Alternative polyadenylation analysis in myelodysplastic syndromes, glioblastoma and gastric cancer
Myelodisplastik sendromlar, gliyoblastom ve mide kanserinde alternatif poliadenilasyon analizi
- Tez No: 383094
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 167
Özet
Alternatif poliadenilasyon (APA) farklı uzunluklara sahip transkript izoformlarını oluşturan mekanizmadır. Özellikle 3' UTR (transle olmayan bölge) değişikliklerine bağlı olarak oluşan mRNA izoformları negatif veya pozitif düzenleyici elementler tarafından farklı düzenlemelere uğrayabilmektedir. Normal şartlarda, gelişme veya hücre bölünmesi gibi olaylarda özelleşmiş APA tercihleri görülebilir. Bu nedenlerle APA değişiklikleri yüksek bölünme özelliği gösteren hastalıklarda önemli olabilir. Gerçekten de APA olayları kanser hücrelerinde önemli görünmektedir. Farklı kanser türlerinde, 3'UTR kısalmasına yönelik bir eğilim görülmüştür. Bu çalışmanın genel amacı, agresif ve hızlı bölünme gösteren hastalıklar olan myelodisplastik sendromlar, gliyoblatom ve mide kanserlerinde APA değişikliklerini araştırmaktır. Bu amaçla, mikroçip datasetlerini analiz etmek için, prob-tabanlı mikroçip analiz aracı olan APADetect kullanıldı. Her transkript için, poly(A) eklenme bölgesine bağlı olarak proksimal ve distal prob sinyallerinden kısa/uzun oranı (SLR) hesaplandı. Kısa/uzun oranında önemli değişiklikler Mikroçiplerin Anlamlılık Analizi (SAM) ile belirlendi. Daha sonra yapılan analizlerle bu değişikliklerin hasta özellikleri ile herhangi bir korelasyon gösterip göstermediğine bakıldı. Önemli derecede değişen transkriptler ayrıca gen ontolojisi araçları kullanılarak görevsel yoğunlaşmalar için analiz edildi. Gerçekten de özellikle hücre bölünme döngüsünde veya dokuya özel görevleri olan birtakım genlerde yoğunlaşma eğilimleri görüldü. Biyoinformatik analizlere ek olarak, incelediğimiz üç farklı proliferatif hastalıkta ortak olarak değişen TCF3 gen transkriptiyle ilgilendik ve kısa 3' UTR izoformun varlığını bir mide kanseri hücre hattında deneysel olarak doğruladık. Bu sonuçlar APA motiflerindeki değişikliklerin habis dönüşümlerde önemli roller oynayabileceğini göstermektedir. Burada bildirilen sonuçlar başlangıç niteliğinde olmakla birlikte, işlevsel ilişkilendirmeleri doğrulamak ve araştırmak için gözlemlediklerimizi deneysel kurulumla genişletmeyi amaçlıyoruz. Yeni tanısal veya prognostik markerlerin tıp alanında kullanılmak üzere belirlenmesi için daha ileri çalışmalar gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Alternative polyadenylation (APA) is the process by which different length transcript isoforms are generated. Upon the changes in poly(A) tail positioning, especially in the 3' untranslated regions (UTRs), resulting mRNA isoforms may be regulated differently by negative or positive regulatory elements. Under normal circumstances, differential APA patterns have been observed during development or proliferation events. Therefore, such differential preferences of polyadenylation sites may be important in proliferative diseases. Indeed, APA events appear to be altered in cancer cells. A general trend towards 3' UTR shortening was observed in several cancers. The main aim of this study was to investigate alterations in APA patterns of myelodysplastic syndromes, glioblastoma multiforme and gastric cancer which are aggressive, rapidly proliferating diseases. To this end, APADetect, a probe-based microarray analysis tool, was used to analyze microarray datasets. For each transcript, the short/long ratio (SLR) values were calculated using the proximal and distal probe intensities according to poly(A) site location. Significant alterations in the SLR values were then detected by Significance Analysis of Microarrays (SAM). Further analyses were carried out to reveal any potential correlations with patients characteristics. Significantly altered transcripts were also analyzed for functional enrichment using gene ontology tools. Indeed, enrichment patterns could be seen in transcripts with functions related to both cell division cycle and tissue specificity. In addition to the bioinformatics based analyses, we focused on the TCF3 gene transcript which we observed to be commonly altered in the three diverse types of proliferative diseases that we analyzed and experimentally confirmed the presence of the shorter 3' UTR transcript isoform in a gastric cancer cell line. These results indicate that changes in APA patterns may be playing important roles in malignant transformations. While the results reported here are preliminary, we plan to extend these observations to an experimental setup to verify and investigate functional relevance. Further studies are necessary to identify novel diagnostic or prognostic markers for use in the medical field.
Benzer Tezler
- Alternative polyadenylation dependent 3'-UTR changes in triple negative breast cancers
Triple negatif meme kanserinde alternatif poliadenilasyona bağlı 3'-UTR değişiklikleri
TANER TUNCER
Doktora
İngilizce
2015
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN
DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Analysis of 3'UTR shortening events in breast cancer
Meme kanserinde 3'UTR kısalma olaylarının incelenmesi
ONUR BALOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoenformatik Bölümü
DOÇ. DR. TOLGA CAN
- Meklofenamik asit ile FTO (fat-mass and obesity associated gene) proteini baskılanmasının prostat kanseri hücre proteomu üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of FTO (fat-mass and obesity associated gene) protein inhibition with meclophenamic acid on the prostate cancer cell proteome
BÜŞRA SAĞLAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYLİN KANLI
- The characterization and potential functional role of wdr81, a novel zebrafish gene, associated with cerebellar ataxia, mental retardation and dysequilibrium syndrome (CAMRQ) in humans
İnsanlardaki serebellar ataksi, zeka geriliği ve dengesizlik sendromu ile ilişkilendirilen ve zebrabalığında yeni bir gen olan WDR81'in karakterizasyonu ve muhtemel işlevsel rolü
FÜSUN DOLDUR BALLI
Doktora
İngilizce
2016
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN TAYFUN ÖZÇELİK
DOÇ. DR. MICHELLE MARIE ADAMS
- 3'UTR alterations in connection with estrogen receptor-alpha in breast cancer
Meme kanserinde östrojen reseptör-alfa'ya bağlı 3'UTR değişimleri
MERVE ÖYKEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Bölümü
DOÇ. DR. AYŞE ELİF ERSON BENSAN