Candidate gene identification in lotus Japonicus using insertional mutagensis and genetic mapping
Lotus Japonicus da ınsersıyonel mutagenesıs ve gen harıtalama teknıklerını kullanarak aday gen ıdentıfıkasyonu
- Tez No: 342790
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA FATİH ABASIYANIK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 80
Özet
Lotus japonicas, rhizobia ile simbiyoz sonucu atmosferik azot fiksasyonu yeteneğine sahip model bir baklagil bitkisidir. Ileri genetik çalışmalarda, belirli fenotip bazlı değişikliklerden sorumlu genleri belirlemek için kullanır. Şimdiye kadar, Lotus bitkisinde simbiyotik ve simbiyotik olmayan birçok gen keşfedilmiştir. Insersiyonel mutagenez, gen fonksiyonu araştırmalarında kullanılan güçlü araçlardan biridir. Büyük ölçekte insersiyonel mutasyonlar üretmek için, alternatif bir yaklaşım olarak, transpoze edilebilir elemanlar uygulanabilir. Bu alanda ilerleme kaydedebilmek için, LORE1 etiketli mutant populasyon için ileri genetik uygulamalar yapıldı ve mikrobiyal aşılamalara bitki tepkisi görüntü tabanlı nicel fenotipleme analizi ile yapıldı. Bunu takiben L. japonicus?un doğal accessionlarindaki uygun genotipik bilgiler baz alınarak asosisasyon analizi yapıldı. Lotus retrotransposon 1 (LORE1) Gypsy-tipi retrotranspozonlardandır ve 5kbp uzunluğundadır. LORE1 doku kültürü sırasında stress olabilir ve bu sonraki jenerasyonlarda birkaç yeni insertsiyona yol açar. LORE1?in sekans ayrımı yapmadan, rastgele insersiye olduğu belirlenmiştir. Sekans spesifik amplifiye edilmis polimorfizm (SSAP) prosedürünu kullanarak, mutasyona uğramış farklı LORE1 hatlarında birkaç uygun aday gen bulabiliriz. L. Japonicus doğal aksesyonlari Sclerotinia ile enfekte edilmiş ve daha sonra asosisasyon haritalama analizine tabi tutulmuştur. Oluşturulan Manhattan plot sonucu belirli bir anlamlı ilişki bulunamamakla birlikte bu sonuçlar daha ileri çalışmalar için önemli ipuçları sağlayabilir.
Özet (Çeviri)
Lotus japonicus is a model legume plant, which has the ability to fix atmospheric nitrogen by symbiosis with rhizobia. The forward genetics approach uses a particular phenotype to identify which gene is responsible for certain changes. Up to now, a number of symbiotic and non symbiotic genes were discovered in lotus. Insertional mutagenesis is one of the most powerful tools to investigate gene function. For generating the insertional mutations on large scale, application of transposable elements can be an alternative approach. To facilitate progress in this field, we perform forward genetic approach for LORE1-tagged mutant population and image-based quantitative phenotyping of plant responses to microbial inoculation followed by association analysis based on available genotypic information from L. japonicus natural accessions. Lotus retrotransposon 1 (LORE1) belongs to Gypsy-type retrotransposon and is 5kbp long. LORE1 can be derepressed during tissue culture, which leads to a few new insertions in the next generations. It was shown that LORE1 inserts randomly, without sequence preferences. By adopting Sequence Specific Amplified Polymorphism (SSAP) procedure we are able to find some good candidate genes in different LORE1 mutated lines. L. japonicus natural accessions are infected with Sclerotinia and were afterward subjected to association mapping analysis. With generated Manhattan plot it is quite obvious that no significant association is found but these results can unveils some clues for further studies.
Benzer Tezler
- From genome scan to disease gene identification
Genom taramasından hastalık geni tanımlanmasına
SİBEL AYLİN UĞUR İŞERİ
Doktora
İngilizce
2008
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLİ TOLUN
- Disease gene identification using linkage and exome analyses
Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi
İLKER KARACAN
Doktora
İngilizce
2019
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Identification of a Gene Underlying a Major Fruit Texture QTL in Tomato
Domateste Meyve Sertliği ile İlişkili Temel QTL Bölgesine Ait Genin Tanımlanması
SELMAN ULUIŞIK
Doktora
İngilizce
2015
ZiraatThe University of NottinghamAdalet Yönetimi Bilim Dalı
PROF. GRAHAM SEYMOUR
- Locus and gene search in three disorders
Üç hastalıkta lokus ve gen aranması
RENİN HAZAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Locus and gene analyses in five inherited disorders
Beş kalıtsal hastalıkta lokus ve gen analizi
SİBEL AYLİN UĞUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2002
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ASLI TOLUN