarchical partitioning of molecular variation into researcher predefined?groups. Among several trials AMOVA analysis indicated highest and statistically the most significant variation being partitioned in each population (71.43% between each locality). Phylogenetic analyses were conducted through the application of maximum likelihood and maximum parsimony provided consensus trees that were similar in their topologies with two major clades supported with high bootstrap values. Bayesian analysis gave more polytomies in the obtained tree without major basal groupings of the haplotypes. Parsimony network analysis produced four haplogroups, of which the largest one covered half of the A. lignicolus haplotypes. Evaluated overall, findings of this thesis shed light into the genetic variation and population structure together with the intraspecific phylogeny of A. lignicolus species in Turkey.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    568342

    Investigating phylogeographic structure of the oakgall wasp Andricus tomentosus in Turkey using CYT Bgene and ITS2 region sequences

    Gal arısı Andricus tomentosus'un Türkiye'dekifilocoğrafik yapılanmasının sitokrom b geni ve ITS2bölgesinin dizilenmesi yoluyla araştırılması

    OMAR A. DANSO

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERAP MUTUN

  2. Tez No

    232298

    Yeni bir paralel genetik algoritma modeli ve analog devre tasarımına uygulanması

    A new parallel gentic algorithm model and using on analog circuit design

    ÖZGÜR AKSU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolErciyes Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ADEM KALINLI

  3. Tez No

    601927

    Genomic and transcriptomic investigation of endemic burkitt lymphoma and epstein barr virus

    Başlık çevirisi yok

    YASİN KAYMAZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyomühendislikUniversity of Massachusetts Medical School

    DR. JEFFREY A. BAILEY

    DR. ANN M. MOORMANN

  4. Tez No

    416481

    Genetic diversity of gazelles (gazella marica and gazella gazella) in southeast Turkey: With a special emphasis on ongoing conservation studies of gazella marica in Turkey

    Türkiye'de sürmekte olan Gazella marica koruma çalışmaları odaklı, Güneydoğu Anadolu'daki ceylanların genetik çeşitliliği (Gazella marica ve Gazella gazella)

    FİKRİYE DİLAN SAATOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İNCİ ZEHRA TOGAN

  5. Tez No

    303292

    Azoospermik infertil erkek hastalarda sinaptonemal kompleks protein 3 (SCP3) genindeki mutasyonların dna dizi analizi yöntemi ile araştırılması

    Investigation of mutations in synaptonemal complex protein 3 (SCP3) gene among azoospermic infertile male patients by DNA sequence analysis

    HAKAN GÜRKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİLİZ AYDIN

Geri Dön