Linkage and exome sequence analyses to identify disease genes
Hastalık genleri belirlemek için bağlantı ve eksom dizileme analizleri
- Tez No: 371781
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Kalıtsal bir hastalığın genetik temelinin belirlenmesi hastalığın moleküler mekanizması ile genin işlevi hakkında önemli bilgiler sağlar ve tedavi araçları geliştirilmesine katkıda bulunabilir. Bağlantı analizi hastalık geni bölgesi haritalamasında kullanılan en kuvvetli yöntemlerden biridir. Çekinik bir hastalıkta akraba evliliği yapmış bir aile hastalık geninin bulunduğu bölgenin belirlenmesinde çok yararlıdır, çünkü hastalar hastalık haplotipini homozigot şekilde, aynı ortak atadan kalıtırlar. Tüm eksom dizileme ise hastalığa neden olan mutasyonun belirlenmesi için çok yararlı bir yöntemdir. Bağlantı analizi ile hastalık geninin bölgesi belirlendikten sonra, eksom dizileme analizi aday bölgede hastalığa neden olan mutasyonun bulunması için uygulanabilir. Bu çalışamada, altı kalıtsal hastalıkta hastalık genlerinin bölgelerinin ve hastalığa neden olan gen kusurlarının bulunması hedeflendi. Çalışmaya katılan ailelerdeki hastalıklar şunlardır: Doğuştan Glikosilasyon Hastalığı (DGH), Miyozin Birikim Miyopatisi (MBM), Desmin Eksikliği Miyopatisi (DEM), Kalıtsal Beyin Tümörleri (KBT), Epilepsi ve Kas Distrofisi (KD). DGH için SRD5A3 geninde anlamsız p.W19X mutasyonu, MBM için MYH7 geninde yanlış anlamlı yeni p.R1820W mutasyonu ve DEM için DES geninde çerçeve kayması yeni p.N116Qfs*2 mutasyonu bulundu. KBT ailesinde ise üç mutasyon belirlendi: CARHSP1 geninde çerçeve kayması yeni p.E138Vfs*93, RGS22 geninde yanlış anlamlı yeni p.Y193C ile METTL22 geninde yanlış anlamlı yeni p.E363G. Epilepsi ailesinde hastalık geninin bölgesi bulunamadı. KD ailesinde ise LMNA geninde yeni eşanlamlı c.346C>T mutasyonu bulundu.
Özet (Çeviri)
Identification of the genetic basis of a hereditary disease provides important information about the molecular mechanism of the disease and the function of the gene and could contribute to the development of therapeutic means. Linkage analysis is one of the most powerful methods used to map a disease gene locus. For a recessive disease, a consanguineous family is important for the identification of the disease locus since the affected individuals share the disease haplotype in the homozygous state, descending from a single ancestor. Whole exome sequencing is a very efficient method for the identification of the causative mutation. After the identification of the disease gene locus by linkage analysis, exome sequence analysis can be applied to find the causative mutation at the candidate locus. In this study, identification of the disease loci and the causative gene defects for six inherited disorders were attempted. The study families were afflicted with Congenital Disorder of Glycosylation (CDG), Myosin Storage Myopathy (MSM), Desmin Deficiency Myopathy (DDM), Hereditary Brain Tumors (HBT), Epilepsy, or Muscular Dystrophy (MD). Stopgain mutation SRD5A3 p.W19X was found in CDG family, missense mutation p.R1820W in MHY7 was identified in MSM family, and frameshift mutation p.N116Qfs*2 in DES in DDM family. Three mutations were identified in HBT family: frameshift p.E138Vfs*93 in CARHSP1, missense p.Y193C in RGS22 and p.E363G in METTL22. In Epilepsy family no disease locus could be identified. Synonymous mutation LMNA c.346C>T was identified in MD family.
Benzer Tezler
- Disease gene identification using linkage and exome analyses
Bağlantı ve ekzom analizleri kullanarak hastalık geni keşfi
İLKER KARACAN
Doktora
İngilizce
2019
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Disease gene discovery by linkage mapping and exome analysis
Bağlantı haritalaması ve eksom analizi ile hastalık geni keşfi
ESRA YILDIZ BÖLÜKBAŞI
Doktora
İngilizce
2018
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESRİN ÖZÖREN
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Frontonazal nadir bir yüz malformasyonu ile ilişkili aday genlerde protein düzeyinde ın silico analiz
Protein level in silico analysis of a rare frontonasal facial malformation associated candidate genes
İSMİHAN ALP
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoenformatik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEREN SUCULARLI
- Yeni nesil dizileme sisteminin tanıda uygulanması ve sonuçların biyoinformatik yöntemlerle değerlendirilmesi
Application of new generation sequencing system to diagnosis and approach of bioinformatic tools
NARMIN AHMADOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Bilim ve TeknolojiEge ÜniversitesiBiyomedikal Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AFİG BERDELİ