Molecular mapping of quantitative trait loci conferring resistance to Verticillium wilt in cotton
Pamukta Verticillium solgunluğuna dayanıklılık sağlayan kantitatif karakter lokusların moleküler haritalanması
- Tez No: 371854
- Danışmanlar: PROF. DR. SAMİ DOĞANLAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Gossypium hirsutum, Pamuk, Vasküler hastalıklar, Verticillium dahliae, Gossypium hirsutum, Cotton, Vascular diseases, Verticillium dahliae
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Pamuk bitkisi birçok farklı sanayide ham madde olarak kullanılan doğal liflere sahip ekonomik değeri yüksek yenilebilir bir tarla bitkisidir. Pamuk üretiminde verimi etkileyen başlıca ana etmenlerden birisi Verticillium solgunluğu olarak tanımlanmaktadır. Verticillium hastalığını kontrol altına almak çeşitli sebeplerden dolayı henüz mümkün olmamıştır. Verticillium solgunluğuna karşı genetik çeşitliğinin yetersiz kalışı, hastalığa karşı direnç mekanizmaların yoksunluğu, dirençliliğin genetik altyapısının birden fazla gen bölgesi tarafından düzenlenmesi ve çevresel faktörlerden de önemli ölçüde etkilenmesinden dolayı ıslah çalışmaları ile başarılı bir sonuç alınamamıştır. Tüm bu durumlar göz önüne alındığında Verticillium hastalığına karşı dirençli yeni pamuk hatlarının geliştirilmesi kaçınılmaz bir noktaya gelmiştir. Bu çalışmamızın amacı moleküler markör teknolojileri kullanarak Verticillium solgunluğuna dayanıklı pamuk hatlarının geliştirilmesidir. Bu amaçla, birbirinden farklı 118 bireyden oluşan doğal pamuk popülasyonu Verticillium dahliae patojenine karşı 5 tekerrür halinde testlenerek hastalığa karşı fenotipik çeşitlilik gözlenmiştir. Popülasyonun polimorfizmin belirlenmesi amacıyla 100 SSR markörü bireylere uygulanmıştır. Popülasyonun yapısı STRUCTURE 2.2.3 ile belirlenmiştir. Analiz sonucunda popülasyon 2 gruba kümelenmiştir. Küme 1'de 44 birey varken küme 2'de 34 birey belirlenmiştir. 40 birey ise herhangi bir gruba atanamamıştır. Fenotipik çeşitlilik ile allelik veri arasındaki ilişki analizi TASSEL 2.1 ile gerçekleştirilmiştir. Çalışmamızın sonucunda, Verticillium solgunluğuna karşı dayanıklılık sağlayan gen bölgeleri ile ilişkili olan olası markörler belirlenmiştir. 30 SSR markörü Verticillium solgunluğu ile ilişkili bulunmuştur (p<0.05). En anlamlı p değerine sahip SSR lokusu p=0.0014 ile DPL080-238 olarak belirlenmiştir. En yüksek dominant allelik etki değerine sahip SSR lokusu DPL188-130 iken, en yüksek resesif allelik etkiye sahip DPL223-251 olarak bulunmuştur. Bu çalışmamız ile bulunan yüksek güvenirlilik değerine sahip SSR lokusları ileriki QTL çalışmalarında ve bu sayede Verticillium solgunluğuna dirençli hatların geliştirilmesi için kullanılacak moleküler ıslah yöntemleri çalışmalarına katkıda bulunacaktır.
Özet (Çeviri)
Cotton with its valuable natural fiber is an economically important field plant. Resistance against stress conditions and diseases are desired traits in cotton production. Verticillium wilt is one of the major factors resulting in huge cotton yield losses. Control of Verticillium disease has not been successful because of low genetic diversity and a complex disease mechanism. Moreover resistance against Verticillium wilt is a quantitative trait that is regulated by more than one gene and under environmental effects. Due to this complex inheritance, conventional breeding methods have not resulted in efficient resistance. Therefore, it is necessary to develop cotton lines resistant to Verticillium wilt using molecular breeding techniques. In this study we aimed to identify the quantitative trait loci which are responsible for Verticillium wilt resistance. For this purpose, we carried out a Verticillium wilt disease test in a natural population composed of 118 individuals. We inoculated the population with Verticillium dahliae in five replicates. After one month, the symptoms were examined and phenotypic variation was detected and scored. We then used 100 SSR markers for genotyping of the population. Population structure was determined with STRUCTURE 2.2.3. According to results, we determined two clusters. There were 44 and 34 individuals in the first and second clusters, respectively. A total of 40 individuals remained intermixed. Association analysis between phenotypic and allelic data was carried out with TASSEL 2.1. In this way we identified 30 SSR markers associated with Verticillium wilt resistance at a significance level of p<0.05. The most significant SSR locus was DPL080-238 (p=0.0014). Moreover, SSRs DPL188-130 and DPL223-251 showed the highest values for dominant and recessive allelic effects, respectively. We hope that our study will be helpful for the development of marker-assisted strategies for breeding of Verticillium wilt resistant cotton cultivars.
Benzer Tezler
- Solgunluk hastalığı (Verticillium dahliae Kleb.) ile ilişkili QTL bölgelerinin saf hat pamuk popülasyonunda (IS 8 x Orgosto 644) haritalanması
Mapping of QTLS associated with wilt disease (Verticillium dahliae Kleb.) in inbred line cotton population ( IS 8 x Orgosto 644)
HALİL TEKEREK
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ADEM BARDAK
DOÇ. DR. OKTAY ERDOĞAN
- Quantitative trait loci analysis (QTL) of fruit characteristics in tomato
Domateste meyve karakterleri için kantitatif karakter locus analizleri
BİLAL ÖKMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2008
Ziraatİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR
DOÇ. DR. ANNE FRARY
PROF. DR. AHMET YEMENİCİOĞLU
- Genome wide quantitative trait loci analysesof body composition and obesity
Vücut kompozisyonu ve obezitenin genom çapında kantitatif özellik lokusları analizleri
AYÇA DOĞAN
Doktora
İngilizce
2011
GenetikHumboldt-Unıversıtat Zu BerlınMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GUDRUN A. BROCKMANN
- Zeytinin (Olea europaea L.) yağındaki yağ asitlerinin bileşimini etkileyen gen veya gen bölgelerinin SNP moleküler işaretleyiciler kullanılarak haritalanması
Mapping of gene or genes effecting oil composition in olive using snp molecular markers
ALİ CAN KAYA
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiBursa Uludağ ÜniversitesiBitki Islahı Genetiği ve Biyoteknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERYEM İPEK
- Genetic characterization of 150 F6-inbread durum wheat lines derived from kunduru-1149xcham-1 cross using molecular markers and economically important traits
F6 kademesindeki kendilenmiş 150 kunduru-1149xcham-1 melezi makarnalık buğday hattının moleküler belirteçler ve ekonomiksel önemli karakterler kullanılarak genetik olarak tanımlanması
BELGİN GÖÇMEN