Geri Dön

Mapping of the electronic structure of metalloproteins onto multi-orbital Anderson model using the density functional theory

Yoğunluk fonksiyoneli teorisini kullanarak metaloproteinlerin elektronik yapısının çok yörüngeli Anderson modeli çerçevesinde betimlenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 342901
  2. Yazar: ZAFER KANDEMİR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. NEJAT BULUT, PROF. DR. RAMAZAN TUĞRUL SENGER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 88

Özet

Bu tezde, yarı-iletken ev sahibi malzemenin içine geçiş metali safsızlık atomu eklenmiş olan bir sistemin elektronik özelliklerini betimlemek için etkili bir Haldane- Anderson modeli oluşturulmuştur. Metaloenzimler ve metaloproteinler, içinde geçiş elementi bulunan proteinlerdir.Vitamin B12, içinde kobalt atomu içeren metaloenzimdir. Vitamin B12, durum yoğunluğu elektroniğinde bir yarı-iletken aralığının varlığından dolayı yarı-iletken özelliği gösterir. Böylece, vitamin B12?nin elektronik özelliklerinin Haldane- Anderson modeli çerçevesinde çalışılabildiğini tartıştık. Bu tezde, ilk önce, Gaussian programı aracılığıyla Yoğunluk Fonksiyoneli Teorisini (YFT) kullanarak vitamin B12?nin diğer bir adıyla cyanocobalamin?in elektronik yapısı elde edilmiştir. YFT sonuçları kullanılarak ev sahibi ve 3d yörüngelerinin enerjileri ve onlar arasındaki hibridizasyon terimleri hesaplanmıştır. Safsızlık 3d yörüngelerinde yerel Coulomb itmesi ekleyerek son Haldane-Anderson Hamiltonyen elde edilmiştir. YFT sonuçlarından oluşturulan Haldane- Anderson Hamiltonyen, kuantum Monte Carlo gibi çok parçacıklı fiziğin kesin teknikleri kullanarak çalışılabilinmektedir. Ayrıca, ortalama alan yaklaşımları bu Hamiltonyende kullanılabilir. Böylece, bu tezde sunulan YFT hesaplamaları çok parçacıklı fizik teknikleri kullanarak metaloproteinlerin ayrıntılı araştırılması ilk adımda gösterilmiştir.

Özet (Çeviri)

In this thesis, an effective Haldane-Anderson model is constructed in order to describe the electronic properties of a system where a the transition-metal impurity atom is added into a semiconductor host material. Metalloenzymes and metalloproteins are proteins which contain a transition metal. Vitamin B12 is a metalloenzyme which contains a cobalt (Co) atom. The vitamin B12 exhibits semiconducting properties due to the presence of a semiconductor gap in the electronic density of states. Thus, we argue that the electronic properties of vitamin B12 can be studied within the framework of the Haldane-Anderson model. In this thesis, firstly, the electronic structure of vitamin B12, which is known as cyanocobalamin, is obtained by using the Density Functional Theory (DFT) via the Gaussian program. By using the DFT results, the energies of the host and the 3d orbitals, and the hybridization terms between them are calculated. The final Haldane-Anderson Hamiltonian is obtained by adding the onsite Coulomb repulsion at the impurity 3d orbitals. The Haldane-Anderson Hamiltonian which has been constructed in this way from the DFT results can be studied by using the exact techniques many-body physics such as quantum Monte Carlo. Perturbative mean-field treats can also be used to study this Hamiltonian. Hence, the DFT calculations presented in this thesis represent the first step of thorough investigation of metalloproteins using these techniques of many-body physics.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    898236

    Elektronik ticarette iş modelleri ve güncel sorunlar

    Business models and current issues in electronic commerce

    BÜLENT KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Uluslararası Ticaretİstanbul Üniversitesi

    Enformatik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVİNÇ GÜLSEÇEN

  2. Tez No

    894648

    Preparation and characterization of nanofibers for energy applications

    Enerji uygulamaları için nanofiberlerin hazırlanması ve karakterizasyonu

    GÖKTUĞ CİHANBEYOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    Enerjiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MELTEM YANILMAZ

  3. Tez No

    886686

    Thermodynamic stability of binary compounds: A comprehensive computational and machine learning approach

    İkili bileşiklerin termodinamik kararlılığı: Kapsamlı bir hesaplamalı yaklaşım ve makine öğrenmesi uygulaması

    FERAYE HATİCE CANBAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ADEM TEKİN

  4. Tez No

    308402

    Türkiye kütüphanecilik ve bilgibilim literatürünün entellektüel haritasının çıkarılması: Bir yazar ortak atıf analizi çalışması

    Mapping intellectual structure of Turkish library and information science literature: An author co-citation analysis study

    GÜLEDA DÜZYOL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Bilgi ve Belge YönetimiHacettepe Üniversitesi

    Bilgi ve Belge Yönetimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YAŞAR TONTA

  5. Tez No

    408629

    Çeşitli mikroşerit antenlerin karakteristik parametrelerinin farklı algoritmalarla eğitilen yapay sinir ağları ile hesaplanması

    Computation of characteristics parameters of various type microstrip antennas with the use of artificial neural networks trained by different learning algorithms

    SEYFETTİN SİNAN GÜLTEKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSelçuk Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KERİM GÜNEY

Geri Dön