Pankreatik kanser ve lenfoma hasta serumlarında antikor mikroarray yöntemi ile biyomarkır taraması
Biomarker screening with antibody microarray in the plasma of pancreatic cancer and lymphoma patients
- Tez No: 341951
- Danışmanlar: PROF. DR. ERSAN KALAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 113
Özet
Kanser kardiyovasküler hastalıklardan sonra insan ölümlerinde ikinci sırada yer almaktadır ve kontrolsüz hücre bölünmesiyle gelişen heterojen bir hastalıktır. Beş yıllık sağkalım oranı %5?in altında olan Pankreatik kanser (PK) en ölümcül kanser türlerinden biridir. Erken teşhiş araçları, tedavi seçeneklerini ve sonuçlarını önemli ölçüde geliştirebilecektir. Ayrıca B hücre lenfomalarının farklı türlerinin tanısının geliştirilmesine ihtiyaç vardır. Bu malignant tümörler lenfositlerde meydana gelen ve yüksek derecede hetorojen olan kanser tipidir. Çalışmamızda, potansiyel diagnostik biyomarkırların ve terapötik hedeflerin tanımlanması hedeflenerek, kan örneklerinin profillenmesi için, antikor mikroarray teknolojisi kullanıldı. Bu sebeple, çeşitli kanser türlerinde eksprese olduğu bilinen 46 farklı gene ait 100 splise varyantı kullanılarak bir antikor mikroarray çipi geliştirildi. Bu çipe karsinogenez ilişkili mekanizmalarda rol oynayan 31 proteine spesifik antikor ilave edildi. Tüm antikorlar, özgünlüklerinin değerlendirilmesi amacıyla western blotlama yöntemi ile hücre hattı ve doku örneklerinde dikkatlice valide edildi. Bu validasyonda tümör ve normal örneklerde, farklı bağlanma paternine sahip olanlar, dolayısıyla tanısal potansiyeli olanlar belirlendi. Ayrıca lenfoma ve pankreatik kanser hastalarından elde edilen serum örnekleri antikor mikroarrayde sağlıklı kontrollerle karşılaştırılarak analiz edildi. Pankreatik kanserde, MAPK8 ve MAPK9 protein izoformlarının ekpresyon seviyesinde anlamlı bir değişiklik gözlenirken, kronik pankreatitiste CYP1A1v, PLD1-114, XBP-1S izoformları da değişmiş seviyede görüldü. Difüz büyük B-hücre lenfomasında da FGFR3 potansiyel biyomarkır olarak belirlendi. Böylece, antikor mikroarrayin etkili ve güçlü kullanımıyla serum örneklerinin profillenmesi gerçekleştirildi. Ek olarak, bazı splise varyantları kanserin tanısının gelişmesi için potansiyel biyomarkır olarak belirlendi.
Özet (Çeviri)
Cancer has the second position in the human deaths after cardiovascular diseases. It is a heterogeneous disease group, which develops by uncontrolled cell division. With a 5-year survival rate of less than 5% pancreatic cancer (PC) is one of the most lethal types of all cancers. Means for an early diagnosis would improve the treatment options and outcome dramatically. There is also a need to improve differential diagnosis in B-cell lymphoma. These malignant tumors occur in lymphocytes and are an highly heterogeneous cancer type. In our study, we did use antibody microarray technology for a profiling of blood samples with the aim to identify potential diagnostic biomarkers as well as therapeutic targets. Therefore, an antibody microarray was build, which targets 100 splice variants of 46 distinct genes known to be expressed in various cancer types. This set was supplemented by antibodies against 31 proteins which play a role in carcinogenesis associated mechanisms. All antibodies were carefully validated by western blotting on cell line as well as tissue samples in order to judge their specificity. In this validation antibodies were identified which had a differential binding pattern in tumor and normal samples and thereby might have a diagnostic potential. In addition, plasma samples from lymphoma patients as well as from patients suffering from pancreatic cancer were analysed on antibody microarrays and compared with healthy controls. For pancreatic cancer, a significantly differentiation was observed in the expression of protein isoforms for MAPK8 and MAPK9, while isoforms of CYP1A1v, PLD1-114, XBP-1S occurred at alterated levels in chronic pancreatitis. In diffuse large B-cell lymphoma patients FGFR3 was identified as a potential marker. Thereby, the effective and robust use of antibody microarrays for a profiling of plasma samples was demonstrated. In addition, certain splice variants were identified as potential biomarker candidates to improve the diagnosis in cancer.
Benzer Tezler
- Ribozomal protein L10 ve L41'in meme kanseri moleküler alt tipleriyle ilişkisi
The relationship of ribosomal protein L10 and L41 with breast cancer molecular subtypes
SEBATİ SİNAN ÜRKMEZ
Doktora
Türkçe
2022
BiyokimyaOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRŞEN BİLGİCİ
- Kronik periodontiti olan hastalarda kanser insidansının değerlendirilmesi
Evaluation of cancer incidence in patients with chronic periodontitis
ÖMER DİZDAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
OnkolojiHacettepe ÜniversitesiPreventif Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADİR MUTLU HAYRAN
- PLGA-kurkumin nano-formülasyonunun kanser hücrelerinde NF-kB'nin p65 alt birimi düzeyi üzerindeki etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of PLGA-curcumin nano- formulation on the p65 sub-unit level of NF-kBb in cancer cell lines
ŞEYMA BULUT
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiBezm-i Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FATEMEH BAHADORİ
DOÇ. DR. PINAR OBAKAN YERLİKAYA
- Lösemi ve kolon kanseri hücrelerinde yeni bir proteozom inhibitörü olan MLN9708'in antineoplastik etkilerinin araştırılması
Investigation of antineoplastic effects of new proteasome inhibitor MLN9708 in leukemia and colon cancer cells
SELİN ENGÜR
- İçme suyundaki nitrat konsantrasyonunun insan sağlığı üzerine oluşturduğu risklerin belirlenmesi
Human health risk identification of nitrate concentration in drinking water
CEMİLE ARDIÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Çevre MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. L.SELİM SANİN