Geri Dön

Genomic characterization of Pseudomonas aeruginosa clinical isolates by pulsed field gel electrophoresis method

Klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşların'da PFGE yöntemi ile genomik profil araştırması

PDF İndir

  1. Tez No: 371729
  2. Yazar: NADER ALIPOUR GHORBANI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FATİH YILDIZ, PROF. DR. RIZA DURMAZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
  6. Anahtar Kelimeler: Pulsed field Gel Elektrophorez, DNA parmak izi, Pseudomonas aeruginosa, Bronkoskope, Hastane enfeksiyonu, KBB, YBU, ÇID
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 267

Özet

.Pseudomonas aeruginosa hastane enfeksiyonlarının en yaygın sebebidir, özellikle yoğun bakım ünitelerinde, bronkoskopi, onkoloji, ve üroloji bölümlerinde görülmektedir. Bu çalışmanın amacı PFGE yöntemiyle P. aeruginosa klinik isolatlarının klonal ilişkisinin ve PFGE'nin cut off değerinin belirlenmesidir. 2006-2011 yılları arasında MESA özel hastanesi mikrobiyoloji bölümünün bakteri arşivinden elde edilen 58 klinik isolat nümunesi retrospektif ve genotipik olarak incelendi. PFGE, Refik Saydam Hıfzısıhha Merkezinde yapıldı. Isolatların ilaç direnç profili kontrol“fenotipik karakteri”olarak kullanıldı ve bunu gözlemlenen“A-Z”PFGE pulse tipleriyle mukayese edilerek, dendogramları çizildi. P. aeruginosa isolatlarının antibiyotiklere direnç oranları; chloramphenicol (% 60), gentamycine (% 55) ve imipineme (% 11), meropenem (% 39) pipracilin (% 31), ciproflaxacilin (% 10), ceftazidin (% 23), cefepim (% 6), cefoxitin (% 16), tobramycin (% 25), ve aztreonam (% 10), % 33 ise birden fazla ilaca direnç gösterdi. PFGE, SpeI restriksiyon enzimi ile yapıldığında % 95 üzeri cut off değeri 53 farklı pulse tipiyle sonuçlandı. Fakat cut off değeri % 80 üzerine indirildiğinde strainler 25 kümede toplanıldı. Her küme hastanenin farklı bir bölümünü temsil etmektedir. Dokuz sonuç ise kümelerin dışında ayrı olarak ve tek tek çıktı. Bu ikinci cut off ile aynı hastanın farklı isolat bakterileri aynı kümeye doğru yerleşti, halbuki bir önceki“cut off”ta çelişik, farklı genotiplerde çıktı. SpeI enziminin PFGE cut off değeri XbaI'nınkinden farklıdır. Tenover kriterleri, yeni enzimleri de kapsaması gerekmektedir. A-Z pulse tipleri gözlemlendi; özel pulse tipleri sadece bronkoskopi hastalarınını isolatlarında ve başka yerde görülmedi. Bronkoskopların doğru sterilizasyonu sonucunda yukardaki pulse tiplerinin görülme sayısı azaldı. Özel pulse tipler yoğun bakımda gözlemlendi. Çok sayıda ilaça dirençli strainlerin aynı genetik kaynaklı olduğu gösterildi. PFGE yoğun bakım ve bronkoskop ünitesinde ortak bir klonun varlığını gösterildi. Bunu bronkoskop alakalı enfeksiyon olarak tanımlandı. Adı geçen hastanenin yüksek hijyen seviyesi sayesinde hastadan hastaya bulaşma olmamasına rağmen, 2006-2011 yılları arasında aynı isolatların çıkmasının sebebinin, cihazlarda biyofilm oluşumu ve tıbbi cihazların, bronkoskop, oksijen maskesi, larinkoskopun, yanlış sterilizasyonu olabileceği tahmin edildi. Bu cihazlar bu hastanenin enfeksiyon kaynağı olabilir. Iatrogenik ve yatay geçiş ile oluşan enfeksiyonlardan sakınılabilmesi için enfeksiyon kontrol ölçümlerinin arttırılmsı gerekmektedir. Anti-biyotik direnç yöntemine dayalı morfolojik tipleme yöntemi, PFGE yöntemi ile tam örtüştü ve bulgularımızı yüksek hassasiyet ve güvenilirlik ile doğruladı. Aztreonam and colistin çok ilaça dirençli P .aeruginosa isolatlarına karşı en etkili madde olarak öne çıktı.

Özet (Çeviri)

.Pseudomonas aeruginosa is a common cause of nosocomial infections, particularly in intensive care units (ICUs), bronchoscopy, oncology, and urology. The aim of this study was to characterize P. aeruginosa clinical isolates clonally relatedness by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) typing and it's cut off value determination. We did retrospective study and analyzed genotypically a collection of 58 clinical isolates recovered during the period 2006–2011 from MESA private hospital microbiology department's bacterial archive, PFGE was carried out at the Rafık Saydam National Hygiene Center. We used isolates' drug resistance pattern as a control phenotypic character and compared it with observed“A-Z”PFGE pulsed types and drawn dendograms. Most of the Pseudomonas aeruginosa isolates were resistant to chloramphenicol (60 %), gentamycine (55 %) and to a lesser extent to imipenem (11 %), meropenem (39 %), pipracilin (31 %), ciprofloxacilin (10 %), ceftazidim (23 %), cefepim (6 %), cefoxitin (16 %), tobramycin (25 %), and aztreonam (10 %), 33 % were multidrug resistant. Pulsed-field gel electrophoresis with SpeI-digested genomic DNA resulted in 53 different pulsed types“With upper 95 % dice similarity cut off”, while with decreasing cut off value to upper 80 % dice similarity strains accumulated in 25 clusters each one representing different wards of hospital and nine individuals. This cut off value fully described same patients' different samples“Pseudomonas placement in a same cluster correctly, while former cut off value interpret them with contradiction in separate genotypes. PFGE cut- off value with SpeІ restriction enzyme is different from XbaІ. Tenover criteria, scales must be adjusted to such restriction enzymes due to halfing ”restriction fragment bands" numbers and scales. A-Z pulsed types were observed; special pulsed types were merely observed in bronchoscopy patients isolates and was not observed in other wards of hospital, with correct sterilization of bronchoscope, incidence of above pulsed types was decreased. Special pulsed types were observed in intensive care units (ICU). Multi drug resistant strains showed to be genetically identical origin. PFGE demonstrated the existence of a common clone in a (ICU) critical care area and bronchoscope unites due to this, we defined it bronchoscope related infection. Despite not existing horizontal transferring from patient to patient due to high level of hygiene plans of this hospital, isolating similar strain (Pseudomonas aeruginosa) between year 2006-2010 maybe due to biofilm formation and non-correct sterilization of medical equipments e.g. bronchoscope, Oxygen mask, laryngoscope These means may be sources of infection in this hospital. Reinforcement of infection control measurement is needed to avoid iatrogenic and horizontal transmission and severe infections. Morphological typing method based on anti-biotic Resistance method fully overlapped with PFGE method and confirmed our results in higher level of sensitivity and reliance. Aztreonam, colistin appeared to be the most effective agent against multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa isolates. KEYWORDS: Pulsed field gel Electrophoresis, DNA finger printing, Pseudomonas aeruginosa, Bronchoscope; Nosocomial infection BAL (Bronchial Aspirate lavage) ENT, ICU, MDR.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    879420

    Çoklu ilaç dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarına karşı litik bakteriyofajın izolasyonu, karakterizasyonu ve fajın n-asetil sistein ile biyofilm üzerindeki etkisi

    Isolation and characterization of a lytic bacteriophage against multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa isolates and its effect on n-acetyl cysteine and biofilm

    MAJDA LICINA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyoteknolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET YILMAZ ÇOBAN

  2. Tez No

    913337

    Isolation and characterization of bacteriophage against gram-negative bacterial species in diabetic foot ulcers

    Diyabetik ayak ülserinde gram negatif bakteri türlerine karşı bakteriyofajın izolasyonu ve karakterizasyonu

    QADAR AHMED ISSE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HATİCE GÜVENMEZ

  3. Tez No

    802030

    Deniz ortamlarından izole edilen Actinomycetes'lerin antibakteriyel karakterizasyonu

    Antibacterial characterization of Actinomycetes isolated from sea enviroments

    GÜLNİHAN SELİM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF ÖZLEM ARSLAN AYDOĞDU

  4. Tez No

    662011

    Boğaçay'ın (Antalya) denize döküldüğü alandaki çoklu antibiyotik dirençli bakterilerin yaz ve kış mevsimlerinde karakterizasyonu

    Characterization of multiple antibiotic resistant bacteria from disembogue area of Boğaçay (Antalya) during summer and winter seasons

    SİDE SELİN SU YİRMİBEŞOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BURCU EMİNE TEFON ÖZTÜRK

  5. Tez No

    337897

    Eskişehir-Kırka bor maden yatakları ve çevresinden bor toleransı yüksek bakterilerin izolasyonu, moleküler karakterizasyonu ve bor toleransı ile ilgili genlerin araştırılması

    Isolation and characterization of highly boron tolerant bacteria from Eskisehir-Kirka boron mine and surrounding regions and investigation of genes realated to boron tolerance

    NİHAN AKGÜÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyolojiMuğla Sıtkı Koçman Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. BEKİR ÇÖL

Geri Dön