Site directed mutations of one of the plant pathogen effector gene for functional analysis
İşlevsel analiz için bitki pataojen efektör geninde yönlendirilmiş nokta mutasyonu
- Tez No: 381031
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Buğday (Triticum aestivum L.) dünyada ekilen en önemli tahıllardan biridir ve ana besin kaynaklarından biri olarak kullanılır. Ancak değişik biyotik ve abiyotik etkenler nedeniyle verimlilikte önemli kayıplar meydana gelmektedir. Biyotik etkenler arasında özellikle sarı pas en sık görülenlerdendir. Puccinia striiformis f. sp. tritici, sarı pas hastalığının nedensel etkeni olarak, bir obligat mantar patojenidir. Bu patojenlerin neden olduğu yüksek verim kayıplarıyla başa çıkmak için, moleküler düzeyde konak-patojen etkileşim araştırmaları, bilim insanlarının patojene karşı savaşta konumlarını kuvvetlendirecektir. Bu tez araştırmasında, Puccinia striiformis f. sp. tritici'nin aday efektör genlerinden birinde (PstHa2a5 / Yin et al., 2009) işlevsel analiz için yönlendirilmiş nokta mutasyonu (SDM) yapılmıştır. Bu efektörün amino asit dizisi, korunmuş bir FXC motifinin varlığını göstermektedir. Bu motifin işlevi henüz bilinmemektedir ancak proteinlerin hücre içi hedefleme için gerekli olduğundan şüphelenilmektedir. Mutasyona uğratılmış gen pK7WGF2 ve pK7FWG2 gateway hedef vektörlerine klonlanıp ilk olarak Agrobacterium tumefaciens'a elektroporasyon ile transfer edilip daha sonra Nicotiana benthamiana yapraklarına agrobacterium yolu ile gen transferi yapılmıştır. PstHa2a5'in SDM ile değişikliğe uğratılmış motifi hücre içi lokalizasyonundaki rolünü tespiti için N. benthamiana yaprak hücrelerinde ifade edilip, mikroskop altında modifiye edilmiş gene birleşik olarak ifade edilen yeşil floresan proteinini (GFP) takip ederek test edilmiştir.
Özet (Çeviri)
Wheat (Triticum aestivum L.) is one of the most important crops planted in the world and used as major food resource. Yet, there are major losses of productivity due to different biotic and abiotic destructive agents. Among the biotic factors especially the yellow rust is one of the most frequent. Yellow rust or also called“stripe rust”, due to stripe like appearances on the leaves, disease is caused by Puccinia striiformis f. sp. tritici, which is an obligate plant fungal pathogen. To cope with high yield losses caused by these pathogens, investigation of host-pathogen interaction at the molecular level can empower the scientists in fight against the pathogen. In this thesis research, one of the Puccinia striiformis f. sp. tritici candidate effector genes (PstHa2a5 / Yin et al., 2009) was studied for functional analysis by conducting site directed mutagenesis (SDM) on the gene. The amino acid sequence of this effector indicates the presence of a conserved FXC motif. The function of this motif is currently unknown but it is suspected that it is needed for intracellular targeting of effector proteins. Mutated versions of the gene were cloned into pK7WGF2 and pK7FWG2 gateway destination vectors to be transformed first into Agrobacterium tumefaciens by electroporation and then delivered into Nicotiana benthamiana leaves via agrobacterium-mediated gene transformation. The distorted motif of PstHa2a5 by SDM was tested for its role in intracellular localization of the protein. By expressing the mutant protein in N. benthamiana leave cells and tracking green fluorescent protein (GFP) expressed as a fusion to the modified gene, under microscope functional analysis were conducted.
Benzer Tezler
- Development of novel biocatalysts for industrial applications
Endüstriyel uygulamalar için yeni biyokatalizörlerin geliştirilmesi
BARIŞ BİNAY
- Glutamic acid 358 is important for the normal allosteric function and heterotetramer formation of potato adp-glucose pyrophosphorylase
Glutamik asit 358, patates adp-glikoz pirofosforilazının normal allosterik fonksiyonu ve heterotetramer oluşumu için önemlidir
KAAN KOPER
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Koç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- Sürdürülebilir toplu konut yerleşmesi tasarımı için Pareto genetik algoritmaya dayalı bir model önerisi: SSPM
A model for sustainable site layout design with pareto genetic algorithm: SSPM
YAZGI AKSOY
- Gen kontrol bölgelerinde yönlendirilmiş mutagenez ile yapılacak değişikliklerin ekspresyon üzerine etkilerinin penisilin asilaz (PA) modelinde incelenmesi ve ilgili klonda ekspresyonun gerçekleştiği promotorun belirlenmesi
The investigation of the effects of the modifications introduced by site-directed mutagenesis on the gene kontrol region on the penicillin acylase (PA) model system and determination of the promotor from which gene expression directed
SALİHA İŞSEVER ÖZTÜRK
- The effects of replacement of five highly conservedaminoacids of subunit-i in cbb3-type oxidase ofrhodobacter capsulatus
Rhodobacter capsulatus?un cbb3 tipi sitokrom oksidaz enziminin I. alt ünitesindeki korunmus bes amino asitin degistirilmesinin enzime etkiler
MEHMET ÖZTÜRK
