Geri Dön

Enzim aktif merkezleri temel alınarak aminoasitlerin metal iyonu şelatlama özelliklerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi

Investigation of amino acid-metal ion chelating properties based on enzyme active centers by molecular modeling

  1. Tez No: 382602
  2. Yazar: AZADEH MANZARZADEH
  3. Danışmanlar: PROF. FİGEN ZİHNİOĞLU, DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Kimya, Biochemistry, Biotechnology, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 83

Özet

İlaç ve geçiş metalleri arasındaki etkileşimlerin incelenmesi önemli bir araştırma alanıdır. Metal kompleksleri antibakteriyel, antifungal ve antikanser aktivite gösterir. Ayrıca yapılan çalışmalarda, amino asit-ligand etkileşimine dayalı ilaçların yüksek verimli olduğu tespit edilmiştir. Metal iyonlarının, ilacın kullanımı sırasında biyolojik proseslerde çok önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, bakır iyonlarının (Cu+ ve Cu2+) histidin ile şelat yapabilen komplekslerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesidir. Bu çalışmada metal iyonlarının oluşan komplekslerin yapısı ve kimyasal davranışları üzerindeki etkileri belirlendi; etkileşim tipleri, etkileşim bölgeleri ve konformasyonel değişiklikler incelendi. Çalışmanın ilk aşamasında Histidinin tüm formları için konformasyonel analiz yoluyla başlangıç geometrileri belirlendi. Elde edilen konformerler B3LYP/cc-PVTZ seviyesinde optimize edildi ve en kararlı yapılar belirlendi. En kararlı geometrilerin Cu+ ve Cu2+ ile etkileşimleri B3LYP/GEN seviyesinde C, H, O, N atomları için cc-PVTZ, Cu için LANL2DZ baz setleri tanımlanarak incelendi. Hesaplamalar vakumda (gaz fazı) ve Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılarak çözücüde yapıldı. Sonuçlarımız His'in Cu'ya seçici olarak bağlandığını ve çözücünün bu bağlanmayı etkilediğini göstermektedir .

Özet (Çeviri)

Investigation of drug-transition metal interactions is an amportant and active research area. Many metal complexes display antibacterial, antifungal and anticancer activities. It also has been found that amino acid-ligand based drugs are highly efficient. It is well known that metal ions might play a vital role during the biological process of drug utilization in the body. The present study investigates the histidine (His) complexes with Cu+ and Cu2+ by molecular modeling. In this study, effects of metal ions on the structures of formed complexes and on their chemical properties were determined. Interaction types, interaction sites and conformational changes caused by those interactions were investigated. Initial geometries for all histidine forms were determined by conformational analyses. These structures were optimized at B3LYP/cc-PVTZ level and the most stable conformers were determined. Most stable geometries were than selected to interact with Cu+ and Cu2+ ions at B3LYP/GEN level where GEN basis set was defined as cc-PVTZ for C, O, N, H and LANL2DZ for copper. Calculations have been performed in vacuum (gas phase) and in solution using the Polarizable Continuum Model (PCM). Our results indicate that Cu binding to His is selective and the environment (solvent) strongly affects the complex formation.

Benzer Tezler

  1. Non-heme enzimlerde ikincil koordinasyon küresi etkilerini temel alarak yeni aktif merkezlerin modellenmesi

    Active center design of non-heme enzymes based on secondary sphere effects

    MUHAMMED BÜYÜKTEMİZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyokimyaGazi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YAVUZ DEDE

  2. Benzotiyazol içeren Schiff bazı türevlerinin sentezi, karakterizasyonu, antioksidan ve enzim aktivitelerinin incelenmesi

    Synthesis, characterization, investigation of antioxidant and enzyme activities of Schiff base derivatives containing benzothiazole

    ESRA SEVİMLİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    KimyaBursa Teknik Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ BAYBARS KÖKSOY

  3. Metalliftalosiyanin temelli iletken redoks aktif polimerlerin geliştirilmesi ve elektrokimyasal pestisit sensörü olarak kullanımları

    Development of metallophthalocyanine based conducting redox active polymers and their applications as electrochemical pesticide sensors

    ÜMİT ERGİN ÖZEN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    KimyaMarmara Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ RIZA ÖZKAYA

    PROF. DR. ATIF KOCA

  4. Asimetrik aldol tepkimeleri için yeni bir katalizör: Homoboroprolin'in asimetrik katalizör etkisinin modellenmesi

    A novel catalyst for asymmetric aldol reactions: Modelling the effect of Homoboroproline as asymmetric catalyst

    HABİBE DÜLGER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    KimyaAhi Evran Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NADİR DEMİREL

    PROF. DR. SAFİYE ERDEM