Investigating phylogeographic structure of the oakgall wasp Andricus tomentosus in Turkey using CYT Bgene and ITS2 region sequences
Gal arısı Andricus tomentosus'un Türkiye'dekifilocoğrafik yapılanmasının sitokrom b geni ve ITS2bölgesinin dizilenmesi yoluyla araştırılması
- Tez No: 568342
- Danışmanlar: PROF. DR. SERAP MUTUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 86
Özet
Pek çok tür bitkilerde gal adı verilen yapıların oluşumunu sağlayarak gallerden besin temin ederek ve korunaklı bir yerde gelişimini sürdürme yeteneği kazanmıştır. Meşelere zorunlu parazit bir tür olarak kabul edilen Andricus tomentosus eşeysiz jenerasyon gallerini Quercus seksiyonundan meşelerde oluşturur. Çalışma materyali olan türün galleri Türkiye'den 12 farklı lokasyondan toplandı. Bu tez çalışmasında A. tomentosus türünün genetik çeşitliliği ve mevcut çeşitliliğin coğrafik dağılımı, populasyonların geçirmiş olduğu muhtemel genişleme ve daralma olayları, ana soy hatlarının ayrışma zamanları ve genetik çeşitliliğin bugünkü dağılımına neden olan muhtemel olayların araştırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, mitokondriyal DNA sitokrom b geninin 433 baz çiftlik bir kısmı ile nüklear genomdan ITS2 bölgesinin tamamı çoğaltılmış ve dizilenmiştir. Dizilenen 120 bireyden 36 haplotip ve 11 alel belirlenmiştir. Veriler A. tomentosus türünün Türkiye'deki popülasyonlarında orta, hatta yüksek sayılabilecek bir genetik çeşitliliğin olduğunu ortaya koymuştur. Ayrıca, nükleotid çeşitliğiyle karşılaştırıldığında yüksek haplotip çeşitliliği türün geçmişte genişleme gösterdiğine işaret etmiştir. Türün filogenetik ve filocoğrafik yapılanmasını araştırmak için yapılan ML, MP ve Bayesian analizleri haplotiplerin bazı gruplamalar oluşturduğu ortaya koymuştur. Moleküler saat uygulamasının da yapıldığı analizler A. tomentosus türünün dış grup türlerden Miyosen döneminde ayrıldığına işaret etmiştir. Bu ayrışmayı takip eden bazı olaylar derin ayrışmalara ilave olarak daha orta ve yakın zaman farklılaşmaları olduğunu da göstermektedir. Genel olarak bu tez çalışması ile elde edilen bulgular A. tomentosus türünün geçmişteki dalgalanmalardan özellikle de son dönem olaylarından etkilendiğine işaret etmektedir
Özet (Çeviri)
Many species have evolved the ability to redirect plant growth and development to result a unique structure called galls, which provide gall inducing organisms with unique protection and food. Andricus tomentosus as an obligate parasitic gall wasp species forming its asexual generation galls in the section Quercus oaks were collected from 12 localities across Turkey. This thesis is designed to investigate and reveal genetic variation and its geographic distribution, population changes through expansion and contractions, divergence times between major lineages, as well as the possible reasons for the current distribution of genetic diversity. For these purposes, a 433 base pairs of mitochondrial DNA cytochrome b gene and the entire ITS2 region from nuclear genome were amplified and sequenced. All sequences generated 36 mtDNA haplotypes and 11 ITS2 alleles. Intermediate to high genetic variation was detected in A. tomentosus populations in Turkey. In addition, the higher diversity of haplotypes and lower diversity of nucleotide is an indication of population expansion. ML, MP, and Bayesian inference to reveal phylogenetic and phylogeographic structure of the species in Turkey also revealed that there is a geographical haplotype grouping. Application of molecular clock showed that the splitting of A. tomentosus from the outgroup species took place during the Miocene Epoch. Subsequent diversifications seem to have taken place within the species creating deep to intermediate to relatively shallow splits in A. tomentosus species in Turkey. The overall findings of this thesis revealed that factors such as paleoenvironmental changes and paleoclimatic oscillations have impacted their imprints on A. tomentosus in Turkey
Benzer Tezler
- Investigating genetic variation and population structure of A. lignicolus (Hartig, 1840)using mitochondrial DNA
Genetik varyasyon ve populasyon yapısının Andricus lignicolus (Hartig, 1840)'da mitokondriyal DNA kullanılarak araştırılması
HÜLYA KARAGÖZOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERAP MUTUN
- Uzaktan algılama ve coğrafi bilgi sistemleri yardımıyla Türkiye ve fitocoğrafik bölgelerinin arazi örtüsü durumunun ve zamana bağlı arazi örtüsü değişiminin incelenmesi
Investigation of land cover status and temporal land cover change in Turkey and its phytogeographic regions with the help of remote sensing and geographic information systems
EMRE AKTÜRK
Doktora
Türkçe
2019
Ormancılık ve Orman MühendisliğiKastamonu ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KERİM GÜNEY
- Endemik Erysimum vuralii yıld. anatomik ve ekolojik özelliklerinin araştırılması
The investigation of the anatomical and ecological characteristics of endemic species Erysimum vuralii yild.
GİZEM ERTEKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ ÇELİK
- Phylogeography of the Savi's pipistrelle (Vespertilionidae, chiroptera) complex based on whole mitochondrial genome analysis
Savi'nin cüce yarasası kompleksinin (Vespetilionidae, chiroptera) filocoğrafyasının tüm mitokondriyal genom ile analizi
YELİZ ERGÖL
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİklim ve Deniz Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMRAH ÇORAMAN
- Onobrychis megataphros yaprak özütünün kimyasal bileşimi, antioksidan aktivitesi ve stenotrophomonas maltophilia'ya karşıetkisinin antibakteriyel araştırılması
Investigation of the chemical composition, antioxidant activity of onobrychis megataphros leaf extract, and antibacteri̇al effect against stenotrophomonas maltophi
SALİH MUVAKİT