Geri Dön

Site directed mutations of one of the plant pathogen effector gene for functional analysis

İşlevsel analiz için bitki pataojen efektör geninde yönlendirilmiş nokta mutasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 381031
  2. Yazar: ZEMRAN MUSTAFA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biochemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 110

Özet

Buğday (Triticum aestivum L.) dünyada ekilen en önemli tahıllardan biridir ve ana besin kaynaklarından biri olarak kullanılır. Ancak değişik biyotik ve abiyotik etkenler nedeniyle verimlilikte önemli kayıplar meydana gelmektedir. Biyotik etkenler arasında özellikle sarı pas en sık görülenlerdendir. Puccinia striiformis f. sp. tritici, sarı pas hastalığının nedensel etkeni olarak, bir obligat mantar patojenidir. Bu patojenlerin neden olduğu yüksek verim kayıplarıyla başa çıkmak için, moleküler düzeyde konak-patojen etkileşim araştırmaları, bilim insanlarının patojene karşı savaşta konumlarını kuvvetlendirecektir. Bu tez araştırmasında, Puccinia striiformis f. sp. tritici'nin aday efektör genlerinden birinde (PstHa2a5 / Yin et al., 2009) işlevsel analiz için yönlendirilmiş nokta mutasyonu (SDM) yapılmıştır. Bu efektörün amino asit dizisi, korunmuş bir FXC motifinin varlığını göstermektedir. Bu motifin işlevi henüz bilinmemektedir ancak proteinlerin hücre içi hedefleme için gerekli olduğundan şüphelenilmektedir. Mutasyona uğratılmış gen pK7WGF2 ve pK7FWG2 gateway hedef vektörlerine klonlanıp ilk olarak Agrobacterium tumefaciens'a elektroporasyon ile transfer edilip daha sonra Nicotiana benthamiana yapraklarına agrobacterium yolu ile gen transferi yapılmıştır. PstHa2a5'in SDM ile değişikliğe uğratılmış motifi hücre içi lokalizasyonundaki rolünü tespiti için N. benthamiana yaprak hücrelerinde ifade edilip, mikroskop altında modifiye edilmiş gene birleşik olarak ifade edilen yeşil floresan proteinini (GFP) takip ederek test edilmiştir.

Özet (Çeviri)

Wheat (Triticum aestivum L.) is one of the most important crops planted in the world and used as major food resource. Yet, there are major losses of productivity due to different biotic and abiotic destructive agents. Among the biotic factors especially the yellow rust is one of the most frequent. Yellow rust or also called“stripe rust”, due to stripe like appearances on the leaves, disease is caused by Puccinia striiformis f. sp. tritici, which is an obligate plant fungal pathogen. To cope with high yield losses caused by these pathogens, investigation of host-pathogen interaction at the molecular level can empower the scientists in fight against the pathogen. In this thesis research, one of the Puccinia striiformis f. sp. tritici candidate effector genes (PstHa2a5 / Yin et al., 2009) was studied for functional analysis by conducting site directed mutagenesis (SDM) on the gene. The amino acid sequence of this effector indicates the presence of a conserved FXC motif. The function of this motif is currently unknown but it is suspected that it is needed for intracellular targeting of effector proteins. Mutated versions of the gene were cloned into pK7WGF2 and pK7FWG2 gateway destination vectors to be transformed first into Agrobacterium tumefaciens by electroporation and then delivered into Nicotiana benthamiana leaves via agrobacterium-mediated gene transformation. The distorted motif of PstHa2a5 by SDM was tested for its role in intracellular localization of the protein. By expressing the mutant protein in N. benthamiana leave cells and tracking green fluorescent protein (GFP) expressed as a fusion to the modified gene, under microscope functional analysis were conducted.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    332999

    Development of novel biocatalysts for industrial applications

    Endüstriyel uygulamalar için yeni biyokatalizörlerin geliştirilmesi

    BARIŞ BİNAY

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

    PROF. NICHOLAS JAMES TURNER

  2. Tez No

    439512

    Sürdürülebilir toplu konut yerleşmesi tasarımı için Pareto genetik algoritmaya dayalı bir model önerisi: SSPM

    A model for sustainable site layout design with pareto genetic algorithm: SSPM

    YAZGI AKSOY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Mimarlıkİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilişim Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. GÜLEN ÇAĞDAŞ

  3. Tez No

    476169

    Anoxybacillus gonensis g2t glukoz izomerasının kinetik ve bazı biyokimyasal parametrelerinin g33d, n138g, t144s, v293ı, v32ı, e373k ve v380ı bölge spesifik mutasyonları ile geliştirilmesi

    Improvoment of kinetic and some biochemical parameters of glucose isomerase from anoxybacillus gonensis g2t by site directed mutagenesis g33d, n138g, t144s, v293i, v32i, e373k and v380i

    PELİN BAK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Su ÜrünleriRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HAKAN KARAOĞLU

    YRD. DOÇ. DR. FATİH ŞABAN BERİŞ

    YRD. DOÇ. DR. DERYA EFE

  4. Tez No

    842126

    P53-TAD'nin DNA-PK enzimi tarafından fosforilasyonunun incelenmesi

    Investigation of phosphorylation of p53-TAD by DNA-PK enzyme

    MERVE ATEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyokimyaRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SERAP PEKTAŞ

  5. Tez No

    786791

    Functional evaluation of gr acetylation in ahepatocyte cell line

    Başlık çevirisi yok

    ULAŞ KAPLAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyokimyaFriedrich-Schiller-Universität Jena

    PROF. DR. THORSTEN HEİNZEL

    PROF. DR. ARİA BANİAHMAD

Geri Dön