Ege bölgesi bağ alanlarında saptanan grapevine yellow speckle viroid-1 ve 2 (GYSVd-1 ve 2)'nin moleküler karakterizasyonu
Molecular characterization of grapevine yellow speckle viroid-1 and 2 detected in the Aegean region vineyards
- Tez No: 371938
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA GÜMÜŞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Bağ, GYSVd-1, GYSVd-2, Klonlama, Moleküler Karakterizasyon, Dizi Analizi, Vineyards, GYSVd-1, GYSVd-2, Cloning, Molecular Characterization, Sequencing
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
GYSVd-1 ve GYSVd-2 ülkemiz ve bölgemiz için önemli olan bağ alanlarında oldukça fazla rastlanan iki viroiddir. Pospiviroidae familyasına ait bu viroidler, asmalarda Bağ sarı benek (BSB) hastalığının etmenleridir. Bu çalışmada yerli ve yabancı çeşitlerle kurulu 'Manisa Bağcılık Araştırma İstasyonu Koleksiyon Bahçesi'nde yer alan GYSVd-1 ve 2 viroidleriyle enfekteli olduğu bilinen çeşitlerden alınan 49 bitki örneği RT-PCR ile testlenmiştir. Test sonucunda bahsedilen çeşitlerde bulunma durumları belirlenen izolatlardan rastgele bantlar seçilip çeşit bazında moleküler karakterizasyon çalışmalarına tabi tutulmuş ve dizi analizine gönderilmiştir. Dizi analizi sonucu farklı çeşitlerden elde edilen GYSVd-1 ve GYSVd-2 izolatları hem kendi aralarında hem de dünya izolatlarıyla karşılaştırılmıştır. Ayrıca karakterizasyonu gerçekleştirilen izolatlar biotin etiketli prob sentezinde kullanılmıştır. Yapılan benzerlik analizinin sonucunda farklı çeşitlerden elde edilen GYSVd-1 izolatlarının birbiriyle benzerlik oranları % 76-96 arasında değişmiştir. GYSd-1 izolatları Almanya, ABD, İtalya, Çin, Avustralya, Macaristan, Hindistan, İran, Kanada, Tayland ve Japonya izolatlarıyla benzer bulunurken; GYSVd-2 izolatlarının İran, Çin ve ABD izolatlarıyla benzer olduğu saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
GYSVd-1 and GYSVd-2 are two essential viroids that are widespread in the main vineyard of our country and region. As a member of Pospiviroidae family, these viroids are causal agents of Grapevine yellow speckle disease. In this research, fourty nine plant samples collected from 'Manisa Viticulture Research Station Collection Plot' known as infected by GYSVd-1 and GYSVd-2, were tested by RT-PCR. As a result of RT-PCR tests, the prevalence of these viroids were determined in this area. The plant samples were selected randomly for each variety for molecular characterization. We were cloned a viroid for every isolate. The cloned isolates were labelled by biotin for dot-blot hybridization and sequenced. The obtained sequences from different GYSVd-1 and GYSVd-2 isolates were analized with computer programes. They were aligned with each other and world izolates. As a result of the alingments, the similarity rates among different GYSVd-1 isolates varied between 76-96 %. Filogenetic analyses reaveled that GYSVd-1 isolates were more similar with the isolates from Germany, USA, Italy, China, Australia, Hungary, India, Iran, Canada, Thailand and Japan. On the other hand, GYSVd-2 isolates were found similar with the isolates from Iran, China and USA, when aligned with GYSVd-2 world isolates.
Benzer Tezler
- Manyas çevresinde şeker pancarlarında bulunan böcek türleri ve önemlilerinin populasyon yoğunlukları üzerinde incelemeler
Investigations on insect species found on sugar beets in Manyas and the population densities of important ones
GALİP KAŞKAVALCI
- Trakya Bölgesi şaraplık üzüm üretim ekonomisi ve pazarlaması üzerine bir araştırma
Başlık çevirisi yok
NALAN YÜKSEL DELİCE
- Ege bölgesi bağ alanlarında viroidlerin belirlenmesi üzerinde çalışmalar
Studies on determination of grapevine viroids in the aegean region vineyard areas
SERGÜL ÇOPUL
- Bağ alanlarında ölükol hastalığı etmeni phomopsis viticola (Sacc.) sacc. izolatlarındaki DSRNA'nın tanılanması, moleküler ve biyolojik karakterizasyonu ile hipovirülent etkisi
Identification, molecular and biological characterization of DSRNA in the isolates of phomopsis viticola (Sacc.) sacc, the causal agent of phomopsis cane and leaf spot disease, and hypovirulent effect
SAHRA HOSSEINALIZADEH
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatAydın Adnan Menderes ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP AÇIKGÖZ
- Alaşehir(Manisa) bölgesi bağ alanlarında kullanılan bazı pestisit kalıntılarının tayini
Researches of some pesticides residues analysis on grapes in Alaşehir(Manisa)
EMRAH GÖRMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
BiyolojiMuğla ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN SUNGUR CİVELEK