3'UTR alterations in connection with estrogen receptor-alpha in breast cancer
Meme kanserinde östrojen reseptör-alfa'ya bağlı 3'UTR değişimleri
- Tez No: 355341
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Alternatif Poliadenilasyon, 3'UTR, Östrojen Reseptör, Meme Kanseri, Alternative Polyadenylation, 3'UTR, Estrogen Receptor, Breast Cancer
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bölümü
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
Alternatif poliadenilasyon (APA) farklı 3'UTR (transle olmayan bölge) uzunluklarına sahip farklı transkript izoformlar meydana getirir. Bu farklılıklar mRNA'nın hücre içindeki stabilitesini ve lokasyonunu değiştirebilir. 3'UTR değişimleri birçok hücresel durumda gözlemlenir. Örneğin, gelişim sırasında 3'UTR uzaması görülürken, proliferasyon sırasında kısalma gözlemlenmektedir. Kanser hücrelerinde de düzensiz bir APA söz konusudur. Birçok çalışmada yaygın olarak 3'UTR kısalması rapor edilmiştir. Meme kanseri hücrelerinde östrojen etkisiyle CDC6 geninde 3'UTR kısalması olduğunu daha önceki çalışmalarımızda göstermiştik. Bu çalışmada ise, östrojen reseptör (ER)-pozitif meme kanseri hastalarında ve hücre modellerindeki 3'UTR değişimlerinin incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, halka açık mikroçip datasetleri prob-tabanlı mikroçip analiz aracı (APADetect) ile analiz edildi. Her bir transkriptin proksimal/distal poly(A) bölgesi oranlarının ortalamalarına bağlı olarak, kısa vs. uzun 3'UTR varlığının göstergesi olan kısa-uzun oranı (SLR) hesaplandı. Mikroçiplerin Anlamlılık Analizi (SAM) ile anlamlı olarak 3'UTR'si uzayan ya da kısalan genler belirlendi. Daha sonra, bu genler in siliko analize tabi tutuldu. Bu analizlerin sonucunda ER(+) meme kanseri hastalarında, normal meme örneklerine kıyasla, 3'UTR değişimleri saptandı. Fakat hastalığın nüks ettiği hastalarda, nüks etmeyenlere göre, herhangi bir değişim bulunmadı. ERα'nın direkt ve indirekt etkilerinin sonucu olarak, ERα transfekte edilmiş MDA-MB-231 hücre hattı modelinde ise daha karmaşık bir APA tablosu meydana geldi. Sonuçlarımız ERα'nın etki mekanizmalarında APA mekanizmalarının da dahil olduğunu önermektedir. ERα'nın düzenlediği transkripsiyon ve APA arasındaki muhtemel bağlantı tam olarak açıklığa kavuşturulamamıştır.
Özet (Çeviri)
Alternative polyadenylation (APA) generates transcript isoforms with different 3'UTR (untranslated region) lengths due to the position of poly(A) tail. This difference may alter the stability and location of mRNA isoforms in cell. APA has been observed in various cellular states. For example, preferential use of distal poly(A) sites and 3'UTR lengthening occurs during development. However, in proliferation, use of poly(A) sites result with 3'UTR shortening for a large group of genes. In cancer cells, APA seems to be deregulated based on few observations. Widespread 3'UTR shortening was reported in vaious cancers. For example, our group revealed 3'UTR shortening of CDC6 induced by estrogen in breast cancer cells. In this study, we aim to investigate the 3'UTR alterations in estrogen receptor (ER)-positive breast cancer patients and cell models. For this purpose, publicly available microarray datasets were analyzed by a probe-based microarray analysis tool (APADetect). Based on the means of proximal to distal poly(A) site ratios of individual transcripts, the SLR (short-long ratio) was calculated as an indication of short vs. long 3'UTR abundance. Significance Analysis of Microarrays (SAM) determined significant genes that had 3'UTR shortened or lengthened genes. These genes were further analyzed in silico to reveal 3'UTR alterations in ER(+) breast cancer patients compared to normal breast samples. Interestingly, we did not detect APA based changes in patients in connection with relapse information. Further studies of APA in an ERα transfected MDA-MB-231 cell line model revealed a complicated picture of APA possibly as a consequence of direct and indirect effects of ERα. Our results suggest involvement of APA mechanisms in ERα action mechanisms. Possible link between ERα regulated transcription and APA remains to be elucidated.
Benzer Tezler
- Alternative polyadenylation analysis in myelodysplastic syndromes, glioblastoma and gastric cancer
Myelodisplastik sendromlar, gliyoblastom ve mide kanserinde alternatif poliadenilasyon analizi
TUNA ÇINKILLI
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Characterization of molecular-level changes due to MicroRNA-125b expression in breast cancer cells by spectroscopic and chemometric analysis techniques
Meme kanseri hücrelerinde MikroRNA-125b ifadesinin moleküler düzeyde neden olduğu değişimlerin spektroskopik ve kemometrik analiz teknikleri ile karakterizasyonu
NİHAL ŞİMŞEK ÖZEK
Doktora
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERİDE SEVERCAN
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Effects of cholinergic receptor nicotinic alpha 5 (CHRNA5) RNAi on apoptosis, DNA damage response, drug sensitivity, and hsa-miR-495-3p overexpression in breast cancer
Kolinerjik reseptör nikotinik alfa 5 (CHRNA5) RNAi uygulamasının, meme kanserinde apoptoz, DNA hasarı yanıtı, ilaç duyarlılığı ve hsa-miR-495-3p'nin yüksek ifadesine etkisi
ŞAHİKA CINGIR KÖKER
Doktora
İngilizce
2018
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Tiroid kanserli olgularda ilişkili genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile taranması: verilerin biyoinformatik analizi
Screening of associated geneswith new generation sequencing in patient swith thyroidcancer: bioinformatics analysis of data
MERVE MAŞA
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyomühendislikSüleyman Demirel ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KUYAŞ HEKİMLER ÖZTÜRK
- Phenotypical characterization of microRNA-106b overexpression in MCF10A breast cell line
MikroRNA-106b aşırı ifadesinin MCF10A meme hücrelerinde fenotipik karakterizasyonu
CANSARAN SAYGILI
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. A. ELİF ERSON BENSAN