Pattern of genetic diversity in Turkey oak (Quercus cerris L.) populations
Türk meşesi (Quercus cerris L.) populasyonlarında genetik çeşitliliğin yapılaşması
- Tez No: 368907
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Quercus cerris L, genetik çeşitlilik, mikrosatellitler, melezleşme, Quercus cerris L, genetic diversity, microsatellites, hybridization
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 136
Özet
Quercus cerris L., Türkiye'de doğal olarak yetişen ve geniş yayılım gösteren bir türdür. Anadolu ormanlarının önemli bir bileşenidir ve diğer meşe türleriyle birlikte geniş yapraklı ormanların %76,4'ünü oluşturmaktadır. Ancak Türk populasyonlarının genetik yapısı hakkında çok az miktarda bilgi mevcuttur. Bu çalışmada, doğal yayılım alanlarından örneklenmiş Q. cerris populasyonlarının genetik çeşitliliği, mikrosatellit lokusları (SSRs) polimorfizmiyle değerlendirilmektedir. Yedi farklı bölgeden on üç populasyon örneklenmiştir. Bunlardan dört tanesi, beraberce yayılım gösteren ve muhtemelen melezleşen farklı meşe türleri açısından zengindir. Populasyon genetik çeşitlilik parametrelerini hesaplamak için on iki mikrosatellit işaretleyicisi 172 Q. cerris genotipine ve 47 ekstra olası melez bireyine uygulanmıştır. Tüm genetik analizler ikişer kere yapılmıştır. Ayrıca, Q. cerris ve diğer meşe türleri ile olası melez bireylerinin genetik yakınlığını değerlendirebilmek için farklı bölgeler için Temel Bileşen Analizi (PCA) yapılmıştır. En yüksek moleküler çeşitlilik Kahramanmaraş-Adıyaman bölgesinde tespit edilmiştir. En düşük genetik çeşitliliğe sahip populasyonlar ise Kastamonu ve Ankara populasyonlarıdır. UPGMA kümelendirme sonuçlarına göre iki temel küme tanımlanmıştır. Bunlardan biri Kastamonu-Ankara populasyonlarından oluşurken, diğer küme, kalan tüm populasyonları içermektedir. En olası gerçek populasyon sayısı (K) tahmin edildiğinde, sadece Q. cerris genotipleri için iki, Q. cerris genotipleri ile 47 olası melez bireyleri için ise dokuz bulunmuştur. Dokuz küme için, Kahramanmaraş-Adıyaman populasyonları ve Kastamonu-Ankara populasyonları büyük kümeler oluştururken, kalan tüm populasyonlar kendi kümelerini oluşturmuştur. Olası melez bireyleri arasında, altı tanesi hariç, tümünün minimum 0.93 aitlik katsayısı ile belli bir tip genomik kompozisyona sahip olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Altısı içinden dördü de 0.80 aitlik katsayısına sahiptir ve iki ya da üç populasyona üyelikleri tespit edilmiştir. Bu çalışmanın bir sonucu olarak, Türk meşesinin genetik çeşitliliğinin yapılaşması ilk kez elde edilmiştir. Bu genetik bilgi, özellikle Türk meşesi yayılım alanlarının ciddi bir tahbibatla karşı karşıya olduğu düşünüldüğünde, türün genetik kaynaklarının korunması ve idaresi amacıyla ilkeler oluşturmak açısından yararlı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Quercus cerris L. is a native and widely distributed species in Turkey. It is an important element of Anatolian forests and with other oak species constitute 76.4% of broadleafed forests. However, there is little information on the genetic make-up of Turkish populations. In the current study, the genetic diversity of Q. cerris populations sampled within their natural range is assessed with microsatellite loci (SSRs) polymorphism. Thirteen populations were sampled from seven different locations. Four of these are rich in different oak species coexisting and possibly hybridizing. To estimate population genetic diversity parameters, twelve microsatellite primers were applied to 172 Q. cerris genotypes and 47 suspected hybrid genotypes. All genetic analysis were carried out in duplicate. Also, in order to evaluate the genetic proximity between Q. cerris and other oaks with suspected hybrid genotypes, Principle Component Analysis (PCA) were conducted for different regions. It was found that the highest molecular diversity was detected in Kahramanmaraş-Adıyaman region's populations. The populations that had the least genetical diversity were from Kastamonu and Ankara. According to the UPGMA dendrogram results, two major clusters were defined. One of them was composed of Kastamonu-Ankara populations while the other cluster had the rest of the studied populations. When the most probable number of populations (K) was estimated, it was found to be two for just Q. cerris genotypes and nine for Q. cerris genotypes analyzed with 47 suspected hybrid genotypes. For nine clusters, Kahramanmaraş-Adıyaman populations and Kastamonu-Ankara populations formed big clusters as the rest formed their individual clusters. Among suspected hybrid genotypes, except six of them, all was inferred to have certain type of populational genomic composition with a minimum 0.93 membership of coefficient for these populations. Among six, four of them had coefficients less than 0.80 and membership of two or three populations. As a result of this study, pattern of genetic diversity in Turkey oak obtained for the first time. This genetic information will be useful for establishing principles for conservation and management of genetic resources of the species since most of Turkey oak dispersion ranges are faced with a serious degradation rates.
Benzer Tezler
- Geographic distribution of genetic diversity of Cynips divisa (Hymenoptera:Cynipidae) in Turkey
Cynips divisa (Hymenoptera:Cynipidae)'nın Türkiye'deki genetik çeşitliliğinin coğrafik dağılımı
ERHAN ÇİMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP MUTUN
- Determination of genetic diversity in Salix caprea populations from the Coruh river watershed
Çoruh havzasında doğal yayılış gösteren Salix caprea populasyonlarının genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
YASİN TOKDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Genetic diversity of European black poplar (Populus nigra) populations from Turkey assessed by microsatellite DNA markers
Türkiye'deki Avrupa kara kavak populasyonlarının (Populus nigra) genetik çeşitliliğinin mikrosatellit DNA markörleri ile değerlendirilmesi
ASİYE ÇİFTÇİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
- The Genetic structure of cedrus libani A. rich populations dekermined by DNA markers
Cedrus libani A. rich populasyonlarındaki genetik yapılanmanın RAPD markörler tarafından belirtilmesi
GÖĞÇE CEREN KAYIHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2000
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEKİ KAYA
DOÇ. DR. SERTAÇ ÖNDE
- Assessment of genetic diversity in yellow rust disease resistant wheat (Triticum aestivum L.) genepool and gene expression analyses
Sarı pas hastalığına dayanıklı ekmeklik buğday (Triticum aestivum L.) gen havuzunda genetik çeşitliliğin belirlenmesi ve gen anlatım analizleri
TÜLİN TAŞCIOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
DR. ÖZGE KARAKAŞ METİN