Proteome-wide analysis of the role of expression of bacilysin operon on idiophase physiology of B. subtilis
Basilisin operonu ekspresyonunun B. subtilis'in idyofaz fizyolojisi üzerindeki görevinin proteom ölçekli analizi
- Tez No: 338378
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 108
Özet
Bacillus türleri, antimetabolik ve farmakolojik aktiviteye sahip çok çeşitli ikincil metabolitler üretirler.Bu metabolitler genellikle farklı türde bileşenler ve kimyasal bağlar içeren küçük peptitlerdir. Bumetabolitler peptit sentetaz adı verilen multifonksiyonel enzim kompleksleri tarafından ribozomaihtiyaç duyulmadan sentezlenir. Bu küçük peptidlerden biri olan basilisin bazı B. subtilis suşlarıtarafından sentezlenip hücre dışına salgılanan, L-alanine ve L-anticapsin' den oluşan bir dipeptideantibiyotiktir. Basilisin üretiminde görev alan proteinler bac operonundan sentezlenir. Öncekiçalışmalarda, basilisin biyosentezinin, ComQ/ComX, PhrC (CSF), ComP/ComA nın Spo0K (Opp) yabağlı aktivasyonu ile, hücre yoğunluğu sinyali düzenleyici yolaklarıyla kontrol altında olduğugösterilmişti. Bu çalışmanın amacı basilisin üreten B. subtilis PY79 suşuyla grubumuz tarafındanoluşturulmuş basilisin üretemeyen bacA::lacz::erm OGU1 suşu arasındaki proteomik karşılaştırmayıjel esaslı ve jel esaslı olmayan proteomik tekniklerle gerçekleştirmek ve basilisinin düzenleyicibasamaklardaki ve idyofaz hücre fizyolojisindeki fonksiyonel rolünü ortaya çıkarmaktır. GelC analizyöntemi kullanıldığında, PY79 suşu ve basilisin üretmeyen mutant OGU1 suşu arasında toplamçözünebilir proteinler aresında 76 farklı ifade edilmiş protein görülmüştür.Bu proteinlerin farklıifadesi basilisinin çeşitli metabolik yolaklarda, global regulator sistemlerde ve sporülasyondaki birçokdirek veya indirek etkisini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
The members of the genus Bacillus produce a wide variety of secondary metabolites withantimetabolic and pharmacological activities. These metabolites are mostly small peptides and haveunusual components and chemical bonds. These metabolites are synthesized nonribosomally bymultifunctional enzyme complexes called peptide synthetases. One of those small peptides,bacilysin, is a dipeptide antibiotic composed of L-alanine and L-anticapsin which is produced andexcreted by certain strains of Bacillus subtilis. Proteins that are responsible to synthesize bacilysinare encoded by bac operon. It has been shown that the biosynthesis of bacilysin is under the controlof quorum sensing global regulatory pathway through the action of ComQ/ComX, PhrC (CSF),ComP/ComA in a Spo0K (Opp)-dependent manner. The objective of the study is to identify thefunctional roles of bacilysin biosynthesis in the regulatory cascade and idiophase cell physiologyoperating in B. subtilis by using gel-based and gel-free proteomics techniques. For this, we employedcomparative proteome-wide analysis of the bacilysin producer B. subtilis PY79 and its bacilysin nonproducer derivative bacA::lacz::erm OGU1 strain which was recently constructed by our group.Identification via GeLC analysis of 76 differentially expressed proteins from total soluble proteome ofwild-type PY79 and bacilysin minus OGU1 strain indicated the direct or indirect multiple effects ofbacilysin on metabolic pathways, global regulatory systems and sporulation.
Benzer Tezler
- Proteome-wide analysis of functional roles of bacilysin biosynthesis in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis?de basilisin biyosentezinin fonksiyonel rolünün proteom ölçekli analizi
ASLI ARAS TAŞKIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Dynamic analysis of secretome alterations in a bacilysin-knock out mutant of Bacillus subtilis
Basilsin biyosentezinin susturulduğu bir Bacillus subtilis mutantında dinamik sekretom değişimlerinin analizi
ELİF TEKİN İŞLEREL
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Differential expression of proteins in active and inactive phases of Behçet's syndrome
Behçet sendromunun aktif ve inaktif fazlarında farklı protein ekspresyonları
KIYMET ASLI KİREÇTEPE AYDIN
Doktora
İngilizce
2019
Moleküler Tıpİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- The ubiquitin/proteasome system related role of Bag-1L in breast cancer
Bag-1L'in ubikuitin/proteazom sisteminde rolünün meme kanserinde incelenmesi
SEVİLAY ACAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Comparative transcriptome analyses of a standard strain and clavulanic acid overproducing industrial strain of s. Clavuligerus
S. Clavulirus'un standart bir suşu ile klavulanik asiti çok yüksek miktarda üreten bir endüstriyel suş arasında karşılaştırmalı transkriptom analizi
GÖZDE ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON