Comparative statistical microarray analysis of yeast data under heat shock stress
Isı şoku stresi altındaki ekmek mayası tek-kanallı mikrodizin verisinin karşılaştırmalı istatistiksel analizi
- Tez No: 368910
- Danışmanlar: DOÇ. DR. VİLDA PURUTÇUOĞLU GAZİ, DOÇ. DR. REMZİYE YILMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İstatistik, Statistics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İstatistik Bölümü
- Bilim Dalı: İstatistik Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Mikrodizin teknolojisi, biyoloji ve biyokimya bilimlerinde en çok kullanılan deneysel metotlardan birisidir. Bu yenilik sayesinde birçok gen istatistiksel yöntemler aracılığıyla eş zamanlı olarak analiz edilebilmektedir. Dolayısıyla bu çalışmada ekmek mayasının sıcaklık şoku stresi altındaki değişimini incelemek için ölçülen yeni bir tek-kanallı mikrodizin veri setini analiz etmekteyiz. Orta Doğu Teknik Üniversitesine ait Moleküler Biyoloji ve Biyoteknoloji AR-GE Merkezinde toplanan bu veri, henüz hiçbir farklı araştırmada değerlendirilmemiştir. Dolayısıyla bu çalışmada, bu ölçümlerin detaylı, karşılaştırmalı analizini uygulamakta ve biyolojik bulguları sorgulayıcı biçimde değerlendirmekteyiz. Bu amaçla normalizasyon, farklı ekspresyonlu genlerin bulunması, değişik hata oranları altında çoklu test, sınıflandırma ve gen açıklaması araştırması ve de yolak analizi araştırması, her bir adımdaki en iyi bilinen yaklaşımlarla karşılaştırma yaparak uygulanmaktadır. Son olarak biyolojik sonuçlar sıcaklık değişimi altında ekmek mayası hakkında yeni bilgiler bulmak amacıyla değerlendirilmektedir.
Özet (Çeviri)
The microarray technology is one of the widely used experimental methods in biological and biochemical sciences. By this innovation, a number of genes can be analyzed simultaneously by means of statistical methods. Hereby in this study we analyze a new one-channel microarray dataset that is measured to investigate the changes in heat shock stress of yeast. The data that are generated in the Molecular Biology and Biotechnology R-D Center at the Middle East Technical University has not been evaluated yet in different researches. Hence in this study we perform detailed comparative analyses of these measurements and critically assessed the biological findings. For this purpose, in the thesis, we implement the normalization, the detection of differentially expressed genes, multiple testing under different error rates, clustering and the search of gene annotation as well as pathway analyses by comparing the most well-known approaches in each step. Finally, the biological results are evaluated to get new knowledge about the yeast under changes in temperature.
Benzer Tezler
- A comparative evaluation of feature selection algorithms for cancer classification through gene expression data
Gen ifadesi verileri aracılığıyla kanser sınıflandırmasında öznitelik seçme algoritmalarının karşılaştırmalı değerlendirilmesi
ASLI TAŞÇI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİzmir Ekonomi ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TÜRKER İNCE
PROF. DR. CÜNEYT GÜZELİŞ
- Development of a shiny application for comparative transcriptomics and differential gene expression
Karşılaştırmalı transkriptomik ve diferansiyel gen ekspresyonu için bir shiny uygulamasının geliştirilmesi
RONALDO LEKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Comparative statistical analysis of service quality in Turkish and Romanian banking sectors (at a company level)
Türkiye ve Romanya bankacılık sektörlerindeki hızmet kalitesının karşılaştırmalı istatistik analizi (şirket düzeyinde)
MERAL CAIALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
BankacılıkMarmara Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RAUF NURETTİN NİSEL
- 2000 yılından sonra AB'ne üye olan ülkelerle Türkiye'nin bazı demografik ve ekonomik alanlarda karşılaştırmalı istatistiksel analizi
Comparative statistical analysis of some economical and demographic properties between Turkey and EU members state that have joined after year 2000
AHMET EMRE ARSLAN
- Comparative statistical analysis of Turkish and European insurance sectors( based on the importance of insurance sectors in the Turkish and European economies.
Türkiye ve Avrupa sigorta sektörlerinin karşılaştırmalı istatistiksel analizi (İng.) (Türkiye ve Avrupa ekonomisinde sigorta sektörünün önemi)
SENEM KARAOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
SigortacılıkMarmara Üniversitesiİşletme (İngilizce) Ana Bilim Dalı
PROF.DR. RAUF NURETTİN NİŞEL
