Geri Dön

Comparative statistical microarray analysis of yeast data under heat shock stress

Isı şoku stresi altındaki ekmek mayası tek-kanallı mikrodizin verisinin karşılaştırmalı istatistiksel analizi

  1. Tez No: 368910
  2. Yazar: DUYGU VAROL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ, DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: İstatistik, Statistics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İstatistik Bölümü
  12. Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 114

Özet

Mikrodizin teknolojisi, biyoloji ve biyokimya bilimlerinde en çok kullanılan deneysel metotlardan birisidir. Bu yenilik sayesinde birçok gen istatistiksel yöntemler aracılığıyla eş zamanlı olarak analiz edilebilmektedir. Dolayısıyla bu çalışmada ekmek mayasının sıcaklık şoku stresi altındaki değişimini incelemek için ölçülen yeni bir tek-kanallı mikrodizin veri setini analiz etmekteyiz. Orta Doğu Teknik Üniversitesine ait Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji AR-GE Merkezinde toplanan bu veri, henüz hiçbir farklı araştırmada değerlendirilmemiştir. Dolayısıyla bu çalışmada, bu ölçümlerin detaylı, karşılaştırmalı analizini uygulamakta ve biyolojik bulguları sorgulayıcı biçimde değerlendirmekteyiz. Bu amaçla normalizasyon, farklı ekspresyonlu genlerin bulunması, değişik hata oranları altında çoklu test, sınıflandırma ve gen açıklaması araştırması ve de yolak analizi araştırması, her bir adımdaki en iyi bilinen yaklaşımlarla karşılaştırma yaparak uygulanmaktadır. Son olarak biyolojik sonuçlar sıcaklık değişimi altında ekmek mayası hakkında yeni bilgiler bulmak amacıyla değerlendirilmektedir.

Özet (Çeviri)

The microarray technology is one of the widely used experimental methods in biological and biochemical sciences. By this innovation, a number of genes can be analyzed simultaneously by means of statistical methods. Hereby in this study we analyze a new one-channel microarray dataset that is measured to investigate the changes in heat shock stress of yeast. The data that are generated in the Molecular Biology and Biotechnology R-D Center at the Middle East Technical University has not been evaluated yet in different researches. Hence in this study we perform detailed comparative analyses of these measurements and critically assessed the biological findings. For this purpose, in the thesis, we implement the normalization, the detection of differentially expressed genes, multiple testing under different error rates, clustering and the search of gene annotation as well as pathway analyses by comparing the most well-known approaches in each step. Finally, the biological results are evaluated to get new knowledge about the yeast under changes in temperature.

Benzer Tezler

  1. A comparative evaluation of feature selection algorithms for cancer classification through gene expression data

    Gen ifadesi verileri aracılığıyla kanser sınıflandırmasında öznitelik seçme algoritmalarının karşılaştırmalı değerlendirilmesi

    ASLI TAŞÇI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİzmir Ekonomi Üniversitesi

    Elektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜRKER İNCE

    PROF. DR. CÜNEYT GÜZELİŞ

  2. Development of a shiny application for comparative transcriptomics and differential gene expression

    Karşılaştırmalı transkriptomik ve diferansiyel gen ekspresyonu için bir shiny uygulamasının geliştirilmesi

    RONALDO LEKA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI

  3. Comparative statistical analysis of service quality in Turkish and Romanian banking sectors (at a company level)

    Türkiye ve Romanya bankacılık sektörlerindeki hızmet kalitesının karşılaştırmalı istatistik analizi (şirket düzeyinde)

    MERAL CAIALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    BankacılıkMarmara Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAUF NURETTİN NİSEL

  4. 2000 yılından sonra AB'ne üye olan ülkelerle Türkiye'nin bazı demografik ve ekonomik alanlarda karşılaştırmalı istatistiksel analizi

    Comparative statistical analysis of some economical and demographic properties between Turkey and EU members state that have joined after year 2000

    AHMET EMRE ARSLAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    İstatistikMarmara Üniversitesi

    İşletme Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAKAN YILDIRIM

  5. Comparative statistical analysis of Turkish and European insurance sectors( based on the importance of insurance sectors in the Turkish and European economies.

    Türkiye ve Avrupa sigorta sektörlerinin karşılaştırmalı istatistiksel analizi (İng.) (Türkiye ve Avrupa ekonomisinde sigorta sektörünün önemi)

    SENEM KARAOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    SigortacılıkMarmara Üniversitesi

    İşletme (İngilizce) Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. RAUF NURETTİN NİŞEL