Enzim aktif merkezleri temel alınarak aminoasitlerin metal iyonu şelatlama özelliklerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi
Investigation of amino acid-metal ion chelating properties based on enzyme active centers by molecular modeling
- Tez No: 382602
- Danışmanlar: PROF. FİGEN ZİHNİOĞLU, DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoteknoloji, Kimya, Biochemistry, Biotechnology, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 83
Özet
İlaç ve geçiş metalleri arasındaki etkileşimlerin incelenmesi önemli bir araştırma alanıdır. Metal kompleksleri antibakteriyel, antifungal ve antikanser aktivite gösterir. Ayrıca yapılan çalışmalarda, amino asit-ligand etkileşimine dayalı ilaçların yüksek verimli olduğu tespit edilmiştir. Metal iyonlarının, ilacın kullanımı sırasında biyolojik proseslerde çok önemli bir rol oynadığı bilinmektedir. Bu çalışmanın amacı, bakır iyonlarının (Cu+ ve Cu2+) histidin ile şelat yapabilen komplekslerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesidir. Bu çalışmada metal iyonlarının oluşan komplekslerin yapısı ve kimyasal davranışları üzerindeki etkileri belirlendi; etkileşim tipleri, etkileşim bölgeleri ve konformasyonel değişiklikler incelendi. Çalışmanın ilk aşamasında Histidinin tüm formları için konformasyonel analiz yoluyla başlangıç geometrileri belirlendi. Elde edilen konformerler B3LYP/cc-PVTZ seviyesinde optimize edildi ve en kararlı yapılar belirlendi. En kararlı geometrilerin Cu+ ve Cu2+ ile etkileşimleri B3LYP/GEN seviyesinde C, H, O, N atomları için cc-PVTZ, Cu için LANL2DZ baz setleri tanımlanarak incelendi. Hesaplamalar vakumda (gaz fazı) ve Polarizable Continuum Model (PCM) kullanılarak çözücüde yapıldı. Sonuçlarımız His'in Cu'ya seçici olarak bağlandığını ve çözücünün bu bağlanmayı etkilediğini göstermektedir .
Özet (Çeviri)
Investigation of drug-transition metal interactions is an amportant and active research area. Many metal complexes display antibacterial, antifungal and anticancer activities. It also has been found that amino acid-ligand based drugs are highly efficient. It is well known that metal ions might play a vital role during the biological process of drug utilization in the body. The present study investigates the histidine (His) complexes with Cu+ and Cu2+ by molecular modeling. In this study, effects of metal ions on the structures of formed complexes and on their chemical properties were determined. Interaction types, interaction sites and conformational changes caused by those interactions were investigated. Initial geometries for all histidine forms were determined by conformational analyses. These structures were optimized at B3LYP/cc-PVTZ level and the most stable conformers were determined. Most stable geometries were than selected to interact with Cu+ and Cu2+ ions at B3LYP/GEN level where GEN basis set was defined as cc-PVTZ for C, O, N, H and LANL2DZ for copper. Calculations have been performed in vacuum (gas phase) and in solution using the Polarizable Continuum Model (PCM). Our results indicate that Cu binding to His is selective and the environment (solvent) strongly affects the complex formation.
Benzer Tezler
- İnsan protein disülfit izomeraz (hPD) enzim aktivitesinin in vitro mutasyon çalışmaları ile araştırılması
Başlık çevirisi yok
GÜLİN GÜLER
- Non-heme enzimlerde ikincil koordinasyon küresi etkilerini temel alarak yeni aktif merkezlerin modellenmesi
Active center design of non-heme enzymes based on secondary sphere effects
MUHAMMED BÜYÜKTEMİZ
- Benzotiyazol içeren Schiff bazı türevlerinin sentezi, karakterizasyonu, antioksidan ve enzim aktivitelerinin incelenmesi
Synthesis, characterization, investigation of antioxidant and enzyme activities of Schiff base derivatives containing benzothiazole
ESRA SEVİMLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
KimyaBursa Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BAYBARS KÖKSOY
- Metalliftalosiyanin temelli iletken redoks aktif polimerlerin geliştirilmesi ve elektrokimyasal pestisit sensörü olarak kullanımları
Development of metallophthalocyanine based conducting redox active polymers and their applications as electrochemical pesticide sensors
ÜMİT ERGİN ÖZEN
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
KimyaMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ RIZA ÖZKAYA
PROF. DR. ATIF KOCA
- Asimetrik aldol tepkimeleri için yeni bir katalizör: Homoboroprolin'in asimetrik katalizör etkisinin modellenmesi
A novel catalyst for asymmetric aldol reactions: Modelling the effect of Homoboroproline as asymmetric catalyst
HABİBE DÜLGER
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
KimyaAhi Evran ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NADİR DEMİREL
PROF. DR. SAFİYE ERDEM