Structural study of gaba type a receptor:The effect of intrasubunit disulphide bridges on dynamics
Gaba a reseptöründe moleküler modelleme çalışması: Reseptörün altbirimlerinde yeni oluşturulan disülfit köprülerin,reseptör yapısına dinamik etkisinin gözlenmesi
- Tez No: 360950
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ŞEBNEM EŞSİZ GÖKHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Biyoloji ve Biyoinformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 51
Özet
Memeli beyninde yaygın bulunan 〖GABA〗_A reseptör ailesinin, α_1 β_2 γ_2 hakkında en fazla bilgi sahibi olunan üyesidir. 〖GABA〗_A R zengin farmakolojik aktivite göstermesine rağmen, spesifik moleküler yapısı hakkındaki bilgimiz sınırlıdır. Biz bu çalışmada , homoloji metod denilen yöntemle ökaryotik , glutamate –kapılı klor kanalı (GluCl) X-Ray yapısını , taslak olarak kullanılıp oluşturduğumuz 〖GABA〗_A reseptörü α_1 β_2 γ_2 üyesinin, transmembran bölgesine, iyon iletim mekanizması ve protein dinamiği üzerinde etkili olacağını düşündüğümüz disülfit köprüler oluşturduk. Oluşturan bu disülfit köprüler iki alpha altbirimde birer adet ve gamma altbirimde de bir adet olmak üzere toplamda üç adettir. Çalışmamızda disülfüt köprüler ilave edilen modeli 'model 2' diğerini de 'model 1' olarak adlandırdık. 140 nanosecondlık Moleküler Dinamik Simülasyonu ardından iki modelin dengeye ulaştığı 40 nanosecondlık ilk kısmı ihmal ederek analizlerimizi simulasyounumuzun son 100 nanosecondluk bölümü için gerçekleştirdik. Pore yapısında önemli değişime neden olmayan disülfit köprülerin reseptörün hareketlerinde ve özellikle C loop, M2-M3 bağlantı bölgesinde bölgelerindeki önemli etkilerini gözlemledik.
Özet (Çeviri)
In the mammalian brain the α_1 β_2 γ_2 gamma-aminobutyric acid type A receptor (〖GABA〗_A R) is the most commonly expressed subtype of 〖GABA〗_A receptor family. Although there is a rich pharmacological activity of 〖GABA〗_AR, specific molecular features are still not well known. In this study, we developed a new homology model based on a recently available X-Ray structure of the glutamate-gated chloride channel (GluCl). When it is compared with previous homology models of the 〖GABA〗_A based on lower sequence identity templates, there are three additional disulphide bridges occurring in between membrane spanning alpha helices namely two in the alpha and one in the gamma subunits. These new disulphide bridges are occurring due to the differences in the sequence alignments of template and target structures. Additionally, we performed molecular dynamics simulations with two models, one with the disulphide bridges in the transmembrane domanin (TMD), and the other without disulphide bridges. To analyze simulation results, minimum pore radius along the pore, root-mean-square deviation (RMSD) of proteins and root mean square fluctuation of C alpha (RMSF)are analyzed.Finally principal component analysis of the 100 nanosecond long trajectory is calculated to compare the differences in the correlated motions of two models.
Benzer Tezler
- Ratlarda karotis arter oklüzyonu ile oluşturulan iskemi ve reperfüzyon modelinde pregabalinin nöroprotektif etkisi
The effects of pregabaline on the model of ischemia and reperfusion created with carotid artery occlusion in rats
SANEM AŞCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
NörolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERPİL DEMİRCİ
- (Arilalkil)azol yapısında yeni oksim ester türevleri üzerinde çalışmalar: Sentez, biyolojik aktivite ve moleküler modelleme
Studies on new oxime ester derivatives in (arylalkyl)azole structure: Synthesis, biological activity, and molecular modelling
SUAT SARI
Doktora
Türkçe
2018
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVİM DALKARA
- Karbonil fonksiyonu içeren heterohalkaların atom ekonomik sentezi
Atom economical synthesis of heterocycles having carbonyl function
HATİCE NUR KUBİLAY
Doktora
Türkçe
2021
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OLCAY ANAÇ
DOÇ. DR. GÖKÇE MEREY
- Juvenil myoklonik epilepsi hastalarında renkli görme fonksiyonunun fotosensitivite ile ilişkisi
The relationship between color perspective function with photosensitivity in patients with juvenile myoclonic epilepsy
ELİF UYGUR KÜÇÜKSEYMEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
NörolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiNöroloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN BİÇER GÖMCELİ
- Karpuz (citrullus vulgaris) alfa-galaktozidazının doğal ve sentetik polimerlerde immobilizasyonu
Immobilization of watermelon (citrullus vulgaris) alfa-galactosidase on natural and synthetic polymers
SEÇİL TATAR ÖNAL