A computational study on inactivation mechanisms of GABA ? AT
GABA ? AT inaktivasyonu mekanizmaları üzerine hesapsal bir çalışma
- Tez No: 371523
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. F. AYLİN KONUKLAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: GABA-AT, DFT, İnaktivasyon[1] Wang, Yuan, Nikolic, Van Breemen, R. B. and Silverman, R. B, 2006, Biochemistry, 14513-14522.[2] Storici, Qiu, Schirmer T. and Silverman, 2004, 14057, GABA-AT, DFT, Inactivation[1] Wang, Yuan, Nikolic, Van Breemen, R. B. and Silverman, R. B, 2006, Biochemistry, 14513-14522.[2] Storici, Qiu, Schirmer T. and Silverman, 2004, 14057
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Bilişim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Beyindeki ?-aminobutirik asit (GABA) konsantrasyonunun düşüşü konvolüsyonun yanı sıra Parkinson hastalığı, Huntington koresi ve Alzheimer gibi çeşitli nörolojik hastalıklara neden olmaktadır [1, 2]. Bu nedenden ötürü, beyindeki GABA konsantrasyonunun artırılması terapatik uygulamalar sağlayacaktır. GABA'nın kan beyin bariyerini geçememesi nedeni ile, GABA-AT inaktivasyonu aracılığıyla GABA seviyesinin kontrolüne yönelik çeşitli inaktivatörler rapor edilmiştir. Bunlardan birisi de 5-amino-2-florosikloheks-3-enekarboksilik asittir. Bu bileşen enzim katalizli eliminasyon ile kovalent olarak modifiye edilmiş aktif bölge oluşmasını sağlayan Michael eklenmesi veya modifiye koenzim üreten aromatizasyon mejanizması aracılığı ile GABA-AT'yi inaktive etmektedir.Bu çalışmanın ana amacı, deneysel sonuçlar ışığında 5-amino-2-florosikloheks-3-enekarboksilik asit ile GABA-AT inaktivasyonunda gerçekleşmesi en mümkün mekanizmanın belirlenmesidir. Deneysel olarak öne sürülmüş olunan mekanizmalarda yer alan sabit yapılar B3LYP/6-31+G(d,p) teori seviyesinde optimize edilmiştir. Ayrıca çözücü etkisi de göz önünde alınmıştır.
Özet (Çeviri)
Reduction of ?-aminobutyric acid (GABA) concentration in brain causes convolution besides several neurological diseases such as epilepsy, Parkinson?s disease, Huntington?s chorea, and Alzheimer?s disease [1, 2]. Thus, increasing the concentration of GABA in brain will lead therapeutic applications. Due to the ineffectiveness of GABA to cross blood-brain barrier, several inactivators were reported to control the level of GABA in brain by inactivation of GABA-AT. One of them is 5-amino-2-fluorocyclohex-3-enecarboxylic acid. This compound could go through enzyme-catalyzed elimination that inactivates GABA-AT either by Michael addition that yields a covalently modified active site residue or an aromatization mechanism, which produces a modified coenzyme.The ultimate aim of this study is to identify the more plausible inactivation mechanism of GABA-AT with 5-amino-2-fluorocyclohex-3-enecarboxylic acid in conjunction with experimental results. The stationary structures throughout the experimentally proposed pathways have been optimized at the B3LYP/6-31+G(d,p) level of theory. The solvent effect is also taken into consideration.
Benzer Tezler
- Molecular modelling of GABA-AT reactivity: From small representative models to the full protein, from molecular mechanics to quantum chemistry, from static to dynamics
GABA-AT reaktivitesinin moleküler modellemesi: Küçük temsili modellerden tüm proteine, moleküler mekanikten kuantum kimyasına, statikten dinamiğe
HATİCE GÖKCAN
Doktora
İngilizce
2016
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
PROF. DR. GERALD MONARD
- GABA-AT'nin γ-vinyl-GABA tarafından etkisizleştirilmesi: Hesapsal bir yaklaşım
Inactivation of GABA-AT by γ-vinyl-GABA: A Computational Approach
AHMET TUNCER DURAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Unveiling mechanisms for electrical activity patterns in neurons and pituitary cells using mathematical modeling and analysis
Başlık çevirisi yok
SEVGİ ŞENGÜL
Doktora
İngilizce
2014
MatematikFlorida State UniversityMatematik Ana Bilim Dalı
DR. RICHARD BERTRAM
DR. JOEL TABAK
- Computational study on the side reactions of dopa decarboxylase
Dopa dekarboksilaz enziminin yan reaksiyonları üzerine hesapsal bir çalışma
ERDEM ÇİÇEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Monoamin oksidaz enziminin oksazolidinon ve benzeri heterosiklik bileşikler ile inaktivasyonunun kimyasal olarak modellenmesi
Chemical modelling of the inhibition of monoamine oxidase enzyme by oxazolidinone and similar heterocyclic compounds
ÜMÜT BOZ