Geri Dön

Prediction of polyadenylation sites by probe level analysis of microarray data

Mikroçip verisinin prob seviyesinde incelenerek çoklu adenin bölgelerinin bulunduğu yerlerin tahmin edilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 341032
  2. Yazar: YİĞİT İLGÜNER
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 77

Özet

Genellikle çoklu adenin yerlerinin tespit edilmesi, DNA dizilim deneyleriyle gerçekleştirilir. Belli bir durumda veya dokuda aktif hale gelen çoklu adenin bölgeleri, doğrudan yüksek veri incelemesi yapılarak tespit edilmemektedir. Mikroçip üreticilerinin, mikroçiplerini üretirken alternatif çoklu adenin bölgelerinin varlığını ihmal etmesi nedeniyle çoklu adenin bölgelerinin tespitinde, belli mikrodizi tasarım kararları kullanılabilir. Bu tezde, bilinen bir çoklu adenin bölgesinin sırasıyla yukarı ve aşağı olarak iki alt kümesinde diferansiyel ifade belirlemek için bir transkriptteki prob kümesinin prob melezleme düzeylerini araştıran bir yöntem ve karşılık gelen bir araç anlatacağız. Ayrıca, varsayılan çoklu adenin bölgelerinin tanımlanması için, dizilim bilgilerine dayalı olmayan yeni bir yöntem tanıtacağız. Bu teknik, bir prob kümesindeki her türlü olası uzak / yakın gruplara ayırılmış ifadeyi analiz edip gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar tespit etmektedir. Böyle bir varyasyon, yakın alt kümesi, prob dizisinin son nükleotit ve uzak alt kümesi, prob dizisinin ilk nükleotid arasında kabul edilen bir çoklu adenin bölgesinin işaretidir. Bu yöntem, farklı durumlarda bulunan birçok mikroçip örneğine uygulanmıştır. Bu sonuçlardan ve yöntemin performansından da bahsedeceğiz. Sonuçlar, bilinen çoklu adenin veritabanlarında yer almayan fakat biyolojik deneylerle doğrulanmış çoklu adenin bölgelerini de tespit edebildiğimizi göstermektedir.

Özet (Çeviri)

In general, identification of polyadenylation sites in 3' untranslated regions of genes is carried out by DNA sequencing. However, there is no direct high-throughput screen to detect the polyadenylation sites which are activated under particular circumstances or in certain tissues. Since microarray manufacturers usually overlook the alternative polyadenylation events when their microarrays are produced, certain design decisions of these microarrays can be used for detecting polyadenylation sites. In this thesis, we introduce a method and a corresponding tool which investigates the hybridization levels of individual probes in a probe set of a transcript to identify differential expression of two subsets of probes to the upstream and downstream of a known polyadenylation site, respectively. For the identification of the putative polyadenylation sites, we also introduce a new method that is not based on sequence information. This technique analyzes the differential expression of every possible proximal/distal grouping in a probe set and detects statistically significant variations between groups. Such a variation is an indicator of a putative polyadenylation site in between the last nucleotide of the probe sequence of the proximal subset and the first nucleotide of the probe sequence of the distal subset. We apply our method to several microarray samples that are manufactured under different conditions. We discuss the performance of our method on these datasets. Our results show that we are able to detect polyadenylation sites that are not in common polyadenylation databases but verified by biological experiments.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    338543

    Estrogen-induced upregulation and 3'-UTR shortening of CDC6

    Östrojen etkisiyle CDC6 ifadesinin artışı ve 3'UTR'sinin kısalması

    H. BEGÜM AKMAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN

  2. Tez No

    609607

    Use of an intronic polyadenylation site in breast cancers

    Bir intronik poliadenilasyon bölgesinin meme kanserlerinde kullanımı

    GÖZDE KÖKSAL BIÇAKCI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN

  3. Tez No

    732976

    Meklofenamik asit ile FTO (fat-mass and obesity associated gene) proteini baskılanmasının prostat kanseri hücre proteomu üzerine etkilerinin araştırılması

    Investigation of the effects of FTO (fat-mass and obesity associated gene) protein inhibition with meclophenamic acid on the prostate cancer cell proteome

    BÜŞRA SAĞLAM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Tıbbi BiyolojiKocaeli Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLİN KANLI

  4. Tez No

    385051

    Determination of the effect of polyadenylation SLR values on microarray data classification

    Mikroçip verisinin sınıflandırılması üzerinde çoklu adenin olayı SLR değerlerinin etkisinin tespit edilmesi

    ÜMİT ASLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TOLGA CAN

  5. Tez No

    82111

    Prediction of financial performance in İstanbul Stock Exchange: A comparative analysis

    İstanbul Menkul Kıymetler Borsası finansal performans tahmini: Karşılaştırmalı analiz

    ÖZGÜR TÜRETKEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1999

    İşletmeOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    DR. SEZA DANIŞOĞLU RHOADES

Geri Dön