Geri Dön

Evaluation of exome sequencing data & mutation screening in GDAP1, GJB1, MPZ, NDRG1 VE PMP22 genes in Turkish CMT patients

Türk CMT ailelerinde ekzom dizileme verilerinin değerlendirilmesi ve GDAP1, GJB1, MPZ, NDRG1 VE PMP22 genlerinde mutasyon taraması

PDF İndir

  1. Tez No: 338921
  2. Yazar: MERVE SIVACI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 140

Özet

Kalıtımsal periferal sinir hastalığı olan Charcot-Marie-Tooth (CMT), gerek lokus çeşitliliği gerekse görülme sıklığının az olmasından dolayı ekzom dizileme analizi için oldukça uygun bir adaydır. Protein kodlayan bölgeler (ekzom), insan genomunun sadece %1?ini oluştursa da, fonksiyonel varyasyonların %85?i bu bölgelerde bulunur. DNA dizileme tekniklerindeki yeni gelişmeler, tüm genom dizilemesiyle karşılaştırıldığında ekzom dizilemeyi, hastalığa sebep olan varyasyonları bulmada tercih edilen bir yöntem kılmıştır. Bu çalışmanın ilk kısmında, on yedi Türk CMT hastasına ekzom dizileme uygulandı ve elde edilen veriler değerlendirildi. Üç ailede iki yeni MFN2 varyasyonu ile bir yeni GJB1 kırpılma varyantının kalıtıldığı doğrulandı. Ayrıca, DNM2, LRSAM, FGD4 ve KIF1B genlerinde yeni varyasyonlar saptandı. Ancak bu varyasyonların diğer aile bireylerinde ve sağlıklı kontrollerde doğrulanması gerekmektedir. Farklı iki ailede AARS ve DNM2 genlerinde daha önceden tanımlanmış mutasyonların hastalığa neden olduğu bulundu. Geniş CMT hasta gruplarında çalışılarak doğrulanması gerekli olan ve hastalığa sebep olabilecek muhtemel yeni genler belirlendi. Ekzom verileri arasında tüm incelenen hastalarda CMT genlerinde yedi ortak varyasyon ortaya çıkarıldı. Bunların altısının önceden rapor edilen polimorfizler olduğu belirlenirken birinin toplumumuzda sıklıkla görülen yeni bir varyasyon olabileceği öne sürüldü. Çalışmanın ikinci kısmında, sekiz CMT hastasında GDAP1, GJB1, MPZ, NDRG1 ve PMP22 genlerinde mutasyon taraması gerçekleştirildi. Bir hastada PMP22 geninde yeni bir varyasyon görüldü. Diğer bir hastada GDAP1 geninde daha önce rapor edilen üç polimorfizm bulundu. Romen kökenli iki kardeşte ise atasal p.R148X NDRG1 mutasyonu saptandı. Bu bulgular CMT gibi heterojen hastalıklarda ekzom dizilemesinin klinik olarak kullanılmasının önemini göstermektedir. Bu yöntemle hastalığa sebep olan varyasyonların saptanması, CMT genlerinin klinik bulgulara dayanılarak sırayla taramasına oranla daha kısa bir zamanda mümkün olabilmektedir.

Özet (Çeviri)

Charcot-Marie-Tooth (CMT) disease which is an inherited peripheral neuropathy is an excellent candidate to be analyzed by exome sequencing because of its locus heterogeneity and low prevalence. Protein-coding regions, `the exome?, constitute only 1% of the human genome, but 85% of the functional variations are found within these regions. Recent developments in sequencing techniques have made exome sequencing an alternative approach for disease-causing variation identification with its cost-effective feature when compared with whole genome sequencing. In the first part of this study, seventeen Turkish CMT patients were exome sequenced and the data obtained from sequencing was evaluated. Two novel variations in MFN2 gene as well as a novel splicing variant in GJB1 were confirmed in three families. In addition, in the other patients, novel variations in DNM2, LRSAM, FGD4 and KIF1B genes were identified, but they should be validated in other family members and also in controls. Previously identified mutations in AARS and DNM2 genes were found to be causative in two other families. Besides, possible novel genes were identified but needs confirmation in other patients. The data also revealed seven variations in CMT genes observed in all seventeen patients. Six of them have been previously reported as SNPs and one was novel probably representing a common variation in our population. In the second part of the study, eight other Turkish CMT patients were screened for mutations in the genes, GDAP1, GJB1, MPZ, NDRG1 and PMP22. A novel variation in PMP22 was identified for one patient and three previously reported SNPs were detected in GDAP1 for another patient. The presence of the founder p.R148X mutation in NDRG1 was also confirmed in two affected brothers. These data show the importance of clinical use of whole exome sequencing technology in CMT patients and other genetically heterogenous diseases as it allows the identification of disease-causing variants in a shorter period of time, compared to mutation screening in known CMT genes.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    521083

    Sendromik olmayan kraniyosinostozlu pediatrik olgularda olası aday genlerin tüm ekzom dizileme yöntemi ile incelenerek genotip – fenotip ilişkisinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the genotype-phenotype correlation by using the whole exome sequencing of possible candidate genes in pediatric cases with non-syndromic craniosynostosis

    ELANUR YILMAZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    GenetikAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZGÜL ALPER

  2. Tez No

    817791

    Dishormonogenezli konjenital hipotirodi hastalarında yeni nesil dizi analizi ile genetik etiyoloji değerlendirilmesi

    Evaluation of genetic etiology with a new generation sequence analysis in congenital hypothrody patients with dishormonogenesis

    ÜMRAN POTA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SELDA AYÇA ALTINCIK

    PROF. DR. GÖKHAN OZAN ÇETİN

  3. Tez No

    620990

    Bilinen metabolik hastalıklar ve sendromlar ile ilişkilendirilemeyen konjenital/gelişimsel kataraktlarda yeni nesil dizileme ile moleküler etiyolojinin araştırılması

    Investigation of molecular ethiology with new generation sequence in congenital / developmental cataracts that cannot be associated with metabolic diseases and syndromes

    HANDE TAYLAN ŞEKEROĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikHacettepe Üniversitesi

    Pediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLEN EDA ÜTİNE

  4. Tez No

    783030

    Meme kanseri olgularında genomdaki klinik önemi bilinmeyen değişiklikler sinyal yolakları ile ilişkili midir?

    Are changes of unknown clinical significance in the genome related to signaling pathways in breast cancer cases?

    SEZEN GÜNTEKİN ERGÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    GenetikBaşkent Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FERİDE İFFET ŞAHİN

  5. Tez No

    776767

    Tüm ekzom dizileme (WES) analizi ile elde edilmiş yağ asidi oksidasyon defektleri ile ilişkili genlerin retrospektif olarak güncel verilerle değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of genes related to fatty acid oxidation defects from whole-exome sequencing (WES) analysis with current data

    VOLKAN SÖNMEZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA SILAN

Geri Dön