Geri Dön

Candidate gene identification in lotus Japonicus using insertional mutagensis and genetic mapping

Lotus Japonicus da ınsersıyonel mutagenesıs ve gen harıtalama teknıklerını kullanarak aday gen ıdentıfıkasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 342790
  2. Yazar: MUHAMMAD UMAIR AHSAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA FATİH ABASIYANIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Fatih Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 80

Özet

Lotus japonicas, rhizobia ile simbiyoz sonucu atmosferik azot fiksasyonu yeteneğine sahip model bir baklagil bitkisidir. Ileri genetik çalışmalarda, belirli fenotip bazlı değişikliklerden sorumlu genleri belirlemek için kullanır. Şimdiye kadar, Lotus bitkisinde simbiyotik ve simbiyotik olmayan birçok gen keşfedilmiştir. Insersiyonel mutagenez, gen fonksiyonu araştırmalarında kullanılan güçlü araçlardan biridir. Büyük ölçekte insersiyonel mutasyonlar üretmek için, alternatif bir yaklaşım olarak, transpoze edilebilir elemanlar uygulanabilir. Bu alanda ilerleme kaydedebilmek için, LORE1 etiketli mutant populasyon için ileri genetik uygulamalar yapıldı ve mikrobiyal aşılamalara bitki tepkisi görüntü tabanlı nicel fenotipleme analizi ile yapıldı. Bunu takiben L. japonicus?un doğal accessionlarindaki uygun genotipik bilgiler baz alınarak asosisasyon analizi yapıldı. Lotus retrotransposon 1 (LORE1) Gypsy-tipi retrotranspozonlardandır ve 5kbp uzunluğundadır. LORE1 doku kültürü sırasında stress olabilir ve bu sonraki jenerasyonlarda birkaç yeni insertsiyona yol açar. LORE1?in sekans ayrımı yapmadan, rastgele insersiye olduğu belirlenmiştir. Sekans spesifik amplifiye edilmis polimorfizm (SSAP) prosedürünu kullanarak, mutasyona uğramış farklı LORE1 hatlarında birkaç uygun aday gen bulabiliriz. L. Japonicus doğal aksesyonlari Sclerotinia ile enfekte edilmiş ve daha sonra asosisasyon haritalama analizine tabi tutulmuştur. Oluşturulan Manhattan plot sonucu belirli bir anlamlı ilişki bulunamamakla birlikte bu sonuçlar daha ileri çalışmalar için önemli ipuçları sağlayabilir.

Özet (Çeviri)

Lotus japonicus is a model legume plant, which has the ability to fix atmospheric nitrogen by symbiosis with rhizobia. The forward genetics approach uses a particular phenotype to identify which gene is responsible for certain changes. Up to now, a number of symbiotic and non symbiotic genes were discovered in lotus. Insertional mutagenesis is one of the most powerful tools to investigate gene function. For generating the insertional mutations on large scale, application of transposable elements can be an alternative approach. To facilitate progress in this field, we perform forward genetic approach for LORE1-tagged mutant population and image-based quantitative phenotyping of plant responses to microbial inoculation followed by association analysis based on available genotypic information from L. japonicus natural accessions. Lotus retrotransposon 1 (LORE1) belongs to Gypsy-type retrotransposon and is 5kbp long. LORE1 can be derepressed during tissue culture, which leads to a few new insertions in the next generations. It was shown that LORE1 inserts randomly, without sequence preferences. By adopting Sequence Specific Amplified Polymorphism (SSAP) procedure we are able to find some good candidate genes in different LORE1 mutated lines. L. japonicus natural accessions are infected with Sclerotinia and were afterward subjected to association mapping analysis. With generated Manhattan plot it is quite obvious that no significant association is found but these results can unveils some clues for further studies.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    232499

    From genome scan to disease gene identification

    Genom taramasından hastalık geni tanımlanmasına

    SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASLİ TOLUN

  2. Tez No

    562059

    Disease gene identification using linkage and exome analyses

    Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi

    İLKER KARACAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  3. Tez No

    710600

    Identification of a Gene Underlying a Major Fruit Texture QTL in Tomato

    Domateste Meyve Sertliği ile İlişkili Temel QTL Bölgesine Ait Genin Tanımlanması

    SELMAN ULUIŞIK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    ZiraatThe University of Nottingham

    Adalet Yönetimi Bilim Dalı

    PROF. GRAHAM SEYMOUR

  4. Tez No

    255863

    Locus and gene search in three disorders

    Üç hastalıkta lokus ve gen aranması

    RENİN HAZAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ASLIHAN TOLUN

  5. Tez No

    129245

    Locus and gene analyses in five inherited disorders

    Beş kalıtsal hastalıkta lokus ve gen analizi

    SİBEL AYLİN UĞUR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ASLI TOLUN

Geri Dön