Theoretical investigation of dynamic mechanism of DNA passage through human topoisomerase IIß at atomic scale
Atomik seviyede DNA nın insan topoizomeraz IIß içerisinden geçiş mekanızmasının teorik incelenmesi
- Tez No: 342792
- Danışmanlar: DOÇ. DR. LEVENT SARI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 79
Özet
Son yıllarda, biyofizik, biyokimya ve diğer bu alanlarla ilgili diğer muldisiğliner bilimler DNA Topoizomerazların dikkate değer fonsiyonlarının olduğunu gösterdi. Farklı tipteki Topoizomerazlar DNA replikasyon, transkripsiyon, rekombinasyon ve kromatinin yeniden modellenmesi sırasında oluşan çeşitli topolojik problemlerin çözülmesinde önemli roller üstlenmektedirler. Bu enzimler içerindeki Tip II enzimler bir kapı oluşturmak için DNA?nın iki zincirini keser, diğer kesik olmayan DNA zinciri bu oluşan kapıdan geçirilir ve sonra kesik olan zincir tekrar bağlanır. Dahası bu enzimler bu işi DNA?nın çift veya tek zinciri üzerinde geçici bir kesik oluşturarak yaparlar. Bu tezde, biz büyük ölçekli domain hareketlerini moleküler dinamik simülasyon tekniğini kullanarak inceledik. Başlangıç atom koordinatları İnsan Topoizomeraz IIß?nın Kristal yapısından elde edilmişti.(pdb kod 3QX3) Bu çalışmanın temel amacı proteinin protein tarafından oluşturulan kapının açılma mekanizmasının dinamik olarak simülasyonunu yapmak. Bu çalışmanın sonucu olarak, dimer yapıya sahip olan topoizomeraz IIß DNA üzerindeki kapılar açılırken asimetrik davranır. Bu sonuç oldukça ilginç çünkü literatürdeki bütün tahminler iki kapının birden aynı anda açıldığını ileri sürmektedir.
Özet (Çeviri)
In recent years, the studies in biophysics, biochemistry and other multidisciplinary sciences with the related area of biophysics and biochemistry showed that DNA Topoisomarases have some considerable functions. Different types of Topoisomerases play a major role to solve several topological problems that occur during the DNA replication, transcription, recombination and cromatin remodeling. Topoisomerases included in Type II cut double strands of DNA to generate a gate, other intact DNA strand is passed through this gate, and then religate the cut strand. These enzymes perform this job introducing temporary single-strand or double-strand breakage into DNA. In this thesis, we have investigated the large scale domain motions of the enzyme, using the MD simulation technique. Initial atomic coordinates were obtained from the crystal structure of Human Topoisomerase IIß (pdb code 3QX3). The main aim of the study is to get dynamically simulation of the opening mechanism of the gate which is generated by protein. As a result of this study, we observed that the topoisomerase IIß which has dimeric structure behaves asymmetric when the gates on the DNA open. Also this finding is quite interesting, because all predictions in the literature assume that simultaneous two gate openings.
Benzer Tezler
- Structural and energetic investigation of effects of anti-cancer molecule topotecan on the mechanism of human topoisomerase I by means of molecular dynamics simulations
Anti-kanser molekül topotekanın human topoizomeraz I in mekanizmasına olan etkisinin yapısal ve enerjetık yönden moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
FİLİZ CAMCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Fizik ve Fizik MühendisliğiFatih ÜniversitesiFizik Bölümü
YRD. DOÇ. DR. LEVENT SARI
- Investigation of structural differences between wild-type and mutant forms of mutsα by molecular dynamics simulations
Mutsα heterodimerinin yabanıl tip ve mutant formları arasındaki yapısal farklılıklarının moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi
CLARA XAZAL BURAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyomühendislikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MERT GÜR
- Static and dynamic analysis of non-circular helical bars based on exact geometry
Kesin geometri tanımı ile dairesel olmayan helislerin statik ve dinamik analizi
MERVE ERMİŞ
Doktora
İngilizce
2019
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET HAKKI OMURTAG
- DNA:RNA hibrit yapılardaki mutasyonların moleküler yapı ve elektriksel iletkenlik üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of mutation on the molecular structure and conductance of DNA:RNA hybrids
BÜŞRA DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
BiyoteknolojiTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSİN EMRE ÖREN
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI