Geri Dön

Oksigenaz enzimlerinin aktif merkez özelliklerinin model yapı katekol oksidaz (E.C. 1.10.3.1) üzerinde moleküler modelleme yoluyla incelenmesi

Nvestigation of the active site proterties of oxygenase enzymes on the catechol oxidase (EC 1.10.3.1) as model structure with molecular modelling methods

PDF İndir

  1. Tez No: 371400
  2. Yazar: ENİS ÜNAL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 109

Özet

Bu tezde katekol oksidaz (E.C.1.10.3.1) enzimin aktif merkez özellikleri moleküler modelleme yöntemleri ile incelendi.“Protein Data Bank”üzerinden elde edilen kristal yapılar üzerinden aktif merkez hazırlandı. Native ve inhibe (Katekol oksidaz-PTU) enzim formlar ile farklı yük ve çok katlılık koşullarında hesaplamalar gerçekleştirildi. Hesaplamalar için MM-UFF, PM6, PM3tm, B3LYP/Gen (LANL2DZ, 6-311G**) yöntemleri kullanıldı. Ayrıca aktif merkezde yer alan bakır atomları mangan ile değiştirildi ve hesaplamalar gerçekleştirildi. Elde edilen veriler ile aktif merkez geometrisi, substrat bağlanma modu, reaksiyon için uygun yük durumu ve elektronik yapı değerlendirildi. Katekol oksidaz aktif merkezde yer alan iki bakır atomu her biri üçer histidin tarafından koordine edilmektedir. Bu nedenle tez kapsamında histidin molekülü ayrıca incelenmiştir. Üç farklı imidazol formu ile olası tüm yük durumları kapsayan 12 farklı histidin yapısının Spartan 08 programı ile MM-Sybyl yöntemi kullanılarak konformer analizi gerçekleştirildi. Elde edilen yapılar Gaussian 09 programı ile B3LYP/cc-pVDZ yöntemi kullanılarak optimize edildi ve frekans analizi yapıldı.

Özet (Çeviri)

In this study, the properties of active site of catechol oxidase (E.C. 1.10.3.1) was investigated by molecular modelling methods. Initial structures were prepared from crystal structures obtained from“Protein Data Bank”. Calculations were performed in variable charge and multiplicity states with native and inhibeted (Catechol oxidase-PTU complex) forms of catechol oxidase. MM-UFF, PM6, PM3tm and B3LYP/Gen (LANL2DZ, 6-311G**) methods have been used in calculations. In addition, copper ions in active site were replaced with manganese ions and calculations were performed. Calculated data on, active site geometry, substrat binding mode, charge state and the electronic structure were analyzed. Both copper ions in active site of catechol oxidase are coordinated by three histidine residues. For this reason, histidine was investigated separately in detail. Twelve different forms of histidine that include all possible charge and terminal states, conformation distribution analyzes were performed by Spartan (MM-Sybyl). Obtained structures were optimized with Gaussian 09 quantum calculation program using B3LYP/cc-pVDZ and frequency analyzes calculations were performed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    690660

    Syntheses of bleomycin ligand models containing carbohydrates with antitumor activities and investigation of reactivity properties of non-heme high-valent iron(IV)-oxo complexes

    Antitümör aktiviteleri olan karbohidrat içeren bleomisin ligand modellerinin sentezleri ve hem olmayan yüksek değerlikli demir(IV)-okso komplekslerinin reaktivite özelliklerinin incelenmesi

    JALE ÖCAL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    KimyaEge Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AZİZE YEŞİM SALMAN

  2. Tez No

    702260

    Ceruleinle oluşturulan deneysel akut pankreatit modelinde proton pompa inhibitörü olan esomeprazole'nın akut akciğer hasarına etkisi

    The effect of esomeprazole, a proton pump inhibitor, on acute lung damage in experimental acute pancratitis model created with cerulein

    YUSUF İSKENDER TANDOĞAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Genel CerrahiKırıkkale Üniversitesi

    Genel Cerrahi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. OKTAY AYDIN

    DOÇ. DR. FARUK PEHLİVANLI

  3. Tez No

    396579

    Deneysel parkinson modelinde dokosaheksaenoik asit (DHA)'in koruyucu etkisinde hem oksijenaz enziminin rolü

    The role of heme oxygenase on the protecti̇ve effect of docosahexaenoi̇c aci̇d i̇n an experi̇mental model of parki̇nson's di̇sease

    AYŞE ÖZKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    FizyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Fizyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYSEL AĞAR

  4. Tez No

    405988

    Karbondioksit tutucu ve dönüştürücü biyomimik nano enzim sistemlerinin geliştirilmesi ve uygulamaları

    Developing carbondioxide capture and converting biomimick nanoenzyme systems and their applications

    ÖZLEM ÜNLÜER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyokimyaAnadolu Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU ERSÖZ

    PROF. DR. RIDVAN SAY

  5. Tez No

    307905

    Ratlarda akut spinal kord yaralanmasında nöroprotektif eritropoetinin hem oksijenaz-1 (HO-1) ve nitrik oksit sentaz (NOS) enzimleri üzerine olan etkilerinin araştırılması

    Investigation of the effects of neuroprotective erythropoetine on heme oxygenase 1 and nitric oxide syntase enzymes in rats with acute spinal cord injury

    ÖZGEN ÖZMETE

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Anestezi ve ReanimasyonAkdeniz Üniversitesi

    Anesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEVAL BOZTUĞ UZ

Geri Dön