Validation of prognostic biomarkers for overall survival in melanoma patients undergoing autologous vaccination
Otolog aşı yapılmış malign melanoma hastalarında prognoz ile ilgili belirteç onaylaması
- Tez No: 355540
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 101
Özet
Malign Melanoma, nadir görülen en ölümcül deri kanseri türüdür. Malign melanoma hastalarının tanı ve tedavisi için belirteçlerin eksikliği, hastaların erken teşhisi ve hastalar için uygun destekleyici tedavi yöntemlerinin seçilmesinin önünde önemli bir engeldir. Melanomanın erken teşhis edilmesi takdirde IA ve IB evresindeki hastaların 5-10 yıllık hayatta kalma oranları Amerika Kanser Topluğunun istatistiklerine gore %85'in üzerindedir. Bunun yanı sıra, ilerleyen evre ve düşen hayatta kalma oranları ile birlikte, cerrahi müdahele sonrası uygun destekleyici tedavinin seçiminin hastaların hayatta kalma oranlarına ve hayat kalitelerin artırılmasına etkisi yüksektir. Melanomanın kanser türleri arasında en immunojenik kanser türü olması sebebiyle, malign melanoma hastalarını hedef alan immunoterapi denemeleri son 20 yılda daha geniş kapsamlı olarak geliştirilmektedir. Bunlara dayanarak, klinisyenlerin cerrahi müdahele sonrası otolog aşı yapılması için uygun malign melanom hastalarını belirlemelerinde kullanabilecekleri prognoz ile ilişkili belirteç araştırmaya karar verdik. İş birliği içinde olduğumuz araştırma grubunun katkısıyla, 28 malign melanom hastası primer hücre kültürü ve Luminex platformunda gen ekspresyon profilerini temin ettik. Güdümsüz Sağkalım Analiz Programı (USAT: laboratuarımızda geliştirilmiş sağ kalımla ilişkili genleri tespite yarayan bir yazılım) sonuçları temelinde, prognozla ilişkisi muhtemel genlerin gen ifade profilerini primer hücre kültürlerinde, qRT-PCR ile onamaya karar verdik. Hücre kültürü sırasında değişen ve dolaysıyla gen ifadeleri Luminex verileriyle örtüşmeyecek hale gelmiş hücre kulturlerinin Mutlak Sıra Farkı Toplamı (SARD) analizine dayanarak elenmesinden sonra, 21 örnekte çalıştığımız 10 genin doğrulanabilen 8'i; CT genleri (SSX1, MAGEA1), epitelyal mezenkimal belirteç genleri (CDX2, CLDN1), DNA onarım genleri (ERCC1, LIG3), transforme edici büyüme fakötürü (TGFα), kinaz A taşıyıcı proteini (AKAP13) idi. Laboratuarlarımızdaki CT genlerinin kanserlerdeki yüksek immunojenik potensiyellerine ait geçmiş çalışmalar, SSX1 ve MAGEA1 genlerini otolog aşılanmış malign melanoma hastalarında esas ilgimiz haline getirdi. Sonuçlarımız CT gen ifadesi yüksek olan malign melanom hastalarına otolog aşı yapılmasının genel sağkalımı artırmada faydalı olduğunu düşündürtüyor. Buna ek olarak, yüksek TGFα ifadesinin de otolog aşılamaya tabi tutulacak hastalarda prognozla ilişkili belirteç olduğu anlaşılmaktadır.
Özet (Çeviri)
Malignant Melanoma is deadliest type of skin cancer, seen with low frequency. Lack of diagnostic and prognostic markers are important obstacles during early detection and selection of appropriate adjuvant therapy for malignant melanoma patients. Upon early diagnosis of melanoma in patients with stage IA and IB, the survival rates for 5 to 10 years is above 85% based on American Cancer Society statistics. However, with increasing stage and low survival rates, selection of appropriate post surgical adjuvant therapy has high impact to increase the survival and life quality of patients. Immunotherapy trials targeting malignant melanoma (MM) patients have been developing in larger extents in the last 2 decades, considering melanoma is the most immugenic cancer type among all cancers. Based on these facts, we decided to search for prognostic biomarkers which will guide clinicians to define appropriate malignant melanoma patients to apply autologous vaccination as a post surgical adjuvant therapy. With the contribution of our collaborator research group, we were able to obtain 28 primary cell cultures of MM patients with known survival outcomes, and their gene expression profiles in Luminex platform. Grounding from the results of Unsupervised Survival Analysis Tool (USAT; a software designed to determine prognosis-associated mRNAs, developed in our laboratory), we decided to validate the expression profiles of prospective prognostic biomarker genes in the primary cell culture samples, with qRT-PCR. Subsequent to elimination of samples determined as being altered in culture over time, and thus no longer representing their expression profile, based on Sum of Absolute Rank Difference (SARD) analysis, 8 genes validated out of 10 in 21 samples were as follows; CT genes (SSX1, MAGEA1), EMT markers (CDX2, CLDN1), DNA repair genes (ERCC1, LIG3), transforming growth factor alpha (TGFα), A-kinase anchor protein 13 (AKAP13). Previous studies of our laboratory, concerning high immunogenic potential of CT genes in cancers, made SSX1 and MAGEA1 our major interest in autologous vaccinated MM patients. Our findings suggest that autologous vaccination might increase overall survival especially in malignant melanoma patients whose tumors show higher CT gene expression. We show that high expression of TGFα can also be used as a prognostic marker for identifying patients who will benefit from this treatment.
Benzer Tezler
- A-to-I RNA editing events, potential biomarkers for prognosis and chemosensitivity in gastric cancer
A-I RNA düzenleme olayları, gastrik kanserinde prognoz ve kemosensivite için potansiyel biyomarkerler
ISLI ÇELA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Transcript variants of CELF2 gene as unique prognostic indicators in breast cancer
Meme kanserinde CELF2 geninin özel prognostik göstergeler olarak transkrip çeşitleri
SHİLA AZİZOLLİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Prof. Dr. ALİ OSMAY GÜRE
- Prediction of prognosis and chemosensitivity in gastrointestinal cancers
Gastrointestinal kanserlerde prognoz ve tedavi cevabı tahmini
SEÇİL DEMİRKOL
Doktora
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Genomic and transcriptomic investigation of endemic burkitt lymphoma and epstein barr virus
Başlık çevirisi yok
YASİN KAYMAZ
Doktora
İngilizce
2017
BiyomühendislikUniversity of Massachusetts Medical SchoolDR. JEFFREY A. BAILEY
DR. ANN M. MOORMANN
- Meme karsinomlarında CTLA-4, PD-1 ve LAG-3 ekspresyonları ile tümör içi lenfosit skorunun prognoza etkisi
Prognostic significance of tumor infiltrating lymphocytes with CTLA-4, PD-1, and LAG-3 expression in breast carcinomas
SİDAR BAĞBUDAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMEN ÖNDER