Geri Dön

Anserin dipeptidinin bakır (Cu) metali ile olan etkileşiminin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi

Investigation of the interaction between dipeptide of anserine and copper (Cu) metal by molecular modelling method

  1. Tez No: 371401
  2. Yazar: YAHYA YASİN YILMAZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 68

Özet

Bu tezde Anserin (ß-alanil-L-histidin) dipeptidinin nötral ve zwitteriyonik halleri için sırasıyla konformasyon analizi ve optimizasyon işlemleri uygulanmıştır, bu işlemler sonucunda en kararlı yapılar elde edilmiştir ve bu yapılar içerisinden en düşük enerjili yapı ile Cu+ iyonunun etkileşimi moleküler modelleme yöntemi ile incelenmiştir. Anserinin nötral ve zwitteriyonik formlarının, SYBYL moleküler mekanik kuvvet alanı fonksiyonu kullanılarak oluşturulan konformerlerinin B3LYP/cc-pVDZ seviyesinde gaz fazında ve çözücü fazında ayrı ayrı olmak üzere optimize edilmesiyle çalışmaya başlanmıştır. Bu optimizasyon sonucunda elde edilen yapılardan en kararlı yapı B3LYP/GEN seviyesinde (C, H, O, N atomları için cc-pVTZ, Cu için LANL2DZ baz setleri tanımlanarak) Cu+ ile etkileşime sokulmuştur. Bakır iyonunun anserin ile kararlı olarak etkileştiği yapılar elde edilmiştir ve anserinin hangi bölgesinin bu etkileşimde hakim bölge olduğu tespit edilmiştir. Yapılan bu çalışma sonucunda, deneysel verilerde gösterilen anserin-Cu+ etkileşimi desteklenerek bu bağlanma bölgesi gösterilmiştir.

Özet (Çeviri)

In this study, conformational analyses and optimizations of neutral and zwitterionic forms of anserine (ß-alanyl-L-histidine) have been performed. After this step, interactions between Cu+ ion and the most stable anserine conformer have been investigated. The initiat step, with conformational analyses, has been performed by using SYBL molecular mechanics forcefield for neutral and zwitterionic forms of anserine. The optimizations have been carried out in both çözücü and vacuum at B3LYP/cc-PVDZ level. The most stable conformed is used to investigate the interactions with Cu+ ion at B3LYP/GEN level where the GEN keyword was defined as cc-PVTZ for C,O,N,H atoms and LANL2DZ for copper. Stable complexes of Cu and anserine were obtained and the most favorable complex have revealed the most probable interaction site of Cu on anserine. Finally, the results supported the literature data that express the interactions of Cu+ and anserine and have determined the most probable binding site on anserine.

Benzer Tezler

  1. Pes anserin bursiti olan diz osteoartritli hastalarda lazer ile ultrason tedavilerinin etkinliklerinin karşılaştırılması

    Comparıson of the effectıveness of laser and ultrasound treatments ın patıents wıth knee osteoarthrıtıs and pes anserıne bursıtıs

    TÜLÜN KAYA GÜÇER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonFırat Üniversitesi

    Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYHAN KAMANLI

  2. Pes anserin tendinobursitli hastalarda kortikosteroid fonofororezi ve kortikosteroid enjeksiyonu tedavilerinin etkinliklerinin karşılaştırılması

    Comparison of effectiveness of corticosteroid phonophoresis and corticosteroid injection in patients with pes anserine tendinobursitis

    ESRA AYDIN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SERAP TOMRUK SÜTBEYAZ

  3. Pes anserin bursitli diz osteoartrit hastalarında radial ekstrakorporeal şok dalga tedavisinin (rESWT) uygulanan seans sayısıyla ilişkili olarak ağrı ve fonksiyonellik üzerineetkinliğinin araştırılması

    Investigation of the effect of radial extracorporeal shockwave therapy (r-ESWT) on pain and functionality in relation tothe number of sessions performed in knee osteoarthritis patients with pes anserine bursitis

    ŞEYMA NUR BAYINDIR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyonİstanbul Medeniyet Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SADİYE MURAT

  4. Ultrason eşliğinde pes anserinus tendinobursitli hastalarda lökositten zengin plateletten zengin plazmanın (lR-PRP) etkinliği ve dozu

    Efficacy and dosage of leukocyte rich platelet rich plasma (lR-PRP) injection in patients with pes anserinus tendinobursitis

    ÇAĞLAR KARABAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Fiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAVVA TALAY ÇALIŞ