Geri Dön

A comparative molecular dynamics study of HLA-B51 and HLA-B52: Implications for the pathogenic role of HLA-B51 in Behçet's Disease

HLA-B51 ve HLA-B52'nin karşılaştırmalı moleküler dinamik çalışması: HLA-B51'in Behçet Hastalığı'ndaki patojenik rolü üzerine bulgular

PDF İndir

  1. Tez No: 367627
  2. Yazar: DENİZ AYDIN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN, YRD. DOÇ. DR. MEHMET SAYAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyomühendislik, Mühendislik Bilimleri, Tıbbi Biyoloji, Bioengineering, Engineering Sciences, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Koç Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 85

Özet

Behçet Hastalığı (BH), kronik inflamatuar bir hastalıktır ve nedeni bilinmemektedir. BH'nın HLA-B51 ile bağlantılı olduğunun bundan kırk yıl önce bulunmasından beri BH ile ilgili yapılan neredeyse her çalışma HLA-B51'in BH ile bağlantılı olduğunu doğrulamıştır. HLA-B51'in BH'nda en güçlü genetik risk faktörü olduğu defalarca doğrulanmasına rağmen, HLA-B51'in etki mekanizması tam olarak bilinmemektedir. BH, HLA-B51 ile bağlantılı olsa bile, HLA-B51 ile arasında yalnızca peptit bağlanma bölgesinde iki amino asit farkı olan HLA-B52 ile bağlantılı bulunmamaktadır. Bu farkın her iki proteinin peptit bağlı ve serbest hallerinin dinamik özelliklerine olan etkisini anlamak için bu iki MHC sınıf I proteininin on altı farklı peptit ile bağlı ve serbest hallerinin karşılaştırmalı moleküler dinamik simülasyonlarını gerçekleştirdik. Mesafe dağılım analizi peptidin bağlanmasının HLA-B52'nin daha tutarlı bir konformasyona kaymasını sağladığını, bunun yanında HLA-B51 için böyle bir kaymanın sağlanmadığını gösterdi. Atomik dalgalanma analizi buna ek olarak peptidin bağlanmasının HLA-B52'yi beklenen şekilde daha stabil bir yapıya ulaştırabildiğini, fakat -B51 üzerinde bu şekilde bir etkisinin olmadığını gösterdi. Bu gözlemlere bağlı olarak, peptit-bağlı, olgun HLA-B51 moleküllerinin instabil ve gevşek yapılarının, tamamlanmamış protein yanıtı ile endoplasmik retikulum (ER) kaynaklı proinflamatuar sinyal oluşumuna neden olarak HLA-B51'in BH'ndaki patojenik rolüne katkıda bulunduğu sonucuna ulaşılabilinir.

Özet (Çeviri)

Behçet's Disease (BD) is a chronic inflammatory disorder and its aetiology is unknown. Nearly every genetic study related to BD has confi rmed the association of HLA-B51 with BD since the time the association was first recognized forty years ago. Despite the recurrent affirmation of HLA-B51 as the strongest genetic risk factor in BD, the exact mechanism of action of HLA-B51 is still unknown. Even though BD is strongly associated with HLA-B51, it is found to be not associated with HLA-B52, which diff ers from HLA-B51 by only two residues found on the peptide-binding region. In order to understand the eff ect of these variations on the dynamics of the bound and unbound forms of the two proteins, we performed comparative molecular dynamics simulations on the two MHC class I proteins in the absence and presence of sixteen diff erent peptides. Distance distribution analysis showed that peptide binding results in a shift to a more coherent conformation in HLA-B52, while there is no signifi cant conformational shift in -B51. Atomic fluctuation analysis additionally showed that peptide binding makes HLA-B52 more stable, which is the expected case, whereas it does not have such an e ffect on -B51. Based on these observations, we speculate that the instability and floppiness of the overall peptide-bound structure of mature HLA-B51 molecules may contribute to its pathogenic role in BD, by causing ER stress induced proinflammatory signaling through unfolded protein response (UPR).

Benzer Tezler

  1. Tez No

    246844

    A comparative molecular dynamics study of methylation state specificty of JMJD2A

    JMJD2A enziminin metilasyon spesifisitesinin karşılaştırmalı moleküler dinamik çalışması

    ÖZLEM ULUCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    BiyomühendislikKoç Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BURAK ERMAN

  2. Tez No

    109966

    FeCI3 ve YCI3 sistemlerinin sıvı fazdaki yerel yapılarının incelenmesi

    The Determination of local structure of FeCI3 and YCI3 systems in liquid phase

    FİKRET FATİH ONAY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Üniversitesi

    Atom ve Molekül Fiziği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ZEHRA AKDENİZ

  3. Tez No

    105994

    Polivalent metal halidlerin sıvı fazdaki polimerik yapıları

    Polymeric structures of polyvalent metal halides in liquid phase

    MUSTAFA ÇALIŞKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Fizik ve Fizik MühendisliğiTrakya Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ZEHRA AKDENİZ

  4. Tez No

    818751

    Detection of small organic molecules with three-dimensional biomolecule-based biosensors using bioinformatics applications

    Biyoenformatik uygulamalar kullanılarak üç boyutlu biyomoleküller temelli biyosensörler ile küçük organik moleküllerin tespit edilmesi

    İMREN BAYIL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyoteknolojiGaziantep Üniversitesi

    Biyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK

  5. Tez No

    620856

    Combined network analysis and molecular dynamics simulations study for characterization of prevalent somatic mutations in breast cancer: Sf3b1 case study

    Meme kanserinde bir hayli mutasyona uğramış bir geni karakterize etmek için birleşik ağ analizi ve moleküler dinamik simülasyonları çalışması: Sf3b1 örnek olay incelemesi

    ASMAA SAMY MOHAMED MAHMOUD

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Medipol Üniversitesi

    Biyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    Assoc. Prof. Dr. MEHMET KEMAL ÖZDEMİR

Geri Dön