Genetic diversity of gazelles (gazella marica and gazella gazella) in southeast Turkey: With a special emphasis on ongoing conservation studies of gazella marica in Turkey
Türkiye'de sürmekte olan Gazella marica koruma çalışmaları odaklı, Güneydoğu Anadolu'daki ceylanların genetik çeşitliliği (Gazella marica ve Gazella gazella)
- Tez No: 416481
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ ZEHRA TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Mevcut çalışma, Türkiye'deki ceylan türlerinin yakın zamanda önerilmiş taksonomik konumlarının doğrulanması ve ceylan popülasyonları içerisindeki ve popülasyonlar arasındaki genetik çeşitliliğin saptanması amacıyla yürütülmüştür. Çalışma için üç farklı popülasyon örneklenmiştir: Kızılkuyu Üretim Çiftliği'nden Gazella marica (Şanlıurfa, n=48), Erikçe Üretim Çiftliği'nden Gazella marica (Gaziantep, n=25) ve Kırıkhan Beldesi'nden Gazella gazella (Hatay, n=4). Sunulan çalışmada, 17 mikrosatelit lokusu (RT1, ETH10, OARFCB304, MM12, BM143, BM757, IDVGA29, BM848, BM4505, BMC1009, INRA40, ETH152, INRABERN172, TGLA122, ILSTS005, CSSM39, CSSM43), iki Y kromozomu mikrosatelit lokusu (INRA126, UMN0103), mtDNA sitokrom-b bölgesinin (L14724 ve H15149 primerleri ile yükseltgenen) bir parçası ve iki enzim için (HinfI, HaeIII) restriksiyon profilleri kullanılmıştır. İlk olarak, lokusların bilgi vericiliği test edilmiş ve 17 lokus içerisinden 12'sinin (RT1, ETH10, OARFCB304, BM848, BMC1009, INRA40, BM4505, INRABERN172, TGLA122, ILSTS005, BM757 and CSSM43) ceylan türleri üzerine yapılacak çalışmalarda umut verici olduğu saptanmıştır. Daha sonra, efektif popülasyon büyüklükleri yoluyla popülasyon içi çeşitlilikler ve mikrosatelit verilerine dayanarak hesaplanan FST ile de popülasyonlar arası farklılaşma saptanmıştır. Çiftlik popülasyonları (Kızılkuyu Üretim Çiftliği'nden Gazella marica popülasyonu, n=48; Erikçe Üretim Çiftliği'nden Gazella marica popülasyonu, n=25) düşük efektif popülasyon büyüklükleri göstermenin yanı sıra (Kızılkuyu için Ne=9.7, Erikçe için Ne= 8.9), düşük doğum oranları sebebiyle kendileşme baskısı sinyallerini de sergilemiştir. Dahası, popülasyonlar arasındaki genetik farklılaşma istatistiki olarak anlamlı çıkmıştır (sırasıyla, Kızılkuyu/Erikçe, Kızılkuyu/Hatay ve Erikçe/Hatay için FST = 0.04, 0.44 ve 0.46). Structure analiziyle popülasyonların genetik olarak karışım oranları incelenirken, örneklem gruplarındaki olası yaban kökenli bireyler açığa çıkarılmıştır. Bu bulgulara ek olarak, Y kromozomu üzerindeki mikrosatelit lokus dizisinin (INRA126, yaklaşık 240 bç uzunluğunda) Gazella gazella ve Gazella marica türlerinin erkeklerini ayırmada başarılı olduğu gösterilmiştir. Başlangıç niteliğindeki bu Y kromozomu verisi, ceylan türlerinde genetik çeşitlilik üzerine ileride yapılacak çalışmalara referans noktası olarak kullanılabilir. Güneydoğu Anadolu'daki ceylan türlerinin (Gazelle marica ve Gazelle gazella) taksonomik konumları, toplanan örneklerin (sırasıyla n=27 ve n=4) mtDNA sitokrom-b bölgesinin dizilerine dayanarak, daha önce yürütülen çalışmalardan bağımsız olarak doğrulanmıştır. Ayrıca, popülasyonlar içerisinde farklı haplotiplere rastlanmamıştır (n=3). Son olarak mtDNA'nın sitokrom-b bölgesinde Restriksiyon Parça Uzunluk Polimorfizmi (RPUP) metodu denenmiş, çalışmada kullanılan kesim enzimlerine (HinfI, HaeIII) dayanarak üç ceylan türünü ayırmada (Gazella marica, Gazella gazella, Gazella subgutturosa) daha kolay ve az zaman gerektiren bir metodun varlığı gösterilmiştir. Bu proje Türkiye Orman ve Su İşleri Bakanlığı adına Türkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma Kurumu'nun desteğiyle gerçekleştirilmiştir (TÜBİTAK, Proje no: KAMAG 109G016).
Özet (Çeviri)
The present study was conducted to confirm the recently suggested taxonomic status of gazelles in Turkey and also to investigate genetic diversity that exists between and within populations of Gazella marica (One from Kızılkuyu State Farm, Şanlıurfa, n=48; one from Erikçe State Farm, Gaziantep, n=25) and Gazella gazella (population from Kırıkhan County, Hatay, n=4). In the frame of the study, partial mtDNA cyt-b sequence (amplified by the primers: L14724, H15149), 17 microsatellite loci (RT1, ETH10, OARFCB304, MM12, BM143, BM757, IDVGA29, BM848, BM4505, BMC1009, INRA40, ETH152, INRABERN172, TGLA122, ILSTS005, CSSM39, CSSM43), two Y-chromosome microsatellite loci (INRA126, UMN0103) and restriction profiles of mtDNA cyt-b region for two restriction enzymes (HinfI, HaeIII), were employed. First, the taxonomic status of the gazelles species in Southeastern Anatolia (Gazelle marica and Gazelle gazella) on the basis of mtDNA cyt-b sequences was confirmed with the newly collected samples (n=27 and n=4, respectively), independently from the previous studies. Additionally, there were no variations detected within populations (n=3). The informativenesses of the microsatellite loci were investigated and 12 microsatellite loci out of 17 (RT1, ETH10, OARFCB304, BM848, BMC1009, INRA40, BM4505, INRABERN172, TGLA122, ILSTS005, BM757 and CSSM43) were found to be promising for the future studies to be carried out in gazelle species. Then, we analyzed the within population diversities by means of effective population sizes and the differentiation of three different gazelle populations by estimating the FST based on microsatellite data. Captive populations (Gazella marica population from Kızılkuyu, n=48; Gazella marica population from Erikçe, n=25) not only showed low effective population sizes (for Kızılkuyu Ne=9.7, for Erikçe Ne= 8.9) but also gave the signals of inbreeding depression due to low birth ratios. Moreover, they diverged from each other: FST=0.04 for Kızılkuyu/Erikçe and they diverged from each other almost significantly; FST= 0.44 and FST= 0.46 for the Kızılkuyu/Hatay and Erikçe/Hatay, respectively and both of these FST values were highly significant. While investigating the degree of admixture levels of the populations, interestingly, possible wild individuals in the sampling groups were detected by the help of Structure analysis. Furthermore, it was shown that the sequence of Y chromosome based microsatellite locus (INRA126, approximately 240 bp long) differentiated Gazella marica and Gazella gazella males. This preliminary Y-chromosome data may serve as a reference point for further studies covering Y-chromosome diversity within and among gazelle species. Finally, using Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) method based on mtDNA cyt-b fragment, observations on the basis of two restriction enzymes (HinfI, HaeIII) suggested that there is an easy and less time consuming method to differentiate the three gazelle species (Gazella marica, Gazella gazella, Gazella subgutturosa). The project was carried out on behalf of Turkish Ministry of Forestry and Water Affairs and was supported by the Scientific and Technological Research Council of Turkey (TUBITAK, project no: KAMAG 109G016).
Benzer Tezler
- Türkiye'de yayılış gösteren Gazella gazella (Pallas, 1766) türünün filocoğrafyası
Phylogeography of Gazella gazella (Pallas, 1766) distributed in Turkey
EYLÜL İLASLAN
- Genetic diversity of scald (rhynchosporium secalis) disease resistant and sensitive Turkish barley seed sources as determined with simple sequence repeats
Yaprak lekesi hastalığına (rhynchosporıum secalis) karşı dirençli ve hassas olan Türk arpa tohum kaynaklarında, basit dizi tekrarları kullanılarak genetik çeşitliliğin belirlenmesi
AYTEN DİZKIRICI
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ZEKİ KAYA
- Genetic diversity of native and crossbreed sheep breeds in Anatolia
Anadolu yerli melez koyun ırklarının genetik çeşitliliği
EVREN KOBAN
Doktora
İngilizce
2004
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Genetic diversity of honey bee populations in Turkey based on microsatellite markers: A comparison between migratory versus stationary apiaries and isolated regions versus regions open to migratory beekeeping
Mikrosatelit işaretleyiciler temelinde Türkiye bal arısı toplumlarının genetik çeşitliliği: Göçer ve sabit arılıklar ile yalıtılmış bölgeler ve göçer arıcılığa açık bölgeler arasında bir karşılaştırma
MERT KÜKRER
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYKUT KENCE
- Genetic diversity of European black poplar (Populus nigra) populations from Turkey assessed by microsatellite DNA markers
Türkiye'deki Avrupa kara kavak populasyonlarının (Populus nigra) genetik çeşitliliğinin mikrosatellit DNA markörleri ile değerlendirilmesi
ASİYE ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
