Geri Dön

Kitosan nano-parçacıkların pseudomonas aeruginosa üzerine antibakteriyel etkisinin ın silico ve ın vitro ortamlarda incelenmesi

The in silico and in vitro investigation of the antibacterial effect of chitosan nanoparticles on pseudomonas aeruginosa

PDF İndir

  1. Tez No: 377238
  2. Yazar: BUSECAN AKSOYDAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. FİGEN ESİN KAYHAN, YRD. DOÇ. DR. NÜZHET CENK SESAL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Marmara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 118

Özet

Bakteriler, biyofilm formuna geçerek birçok tıbbi vakanın oluşmasına sebep olmaktadırlar. Fırsatçı patojenlerden Pseudomonas aeruginosa da biyofilm oluşturarak ciddi enfeksiyonlara sebep olabilmektedir. P. aeruginosa'nın biyofilm oluşturmasında rol oynayan Quorum Sensing (QS) mekanizmasının aydınlatılması yeni ilaçların geliştirilmesine öncülük edebilecektir. İlaç geliştirmede uygun hedefin belirlenmesi önem taşımaktadır. Son yıllarda uygun hedef bölgenin belirlenmesinde in silico çalışmalar ön plana çıkmaktadır. In silico yöntemler ile ilaç moleküllerinin in vivo ya da in vitro olarak test edilmesi için harcanan zamandan ve maliyetten tasarruf sağlanması beklenmektedir. Bu bilgiler ışığında P. aeruginosa PAO1 suşunda antimikrobiyal etkinliği bilinen kitosan ve kitosan nanoparçacıklarının antibakteriyel ve anti-QS etkisinin in silico ve in vitro ortamlarda incelenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla P. aeruginosa PAO1 suşunun QS ve ikili bileşen sistemine ait proteinlerinin üç boyutlu yapıları ile kitosan ve kitosan nanoparçacık moleküllerinin üç boyutlu yapıları çeşitli veri bankalarından elde edilerek moleküler kenetlenme işlemine tabi tutulmuştur. Bununla birlikte kitosanın ve kitosan nanoparçacıkların in vitro olarak P. aeruginosa PAO1 suşu üzerinde antibakteriyel ve anti-QS etkileri incelenmiştir. QS mekanizmasına ait proteinlerle gerçekleştirilen in silico işlemler sonucunda, kitosan molekülleri kitosan nanoparçacık molekülüne göre daha iyi skor vermiştir. Antibakteriyel aktivitede etkili proteinlerde ise kitosan nanoparçacık molekülü, kitosan moleküllerine göre daha iyi skor vermiştir. In vitro deneylerde uygulanan düşük dozda kitosan ve kitosan nanoparçacık çözeltilerinin P. aeruginosa PAO1 suşu üzerinde antibakteriyel veya anti-QS etkisine rastlanılmamışken, yüksek dozda uygulanan çözeltilerde sırasıyla HMW > MMW > Kitosan > LMW olarak antimikrobiyal aktivite gözlenmiştir. Sonuç olarak, in silico uygulamalarda kullanılan moleküllerin stabilitesi, boyutları, programların algoritmaları arasındaki farklılıklar gibi etmenlerin in vitro şartlarla uyum sağladığı durumlarda, in silico verilerle in vitro verilerin birbirini destekleyebileceği görülmüştür. Temmuz / 2014 Busecan AKSOYDAN

Özet (Çeviri)

Bacteria may cause many different medical circumstances through their biofilm forms. Pseudomonas aeruginosa, one of the opportunistic pathogens, causes serious infections via biofilm formation as well. Elucidation of the Quorum Sensing (QS) mechanism, which plays a role in biofilm formation of P. aeruginosa, will be able to lead the development of new drugs. Determination of the appropriate target is carry weight in the developement of new drugs. Recently, in silico methods and studies have come into prominence for determination of the appropriate targets. In silico methods are expected to provide saving the cost and the time spent on testing the drug molecule candidates in vitro and in vivo. In the light of this information, the aim of our study is to investigate the antibacterial and anti-QS effects of the chitosan and chitosan nanoparticles, which are known for their antimicrobial effects, both in silico and in vitro on Pseudomonas aeruginosa PAO1 strain. The 3D structures of chitosan, chitosan nanoparticles and the proteins of P. aeruginosa PAO1 Quorum Sensing and Two Component System were downloaded from several databases, and several molecular docking studies were performed to this end. In addition, the antibacterial and anti-QS activities of chitosan and chitosan nanoparticles on P. aeruginosa PAO1 strain were investigated in vitro. The in silico results showed that chitosan molecules had better scores than chitosan nanoparticles on the proteins that play a role in QS mechanism. On the other hand, the chitosan nanoparticles had a better score than chitosan molecules on the proteins that are relevant to the antibacterial activity. As a result of in vitro experiments, neither antibacterial nor anti-QS effects on P.aeruginosa PAO1 strain were observed on the lower doses of chitosan and chitosan nanoparticles solutions, but we observed antimicrobial activities on the higher doses of HMW, MMW, Chitosan, LMW solutions, respectively. In conclusion, it seems possible that in silico and in vitro data could support each other under the appropriate conditions of adapted factors such as stability, size and dimension of the molecules in addition to the differences between the algorithms of programs used for in silico methods. July / 2014 Busecan AKSOYDAN

Benzer Tezler

  1. Tez No

    763219

    Antibacterial properties and osteoblast interactions of microfluidically synhtesized chitosan – spion composite nanoparticles under external static magnetic field

    Mikroakışkan yöntemi ile sentezlenmiş kitosan superparamanyetik demir oksit kompozit nanoparçacıklarının dış statik manyetik alan altında antibakteriyel özellikleri ve kemik hücresi etkileşimleri

    MELİSA KAFALI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyomühendislikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Metalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BATUR ERCAN

    DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE YEGAN ERDEM

  2. Tez No

    520254

    Interaction of Poly(vinyl alcohol) and chitosan coated iron oxide nanoparticles with cell membrane models

    Poli(vinil alkol) ve kitosan kaplı demir oksit nano parçacıklarının hücre zarı modelleri ile etkileşimleri

    ARİFE KUŞBAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Bilim ve Teknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Nanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATMA NEŞE KÖK

    DOÇ. DR. SEVİM İŞÇİ TURUTOĞLU

  3. Tez No

    903123

    Nano-mikro ölçekli parçacıklar için yeni filtre malzemesi geliştirilmesi

    Development of new filter materials for the nano and/or micro scale particles

    ZEKİ TOK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    KimyaDokuz Eylül Üniversitesi

    İş Sağlığı ve Güvenliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KADRİYE ERTEKİN

  4. Tez No

    546692

    Nano silika parçacıkların kitosan ile kaplanması ve adsorban olarak kullanımının incelenmesi

    Coating of nano silica particules with chitosan and investigation of using as adsorban

    NAZIM ÇELİK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Kimya MühendisliğiYıldız Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ELÇİN YILMAZ

  5. Tez No

    216197

    Bazı hidrojellerin ve polimer kaplı nanomanyetik parçacıkların yapılarının saxs yöntemi ile incelenmesi

    Structural investigation of some hydrogels and polymer coated nanomagnetic particles using saxs method

    PINAR BATAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    Fizik ve Fizik MühendisliğiHacettepe Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA İDE

Geri Dön