Geri Dön

Theoretical investigation of dynamic mechanism of DNA passage through human topoisomerase IIß at atomic scale

Atomik seviyede DNA nın insan topoizomeraz IIß içerisinden geçiş mekanızmasının teorik incelenmesi

  1. Tez No: 342792
  2. Yazar: MUHAMMED RIZA AKYÜZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. LEVENT SARI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Fatih Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 79

Özet

Son yıllarda, biyofizik, biyokimya ve diğer bu alanlarla ilgili diğer muldisiğliner bilimler DNA Topoizomerazların dikkate değer fonsiyonlarının olduğunu gösterdi. Farklı tipteki Topoizomerazlar DNA replikasyon, transkripsiyon, rekombinasyon ve kromatinin yeniden modellenmesi sırasında oluşan çeşitli topolojik problemlerin çözülmesinde önemli roller üstlenmektedirler. Bu enzimler içerindeki Tip II enzimler bir kapı oluşturmak için DNA?nın iki zincirini keser, diğer kesik olmayan DNA zinciri bu oluşan kapıdan geçirilir ve sonra kesik olan zincir tekrar bağlanır. Dahası bu enzimler bu işi DNA?nın çift veya tek zinciri üzerinde geçici bir kesik oluşturarak yaparlar. Bu tezde, biz büyük ölçekli domain hareketlerini moleküler dinamik simülasyon tekniğini kullanarak inceledik. Başlangıç atom koordinatları İnsan Topoizomeraz IIß?nın Kristal yapısından elde edilmişti.(pdb kod 3QX3) Bu çalışmanın temel amacı proteinin protein tarafından oluşturulan kapının açılma mekanizmasının dinamik olarak simülasyonunu yapmak. Bu çalışmanın sonucu olarak, dimer yapıya sahip olan topoizomeraz IIß DNA üzerindeki kapılar açılırken asimetrik davranır. Bu sonuç oldukça ilginç çünkü literatürdeki bütün tahminler iki kapının birden aynı anda açıldığını ileri sürmektedir.

Özet (Çeviri)

In recent years, the studies in biophysics, biochemistry and other multidisciplinary sciences with the related area of biophysics and biochemistry showed that DNA Topoisomarases have some considerable functions. Different types of Topoisomerases play a major role to solve several topological problems that occur during the DNA replication, transcription, recombination and cromatin remodeling. Topoisomerases included in Type II cut double strands of DNA to generate a gate, other intact DNA strand is passed through this gate, and then religate the cut strand. These enzymes perform this job introducing temporary single-strand or double-strand breakage into DNA. In this thesis, we have investigated the large scale domain motions of the enzyme, using the MD simulation technique. Initial atomic coordinates were obtained from the crystal structure of Human Topoisomerase IIß (pdb code 3QX3). The main aim of the study is to get dynamically simulation of the opening mechanism of the gate which is generated by protein. As a result of this study, we observed that the topoisomerase IIß which has dimeric structure behaves asymmetric when the gates on the DNA open. Also this finding is quite interesting, because all predictions in the literature assume that simultaneous two gate openings.

Benzer Tezler

  1. Structural and energetic investigation of effects of anti-cancer molecule topotecan on the mechanism of human topoisomerase I by means of molecular dynamics simulations

    Anti-kanser molekül topotekanın human topoizomeraz I in mekanizmasına olan etkisinin yapısal ve enerjetık yönden moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi

    FİLİZ CAMCI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Fizik ve Fizik MühendisliğiFatih Üniversitesi

    Fizik Bölümü

    YRD. DOÇ. DR. LEVENT SARI

  2. Investigation of structural differences between wild-type and mutant forms of mutsα by molecular dynamics simulations

    Mutsα heterodimerinin yabanıl tip ve mutant formları arasındaki yapısal farklılıklarının moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi

    CLARA XAZAL BURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MERT GÜR

  3. Static and dynamic analysis of non-circular helical bars based on exact geometry

    Kesin geometri tanımı ile dairesel olmayan helislerin statik ve dinamik analizi

    MERVE ERMİŞ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET HAKKI OMURTAG

  4. DNA:RNA hibrit yapılardaki mutasyonların moleküler yapı ve elektriksel iletkenlik üzerindeki etkilerinin incelenmesi

    Investigation of the effects of mutation on the molecular structure and conductance of DNA:RNA hybrids

    BÜŞRA DEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyoteknolojiTOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi

    Mikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ERSİN EMRE ÖREN

  5. Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi

    Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods

    GÜLŞAH AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE YURTSEVER

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI