Geri Dön

A computational study on inactivation mechanisms of GABA ? AT

GABA ? AT inaktivasyonu mekanizmaları üzerine hesapsal bir çalışma

PDF İndir

  1. Tez No: 371523
  2. Yazar: HATİCE GÖKCAN
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. F. AYLİN KONUKLAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: GABA-AT, DFT, İnaktivasyon[1] Wang, Yuan, Nikolic, Van Breemen, R. B. and Silverman, R. B, 2006, Biochemistry, 14513-14522.[2] Storici, Qiu, Schirmer T. and Silverman, 2004, 14057, GABA-AT, DFT, Inactivation[1] Wang, Yuan, Nikolic, Van Breemen, R. B. and Silverman, R. B, 2006, Biochemistry, 14513-14522.[2] Storici, Qiu, Schirmer T. and Silverman, 2004, 14057
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Bilişim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 109

Özet

Beyindeki ?-aminobutirik asit (GABA) konsantrasyonunun düşüşü konvolüsyonun yanı sıra Parkinson hastalığı, Huntington koresi ve Alzheimer gibi çeşitli nörolojik hastalıklara neden olmaktadır [1, 2]. Bu nedenden ötürü, beyindeki GABA konsantrasyonunun artırılması terapatik uygulamalar sağlayacaktır. GABA'nın kan beyin bariyerini geçememesi nedeni ile, GABA-AT inaktivasyonu aracılığıyla GABA seviyesinin kontrolüne yönelik çeşitli inaktivatörler rapor edilmiştir. Bunlardan birisi de 5-amino-2-florosikloheks-3-enekarboksilik asittir. Bu bileşen enzim katalizli eliminasyon ile kovalent olarak modifiye edilmiş aktif bölge oluşmasını sağlayan Michael eklenmesi veya modifiye koenzim üreten aromatizasyon mejanizması aracılığı ile GABA-AT'yi inaktive etmektedir.Bu çalışmanın ana amacı, deneysel sonuçlar ışığında 5-amino-2-florosikloheks-3-enekarboksilik asit ile GABA-AT inaktivasyonunda gerçekleşmesi en mümkün mekanizmanın belirlenmesidir. Deneysel olarak öne sürülmüş olunan mekanizmalarda yer alan sabit yapılar B3LYP/6-31+G(d,p) teori seviyesinde optimize edilmiştir. Ayrıca çözücü etkisi de göz önünde alınmıştır.

Özet (Çeviri)

Reduction of ?-aminobutyric acid (GABA) concentration in brain causes convolution besides several neurological diseases such as epilepsy, Parkinson?s disease, Huntington?s chorea, and Alzheimer?s disease [1, 2]. Thus, increasing the concentration of GABA in brain will lead therapeutic applications. Due to the ineffectiveness of GABA to cross blood-brain barrier, several inactivators were reported to control the level of GABA in brain by inactivation of GABA-AT. One of them is 5-amino-2-fluorocyclohex-3-enecarboxylic acid. This compound could go through enzyme-catalyzed elimination that inactivates GABA-AT either by Michael addition that yields a covalently modified active site residue or an aromatization mechanism, which produces a modified coenzyme.The ultimate aim of this study is to identify the more plausible inactivation mechanism of GABA-AT with 5-amino-2-fluorocyclohex-3-enecarboxylic acid in conjunction with experimental results. The stationary structures throughout the experimentally proposed pathways have been optimized at the B3LYP/6-31+G(d,p) level of theory. The solvent effect is also taken into consideration.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    449110

    Molecular modelling of GABA-AT reactivity: From small representative models to the full protein, from molecular mechanics to quantum chemistry, from static to dynamics

    GABA-AT reaktivitesinin moleküler modellemesi: Küçük temsili modellerden tüm proteine, moleküler mekanikten kuantum kimyasına, statikten dinamiğe

    HATİCE GÖKCAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR

    PROF. DR. GERALD MONARD

  2. Tez No

    749171

    GABA-AT'nin γ-vinyl-GABA tarafından etkisizleştirilmesi: Hesapsal bir yaklaşım

    Inactivation of GABA-AT by γ-vinyl-GABA: A Computational Approach

    AHMET TUNCER DURAK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR

  3. Tez No

    401679

    Unveiling mechanisms for electrical activity patterns in neurons and pituitary cells using mathematical modeling and analysis

    Başlık çevirisi yok

    SEVGİ ŞENGÜL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    MatematikFlorida State University

    Matematik Ana Bilim Dalı

    DR. RICHARD BERTRAM

    DR. JOEL TABAK

  4. Tez No

    371529

    Computational study on the side reactions of dopa decarboxylase

    Dopa dekarboksilaz enziminin yan reaksiyonları üzerine hesapsal bir çalışma

    ERDEM ÇİÇEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR

  5. Tez No

    185279

    Monoamin oksidaz enziminin oksazolidinon ve benzeri heterosiklik bileşikler ile inaktivasyonunun kimyasal olarak modellenmesi

    Chemical modelling of the inhibition of monoamine oxidase enzyme by oxazolidinone and similar heterocyclic compounds

    ÜMÜT BOZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    KimyaMarmara Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SAFİYE ERDEM

Geri Dön