Prediction of polyadenylation sites by probe level analysis of microarray data
Mikroçip verisinin prob seviyesinde incelenerek çoklu adenin bölgelerinin bulunduğu yerlerin tahmin edilmesi
- Tez No: 341032
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 77
Özet
Genellikle çoklu adenin yerlerinin tespit edilmesi, DNA dizilim deneyleriyle gerçekleştirilir. Belli bir durumda veya dokuda aktif hale gelen çoklu adenin bölgeleri, doğrudan yüksek veri incelemesi yapılarak tespit edilmemektedir. Mikroçip üreticilerinin, mikroçiplerini üretirken alternatif çoklu adenin bölgelerinin varlığını ihmal etmesi nedeniyle çoklu adenin bölgelerinin tespitinde, belli mikrodizi tasarım kararları kullanılabilir. Bu tezde, bilinen bir çoklu adenin bölgesinin sırasıyla yukarı ve aşağı olarak iki alt kümesinde diferansiyel ifade belirlemek için bir transkriptteki prob kümesinin prob melezleme düzeylerini araştıran bir yöntem ve karşılık gelen bir araç anlatacağız. Ayrıca, varsayılan çoklu adenin bölgelerinin tanımlanması için, dizilim bilgilerine dayalı olmayan yeni bir yöntem tanıtacağız. Bu teknik, bir prob kümesindeki her türlü olası uzak / yakın gruplara ayırılmış ifadeyi analiz edip gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar tespit etmektedir. Böyle bir varyasyon, yakın alt kümesi, prob dizisinin son nükleotit ve uzak alt kümesi, prob dizisinin ilk nükleotid arasında kabul edilen bir çoklu adenin bölgesinin işaretidir. Bu yöntem, farklı durumlarda bulunan birçok mikroçip örneğine uygulanmıştır. Bu sonuçlardan ve yöntemin performansından da bahsedeceğiz. Sonuçlar, bilinen çoklu adenin veritabanlarında yer almayan fakat biyolojik deneylerle doğrulanmış çoklu adenin bölgelerini de tespit edebildiğimizi göstermektedir.
Özet (Çeviri)
In general, identification of polyadenylation sites in 3' untranslated regions of genes is carried out by DNA sequencing. However, there is no direct high-throughput screen to detect the polyadenylation sites which are activated under particular circumstances or in certain tissues. Since microarray manufacturers usually overlook the alternative polyadenylation events when their microarrays are produced, certain design decisions of these microarrays can be used for detecting polyadenylation sites. In this thesis, we introduce a method and a corresponding tool which investigates the hybridization levels of individual probes in a probe set of a transcript to identify differential expression of two subsets of probes to the upstream and downstream of a known polyadenylation site, respectively. For the identification of the putative polyadenylation sites, we also introduce a new method that is not based on sequence information. This technique analyzes the differential expression of every possible proximal/distal grouping in a probe set and detects statistically significant variations between groups. Such a variation is an indicator of a putative polyadenylation site in between the last nucleotide of the probe sequence of the proximal subset and the first nucleotide of the probe sequence of the distal subset. We apply our method to several microarray samples that are manufactured under different conditions. We discuss the performance of our method on these datasets. Our results show that we are able to detect polyadenylation sites that are not in common polyadenylation databases but verified by biological experiments.
Benzer Tezler
- Estrogen-induced upregulation and 3'-UTR shortening of CDC6
Östrojen etkisiyle CDC6 ifadesinin artışı ve 3'UTR'sinin kısalması
H. BEGÜM AKMAN
Doktora
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN
- Use of an intronic polyadenylation site in breast cancers
Bir intronik poliadenilasyon bölgesinin meme kanserlerinde kullanımı
GÖZDE KÖKSAL BIÇAKCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Meklofenamik asit ile FTO (fat-mass and obesity associated gene) proteini baskılanmasının prostat kanseri hücre proteomu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of FTO (fat-mass and obesity associated gene) protein inhibition with meclophenamic acid on the prostate cancer cell proteome
BÜŞRA SAĞLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLİN KANLI
- Determination of the effect of polyadenylation SLR values on microarray data classification
Mikroçip verisinin sınıflandırılması üzerinde çoklu adenin olayı SLR değerlerinin etkisinin tespit edilmesi
ÜMİT ASLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Prediction of financial performance in İstanbul Stock Exchange: A comparative analysis
İstanbul Menkul Kıymetler Borsası finansal performans tahmini: Karşılaştırmalı analiz
ÖZGÜR TÜRETKEN
Yüksek Lisans
İngilizce
1999
İşletmeOrta Doğu Teknik Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
DR. SEZA DANIŞOĞLU RHOADES