Gene expression indices for single-channel microarrays
Tek kanallı mikrodizinlerin gen ifade indeksleri
- Tez No: 338594
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, İstatistik, Biotechnology, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Bölümü
- Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 122
Özet
Mikrodizin teknolojisi biyoloji bilimlerindeki yeni ve gelişmiş araçlardan birisidir. Bu optik teknoloji, RNA tarafından her bir gen için transkrip edilen mesajdaki degişim miktarını, dizin- lerdeki renk yog unluğunu bularak ölçmeyi amaçlamaktadır. Fakat farklı deneysel koşullardan dolayı, bu ölçümler hem sistematik hem de rassal hatalı yogunlukları da içerebilir. Bu çalışmada, tek - koşullu mikrodizinlerde, sistematik hata kaynaklarından biri olan ardalan sinyalleriyle ilgilenmekteyiz. Bu amaçla, öncelikle gen ifade düzeylerini, yani gen ifade indekslerini, tahmin etmek için kullanılan, en çok bilinen, MAS 5.0, MBEI, RMA, ve BGX yaklaşımları gibi yöntemleri tanıtmaktayız. Daha sonra çoklu-RGX (Ç oklu Prob-Saglam Gen Ifade Indeksi) adlı, bu çeşit dizinler için geliştirilmiş, FGX modelinin genelleştirilmiş hali olarak görülebilen ve BGX yöntemiyle de oldukça baglantılı olan, yeni bir gen ifade indeksi sunmaktayız. Ç oklu-RGXde, hem normal olmayan, özellikle uzun kuyruklu simektrik (LTS) dag ılımlı, logaritmik ifadeleri kapsayarak, hem de FGX modelin uyguladıg ı gibi sadece prob ortalama yogunluklarını almak yerine, her gen ve her bir probdaki tüm gen ifadelerini kullanarak FGX modeli genişletilmiştir. Böyle bir modelin tahmininde, LTS altında ola- bilirlik denklemlerinin açık olmayan sonuçlarını çözebilen, uyarlanmış en çok olabilirlik yöntemini uygulamaktayız. Ayrıca gözlemlenebilir Fisher Bilgi Matrisi yardımıyla, model parametrelerinin kovaryans-varyans matrisini çıkarmaktayız. Son olarak, ölçümlerden gelen bilgi artışını bulmak için yeni indeksimizin FGXe göre başarısını farklı veri kümeleriyle degerlendirmekteyiz.
Özet (Çeviri)
The microarray technology is one of the recent and advance tools in biological sciences. This optical technology aims to measure the amount of changes in transcripted message for each gene by RNA via quantifying the colour intensity on the arrays. But due to the different exper- imental conditions, these measurements can include both systematic and random erroneous intensities. In this study, we deal with one of these systematic sources of errors, called background sig- nals, for one-channel microarrays. Hereby, we initially describe the most well-know methods such as MAS 5.0, MBEI, RMA, and BGX approaches for estimating the gene expression levels, i.e., gene expression indices. Then, we present a novel gene expression index, called multi-RGX (Multiple Probe-Robust Gene Expression Index), which can be seen as a general- ization of the FGX model and closely related to the BGX method developed for this type of ar- rays. In multi-RGX, the FGX model is extended by both covering nonnormal log-expressions, in particular, long-tailed symmetric (LTS) densities, and taking not only the probe mean in- tensities, rather using all gene expressions in each probe for every gene. In inference of such model, we apply the modified maximum likelihood method to deal with the unexplicit so- lutions of the likelihood equations under LTS. Moreover, we derive the covariance-variance matrix of model parameters from the observed Fisher Information matrix. Finally in order to find the gain in information from the estimation, we evaluate the performance of our novel index in different datasets.
Benzer Tezler
- Bulanık kümeleme analizinde bulanık kümeleme algoritmalarının karşılaştırılması
A comparison of fuzzy cluster algorithms in fuzzy clustering analysis
ASLI KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
İstatistikAnadolu Üniversitesiİstatistik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZER ÖZDEMİR
- Tedavi gören depresyon ve anksiyete bozukluğu tanılı hastalarda olası genotoksik hasarın belirlenmesi
Determination of possible genotoxic damage in patients under treatment due to depression and anxiety disorders
SALİH ÖZDEN
- Molecular mechanisms of vincristine and paclitaxel resistance in MCF-7 cell line
MCF-7 hücre hattında paklitaksel ve vinkristin dirençliliğinin moleküler mekanizmaları
MELTEM DEMİREL KARS
Doktora
İngilizce
2008
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Bölümü
PROF. DR. ALİ UĞUR URAL
PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ
- Homolog olmayan uç birleşmesi (NHEJ) DNA onarım yolağının MCF7 hücre hatlarında gelişen doksorubisin direncine etkisinin araştırılması
Investigation of impact of non-homologous end joining (NHEJ) DNA repair pathway in the development of doxorubicin resistance in MCF7 cell lines
MEHMET ALİ AYKAÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyolojiBaşkent ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM DARCANSOY İŞERİ
- Schizosaccharomyces pombe'de heksoz taşıyıcılarının anlatım düzeylerinin araştırılması
Investigation of expression levels of hexose transporters in Schizosaccharomyces pombe
ÜMİT YAŞAR KINA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEDİA PALABIYIK