Ürotelyal karsinomlarla ilişkilendirilmiş tümör baskılayıcı genlerin Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA) yöntemi ile metilasyon paternlerinin belirlenmesi
Determination of methylation patterns of tumor suppressor genes associated with urothelial carcinoma' by Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MLPA ) method
- Tez No: 359721
- Danışmanlar: PROF. DR. GÜLSEREN BAĞCI, DOÇ. DR. EMRE TEPELİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Ürotelyal karsinom, Tümör baskılayıcı genler, DNA metilasyonu, MS-MLPA
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Pamukkale Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 126
Özet
Mesane kanserlerinin yaklaşık % 10'u skuamöz hücreli karsinom ya da adenokarsinom, % 90'ından fazlası ürotelyal karsinomlardır. Ürotelyal karsinomlar, dünyadaki mesane kanserinin büyük çoğunluğunu oluşturur. Mesane kanseri çok faktörlü bir hastalıktır, bu yüzden hem çevresel hem de genetik faktörlerin hastalığın gelişiminde ve ilerlemesinde rolü vardır. Kanser gelişiminde ve ilerlemesinde epigenetik mekanizmalar önemlidir. CpG adalarının hipermetilasyonu özellikle tümör baskılayıcı genlerin transkripsiyonal sessizleşmesinde kritik rol oynar. Spesifik tümör baskılayıcı genlerin promoterlerinin DNA metilasyonu en çok çalışılan epigenetik mekanizmadır. Bu çalışmada, Metilasyon spesifik-Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) yöntemi kullanılarak mesane kanserleriyle daha önceden ilişkilendirilmiş 25 tümör baskılayıcı genin promoter bölgelerinin metilasyon paternlerinin incelenmesi amaçlandı. Bu çalışmaya ürotelyal karsinomu olan 80 olgu dahil edildi. DNA metilasyon analizi formalinle fikse edilmiş parafine gömülü mesane kanseri doku örneklerinde gerçekleştirildi. DNA izolasyonunu takiben, SALSA MS-MLPA ME002-B1 tumor suppressor probemix kiti kullanılarak MS-MLPA yöntemi ile 25 tümör baskılayıcı genin promoter bölgelerinin metilasyon paternleri analiz edildi. Mesane kanseri doku örneklerinin % 75'i metile, % 25'i unmetile olarak belirlendi. Metillenmiş genler arasında en yüksek metilasyon oranı MSH6, WT1, RB1 ve CDH13 genlerinde tespit edildi. Bu dört genin metilasyon durumları ile klinikopatolojik parametreler karşılaştırıldığında aradaki farklar istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı. Sonuç olarak, MS-MLPA yönteminin mesane kanserinin metilasyon profillerinin taranmasında kullanılabilecek, ucuz ve hızlı sonuç verebilen bir teknik olduğu görüldü. Mesane kanserinin erken tanısında MS-MLPA yönteminin rutin kullanıma geçirilmesinde daha kapsamlı araştırmalara ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Approximately 10% of bladder cancer is squamous cell carcinoma or adenocarcinoma, more than 90% are urothelial carcinomas.Urothelial carcinomas constitute the majority of bladder cancer in the world. Bladder cancer is a multifactorial disease, so both environmental and genetic factors play arole in disease development and progression. Cancer is important epigenetic mechanisms in the development and progression. Hypermethylation of CpG islands, especially the transcriptional silencing of tumor suppressor genes plays a critical role. DNA methylation of promoters of specific tumor suppressor genes most studied epigenetic mechanism. In this study, it was aimed to analyze methylation pattern of 25 tumor suppressor genes promoter regions previously associated with bladder cancer using Methylation specific-Multiplex Ligation-Dependent Probe Amplification (MS-MLPA) technique. 80 patients with urothelial carcinoma were included in this study. The analysis of DNA methylation was performed on formalin fixed parafin embedded bladder cancer tissues sampels. After DNA isolation, methylation patterns of 25 tumor suppressor genes promoter regions with MS-MLPA technique using SALSA MS-MLPA ME002-B1 tumor suppressor probemix kit were analyzed. Methylated 75% of bladder tissue samples, unmethylated 25%. Between methylated genes were identified the highest rate of methylation in MSH6, WT1, RB1 and CDH13 genes. These four gene methylation status and clinicopathological parameters were compared, statistically significant differences were found. As a result, it was determined that MS-MLPA is a technique which can give cheap, fast and reliable results in screening methylation pattern of bladder cancer. Realising routinely used MS-MLPA technique in the early diagnosis of bladder cancer is needed more extensive research.
Benzer Tezler
- Mesanenin ürotelyal karsinomlarında maspin ekspresyonunun tümör derece ve evresi ile ilişkisi
The relationship of maspin expression with tumor grade and stage in urothelial carcinomas of the urinary bladder
İBRAHİM SARI
- Benign ürotelyum ile düşük ve yüksek dereceli invaziv/non-invaziv ürotelyal karsinomlarda IMP3 ekspresyon profilinin belirlenmesi, tümör evresi ve diferansiyasyon derecesi ile korelasyonun saptanması
Immunohistochemical expression profile of IMP3 in benign urothelium and low/high grade and invasive/non-invasive urothelial carcinomas, and its correlation with tumor stage and grade
NİHAL ÖZKALAY ÖZDEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
PatolojiPamukkale ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NİLAY ŞEN TÜRK
- Mesane kaynaklı papiller ürotelyal karsinomlarda mast hücre yoğunluğunun grade, invazyon derinliği ve rekürrens ile ilişkisi
The relationship of mast cell density with grade, depth of invasion and recurrence in papillary urothelial carcinomas of the bladder
AYŞE GÖKÇE YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
PatolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN KARAKÖK
- Mikropapiller ve sarkomatoid tip invaziv ürotelyal karsinomlarda epitelyal-mezenkimal geçişin SOX-4 ekspresyonu ile ilişkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of epithelial-mesenchymal transition in relation to SOX-4 expression in micropapillary and sarcomatoid type invasive urothelial carcinomas
BÜŞRA ERŞAN ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
PatolojiKocaeli ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BORA GÜREL
- Kliniğimizde 2008-2018 yılları arasında tanı alan mesane karsinomu olgularının yeniden değerlendirilmesi ve ürotelyal karsinom subtiplerinin belirlenmesi
Re-evaluation of bladder carcinoma cases and determination of urothelial carcinoma subtypes diagnosed in our clinic between 2008 and 2018
EMEL CIVAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Patolojiİzmir Katip Çelebi ÜniversitesiTıbbi Patoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA HÜSNİYE DİLEK