Enzim aktif merkezleri temel alınarak aminoasitlerin metal iyonu şelatlama özelliklerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Investigation of amino acid-metal ion chelating properties based on enzyme active centers by molecular modeling
- Tez No: 382602
- Danışmanlar: PROF. FİGEN ZİHNİOĞLU, DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Biyokimya, Biyoteknoloji, Chemistry, Biochemistry, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İlaç ve geçiş metalleri arasındaki etkileşimlerin incelenmesi önemli bir araştırma alanıdır. Metal kompleksleri antibakteriyel, antifungal ve antikanser aktivite gösterir. Ayrıca yapılan çalışmalarda, amino asit-ligand etkileşimine dayalı ilaçların yüksek verimli olduğu tespit edilmiştir. Metal iyonlarının, ilacın kullanımı sırasında biyolojik proseslerde çok önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, bakır iyonlarının (Cu+ ve Cu2+) histidin ile şelat yapabilen komplekslerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesidir. Bu çalışmada metal iyonlarının oluşan komplekslerin yapısı ve kimyasal davranışları üzerindeki etkileri belirlendi; etkileşim tipleri, etkileşim bölgeleri ve konformasyonel değişiklikler incelendi. Çalışmanın ilk aşamasında Histidinin tüm formları için konformasyonel analiz yoluyla başlangıç geometrileri belirlendi. Elde edilen konformerler B3LYP/cc-PVTZ seviyesinde optimize edildi ve en kararlı yapılar belirlendi. En kararlı geometrilerin Cu+ ve Cu2+ ile etkileşimleri B3LYP/GEN seviyesinde C, H, O, N atomları için cc-PVTZ, Cu için LANL2DZ baz setleri tanımlanarak incelendi. Hesaplamalar vakumda (gaz fazı) ve Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılarak çözücüde yapıldı. Sonuçlarımız His'in Cu'ya seçici olarak bağlandığını ve çözücünün bu bağlanmayı etkilediğini göstermektedir .
Özet (Çeviri)
Investigation of drug-transition metal interactions is an amportant and active research area. Many metal complexes display antibacterial, antifungal and anticancer activities. It also has been found that amino acid-ligand based drugs are highly efficient. It is well known that metal ions might play a vital role during the biological process of drug utilization in the body. The present study investigates the histidine (His) complexes with Cu+ and Cu2+ by molecular modeling. In this study, effects of metal ions on the structures of formed complexes and on their chemical properties were determined. Interaction types, interaction sites and conformational changes caused by those interactions were investigated. Initial geometries for all histidine forms were determined by conformational analyses. These structures were optimized at B3LYP/cc-PVTZ level and the most stable conformers were determined. Most stable geometries were than selected to interact with Cu+ and Cu2+ ions at B3LYP/GEN level where GEN basis set was defined as cc-PVTZ for C, O, N, H and LANL2DZ for copper. Calculations have been performed in vacuum (gas phase) and in solution using the Polarizable Continuum Model (PCM). Our results indicate that Cu binding to His is selective and the environment (solvent) strongly affects the complex formation.
Benzer Tezler
- İnsan protein disülfit izomeraz (hPD) enzim aktivitesinin in vitro mutasyon çalışmaları ile araştırılması
Başlık çevirisi yok
GÜLİN GÜLER
- A multiscale computational study to elucidate dynamics, reactivity, and inhibition of enzymes
Enzimlerin dinamiğinin, reaktivitesinin ve inhibisyonunun aydınlatılmasına yönelik hesaplamalı bir çalışma
ERDEM ÇİÇEK
Doktora
İngilizce
2025
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Non-heme enzimlerde ikincil koordinasyon küresi etkilerini temel alarak yeni aktif merkezlerin modellenmesi
Active center design of non-heme enzymes based on secondary sphere effects
MUHAMMED BÜYÜKTEMİZ
- Piridazinon-üre türevi yeni bileşiklerin sentezi ve biyolojik aktiviteleri üzerine çalışmalar
Studies on synthesis and biological activity of novel pyridazinon-urea derivatives
AROOJ BAKHT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Eczacılık ve FarmakolojiGazi ÜniversitesiFarmasötik Kimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERDEN BANOĞLU
- Effect of extreme conditions on enzyme profiles:cytochrome P450 systems as a case study
Ekstrem koşulların enzim profilleri üzerindekietkisi: sitokrom P450 sistemleri
HANDE MUMCU
Doktora
İngilizce
2026
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
