Genetic diversity of European black poplar (Populus nigra) populations from Turkey assessed by microsatellite DNA markers
Türkiye'deki Avrupa kara kavak populasyonlarının (Populus nigra) genetik çeşitliliğinin mikrosatellit DNA markörleri ile değerlendirilmesi
- Tez No: 338507
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Populus, mikrosatellit markör, genetik çeşitlilik, kimlik problemi, doğal dağılım, Populus, microsatellite marker, genetic diversity, identity problem, natural distribution
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Populus cinsi, ticari tüketimi olan orman ağaçlarının bir grubu olarak bilinir. Populus cinsine ait olan Avrupa kara kavağı (Populus nigra L.), Avrupa? da taşkın yatağında bulunan ormanların önemli türlerinden biridir. Populus nigra ayrıca kültüre alınmış bitkilerin yabani formlarının genetik kaynaklarını koruma çalışmalarında model ağaç olarak kullanılmaktadır. Türkiye, 68.000 hektarın üzerinde Populus nigra ve 77.000 hektar da kara kavağın çeşitli hibritlerinden oluşan kavak plantasyonuna sahiptir. Aşırı tüketim, doğal dağılım alanının kaybı ve gen alışverişi yüzünden P.nigra, Türkiye ve Avrupa?da en çok tehdit edilen ağaç türlerinden biridir. Türkiyenin gelecek plantasyonlarını oluşturan önemli ve temel Avrupa kara kavak gen kaynakları 297 ağaçtan oluşmakta ve ex situ koruma çalışmaları çerçevesinde Ankara Behiçbey klon bankasında bulunmaktadır. Avrupa kara kavak populasyonlarının genetik çeşitliliğini belirlemek ve klonların genetik kimlik bilgisini elde etmek için, 297 P. nigra klonu 12 mikrosatellit markörü kullanılarak analiz edildi. Ayrıca yeni bulunan iki doğal populasyondan 32 ağaç, klon bankası populasyonları ile aralarındaki genetik çeşitliliği karşılaştırmak amacıyla analize dahil edildi. Oniki populasyon için alel sayısı 3,36 ve 8,08 arasında değişti. Gözlenen heterozigotluk 0,62 ve 0,69 arasında bulundu. Genetik varyasyonun yaklaşık %8?i klon bankası ve doğal populasyonlar arasındadır. Toplam genetik çeşitliliğin büyük kısmı (%92) klon bankasında yer alan populasyonlar içindedir. Bütün kara kavak populasyonları (klon bankası ve doğal populasyonlar) genetik ilişki açısından değerlendirildiğinde klon bankası ve doğal populasyonlar dendogramda iki ayrı grup oluşturdu. Yabancı ve açık tozlaşma ile elde edilen populasyonlar doğal populasyonlarla yakın bir ilişki gösterdi. Bu çalışmada mikrosatellit DNA markörleri yardımıyla klonların kimlik karışıklığı çözüldü. Ayrıca, klon bankası ve doğal dağılım alanlarındaki populasyonların genetik çeşitliliğinin boyutu ve şekli değerlendirildi ve klonal olarak çoğaltılmış ağaçlar başarılı bir şekilde belirlendi. Bütün populasyonlar Avrupa kara kavağı için dizayn edilecek gelecek ıslah programları için yeterli genetik çeşitliliğe sahiptir. Klon bankasında çok sayıda klonal olarak çoğaltılmış ağaç bulundu. Gelecek ıslah çalışmaları için bu klonlar genetik çeşitliliğin zengin olduğu bölgelerden seçilmiş yeni bireylerle değiştirilmelidir.
Özet (Çeviri)
The genus Populus is known as a group of forest trees for commercial exploitation. The European black poplar (Populus nigra L.), belonging to the genus Populus, is a keystone species of floodplain forests in Europe. Populus nigra has also been used as a model tree in the study of genetic resource conservation of wild relatives of cultivated plants. Turkey has over 68.000 ha poplar plantations with P. nigra and 77. 000 ha consisting of various hybrids of it. Due to overexplotation, loss of natural distribution area and introgression, P. nigra is one of the most threatened tree species in Turkey and Europe. The important and major genetic resources of European black poplar for Turkey consist of 297 clones and located in Behiçbey clone bank in Ankara with perspective of ex situ conservation programme for future plantations. To characterize genetic diversity in European black poplar populations and to provide genetic identity information for these, 297 P. nigra clones were analysed by using 12 microsatellite DNA markers. Also, 32 trees from newly discovered two natural populations were included into the analyses to compare them with the clone bank populations with respect to genetic diversity. The number of alleles ranged from 3.36 to 8.08 for 12 populations. The observed heterozygosity was found to be between 0.62 and 0.69. About 8 % of total genetic variation is between clone bank and natural populations. Great portion of total genetic variation (92%) is within the populations present in the clone bank. When all European black poplar populations (clone bank and natural populations) were evaluated with respect to genetic relatedness, clone bank and natural populations formed two separate group in the dendogram. Foreign and open pollinated populations indicated a close association to natural populations. In the current study, with the help of microsatellite DNA markers, identity problems of clones were solved. Furthermore, magnitute and pattern of genetic diversity in populations from clone bank and natural distribution areas were assessed and clonally duplicated trees were successfully determined. All populations have sufficient genetic diversity to carry out further breeding programmes for European black poplar. There have been found many clonally duplicated trees in the clone bank. For further breeding studies, these clones have to be replaced with new selected individuals from genetic diversity rich areas.
Benzer Tezler
- Genetic diversity pattern in Populus nigra populations of two major river systems in Turkey
Türkiye'deki iki temel nehir sistemindeki Populus nigra populasyonlarının genetik çeşitlilik yapısı
ASİYE ÇİFTÇİ
- The phylogenetic analysis of Pinus nigra Arnold subspecies pallasiana varieties with respect to non-coding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Pinus nigra Arnold alt tür pallasiana varyetelerinin filogenetik analizi
AYSUN DEMET GÜVENDİREN GÜLSOY
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Mitokondri ve mikrosatellit DNA analizleriyle Türkiye denizlerindeki hamsi (Engraulis encrasicolus, L.) populasyonlarının genetik yapısının belirlenmesi
Determination of population genetic structure of European anchovy (Engraulis encrasicolus L.) in the Turkish seas using mitochondrial and microsatellite DNA analyses
SERAP ŞENOL TUNCAY
- Virulence and genetic diversity of Colletotrichum lindemuthianum isolates collected from common bean varieties of Turkey
Türkiye?deki taze fasulyeler üzerinden toplanan Colletotrichum lindemuthianum izolatlarının virülans ve genetik çeşitliliği
SERLİ KÜÇÜKYAN CANSEVEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MÜGE TÜRET SAYAR
- Doğu Karadeniz bölgesinden entomopatojenik fungusların izolasyonu, karakterizasyonu ve virülanslarının belirlenmesi
Isolation and characterization of entomopathogenic fungi from the Eastern Black Sea region and determination of their virulence
ALİ SEVİM
Doktora
Türkçe
2010
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZİHNİ DEMİRBAĞ