Monitoring of cobalt adaptation of environmental bacterial isolates using ATR-FTIR spectroscopy
ATR-FTIR spektroskopisi ile çevresel bakteri izolatlarında kobalt adaptasyonunun incelenmesi
- Tez No: 355311
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE GÜL GÖZEN, PROF. DR. FERİDE SEVERCAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: ATR-FTIR spectroscopy, heavy metal adaptation, cobalt acclimation
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 106
Özet
Bu çalışma, kobalt aklimasyonunun üç farklı bakteri üzerindeki etkilerini incelemiştir. Ağır metaller yüksek konsantrasyonlarda bakteriler için toksiktir. Ancak metallere uzun süreli maruz kalma sonucunda, bakteriler ağır metallerin varlığında büyümeye uyum sağlayabilir. Bu uyumun sonucu olarak, bakteriler metabolizmaları ve moleküler yapılarında değişiklikler gösterir. Bu çalışmanın amacı kobalta alışmış bakterilerdeki bu değişimleri ATR-FTIR spektroskopisi ile canlı örnekler üzerinden incelemektir. Ilıman sığ bir gölden izole edilmiş olan Bacillus sp. ve Pseudomonas sp. ile beraber, iyi bilinen bir E. coli suşu incelenmiştir. Sonuçlar Bacillus sp. ve E. coli'nin hücre zarı ve duvar dinamiklerinde büyük değişimler olduğunu göstermiştir; Bacillus sp.'da peptidoglikan içeriğinde bir düşüş ve iki bakteride de zar yağlarının dizilmesinde sıklaşma görülmüştür. Dahası, Bacillus sp.'da RNA ve protein konsantrasyonlarında bir düşüş gözlenmiştir. Kobalta alışmış olan üç bakteri de, proteinlerinin konformasyonal bağımsızlığında bir düşüş sergilemiştir. İlginç bir şekilde, hem Bacillus sp., hem de E. coli DNA konformasyonlarında ufak ancak önemli değişimler göstermiştir. Bu ise metilasyona dayanan bir hafıza oluşumuna ve kobalt adaptasyonunun epigenetik yollarla kontrol edildiğine işaret ediyor olabilir. Anahtar Kelimler: ATR-FTIR spektroskopisi, ağır metal adaptasyonu, kobalt aklimasyonu
Özet (Çeviri)
This thesis investigates the effects of cobalt acclimation in three distinct bacteria. Heavy metals at high concentration can be toxic for bacteria. However, upon prolonged exposure bacteria can acclimate to grow in the presence of heavy metals. As a result of the acclimation, bacteria alter their metabolism and molecular structures. Aim of this study was to examine these alterations in cobalt acclimated bacteria via attenuated total reflection Fourier transform infrared (ATR-FTIR) spectroscopy on viable samples. Bacillus sp., and Pseudomonas sp., isolated from a temperate shallow lake, and a well-established strain of E. coli were investigated. Results hinted drastic changes in cell membrane and wall dynamics of Bacillus sp. and E. coli, including a decrease in peptidoglycan content of Bacillus sp. and the increased lipid ordering of the membrane in both bacteria. Furthermore, a decrease in RNA and protein concentrations of Bacillus sp. is measured. All three bacteria studied showed a decrease in conformational freedom of proteins in their cobalt acclimated status. Interestingly, both Bacillus sp. and E. coli showed slight but significant alterations in their DNA conformations which might imply a methylation mediated memory formation leading to epigenetic modulation for cobalt adaptation.
Benzer Tezler
- Elektrik dağıtım sistemlerinde birey odaklı konfor öncelikli talep yönetimi için akıllı yöntem geliştirilmesi
Developing an intelligent method for the user oriented comfort based demand response studies in the electricity distribution systems
MEHMET ALİ SÖNMEZ
Doktora
Türkçe
2021
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA BAĞRIYANIK
- Development of cobalt oxide modified electrodes and their investigation in electrocatalytic applications
Kobalt oksit modifiye elektrotların geliştirilmesi ve elektrokatalitik uygulamalarının incelenmesi
CEREN KUŞCİ
- Saçtırma tekniğiyle hazırlanan kobalt ince filmlerinin manyetik karakterizasyonu
Magnetic characterization of cobalt thin films which prepared with sputtering technique
TARIK YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Fizik ve Fizik MühendisliğiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEKİR AKTAŞ
- Seçili pestisitlerin, ilaç etken maddelerinin ve inorganik analitlerin spektroskopik ve kromatografik tayinlerine yönelik yenilikçi analitik yöntemlerin geliştirilmesi
Development of novel analytical methods for the spectroscopic and chromatographic determination of selected pesticides, drug active compounds and inorganic analytes
SÜLEYMAN BODUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
KimyaYıldız Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZGİN BAKIRDERE
PROF. DR. NURAY ATEŞ
- Kobalt, bakır, krom ve parabenlerin eser seviyede tayinlerine yönelik analitik yaklaşımların geliştirilmesi
Development of analytical approaches for the trace determination of cobalt, copper, chromium and parabens
TUĞÇE UNUTKAN GÖSTERİŞLİ
Doktora
Türkçe
2022
KimyaYıldız Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEYFULLAH KEYF
PROF. DR. SEZGİN BAKIRDERE
