Samsun ve Giresun illerinden alınan su örneklerinde giardia intestinalis'in moleküler teknikler kullanılarak tespit edilmesi
Detection of giardia intestinalis in the water samples of Samsun and Giresun provinces by molecular techniques
- Tez No: 382902
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEYNEP KOLÖREN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Halk Sağlığı, Moleküler Tıp, Parazitoloji, Public Health, Molecular Medicine, Parasitology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ordu Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 144
Özet
Bu çalışmada, 2012, 2013 sonbahar; 2013, 2014 ilkbahar aylarında Giresun ve Samsun illerinde belirlenen toplam 45 istasyondan 420 çevresel, 120 içme suyu örneği alınmıştır. Alınan su örneklerinden DNA izole edilerek Nested PZR ile 18S rRNA geni, Semi Nested PZR ile GDH hedef geni ve İlmiğe Dayalı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) metotlarıyla G.intestinalis'in varlığı araştırılmıştır. Kullanılan üç metotla, Samsun ve Giresun illerinden alınan içme suyu örneklerinin hiç birinde Giardia DNA'sına rastlanılmamıştır. Samsun il ve ilçelerinden alınan 240 çevresel su örneğinin 141'i (%58.7) LAMP yöntemi ile, 125'i (%52.1) Nested PZR yöntemiyle, 120'si (%50) Semi Nested PZR yöntemi ile pozitif bulunmuştur. Giresun il ve ilçelerinden alınan 180 çevresel su örneğinde LAMP yöntemiyle 55 (%30.5), Nested PZR ile 50 (%27.8), Semi Nested PZR yöntemiyle 47 (%26.1) Giardia DNA'sı tespit edilmiştir. Semi Nested PZR yöntemiyle pozitif olan örnekler PCR-RFLP tekniği kullanılarak N1aIV restrüksiyon enzimiyle kesilmiştir. Elde edilen kesim ürünleri değerlendirildiğinde tüm pozitif örneklerin Giardia altgrup BIII ve BIV olduğu gözlenmiştir. 18S rRNA gen bölgesinin çoğaltıldığı PCR ürünlerinden 25 örneğin sekansı alınmıştır. Samsun ve Giresun il sınırlarında yer alan çevresel ve içme suyu kaynaklarında su kökenli protozoonlar ile ilgili çalışmalar yok denecek kadar azdır. Bu tez çalışmasıyla araştırma alanında su kirliliğine neden olan su kökenli protozoon G. intestinalis'in tespiti uluslararası kabul görmüş moleküler tekniklerle sağlanmıştır. Gerek bölgedeki halk sağlığı için tehlikeli protozoonun varlığının tespitiyle halk sağlığını korumaya yönelik temel bir çalışma olması gerekse yapılacak diğer çalışmalar için kaynak oluşturması bu çalışmanın önemini vurgulamaktadır.
Özet (Çeviri)
Thirty-one environmental water and 25 drinking water samples were collected from Ordu In this study, 420 environmental samples and 120 drinking water samples were collected from a total of 45 stations of Samsun and Giresun Provinces in the period of 2012, 2013 fall and 2013,2014 spring. DNA isolated from water samples were investigated by Nested PCR for 18S rRNA gene and Semi Nested PCR for GDH target gene and Loop mediated isothermal amplification (LAMP). There are not any Giardia's DNA by this three methods was found in drinking water samples collected from Samsun and Giresun Provinces. One hundred fourty one (%58.7), 125 (%52.1) and 120 (%50) of 240 environmental samples has been found positive by LAMP, Nested PCR and Semi Nested PCR, respectively in the province of Samsun. Fifty five (%30.5), 50 (%27.8), 47 (%26.1) of 180 environmental samples were positive by LAMP, Nested PCR and Semi Nested PCR, respectively in the province of Giresun. The samples of which are positive by Semi Nested PCR has been cut with N1aIV restriction enzyme by using PCR-RFLP method. When the resulting of cut products evaluated, all positive samples have been observed as BIII and BIV of Giardia subgroups. The sequence of twenty five samples which are 18S rRNA gene PCR products has been obtained. There are a few study about water-borne protozoans in environmental and drinking water resources of Samsun and Giresun Province. The water-borne protozoan G.intestinalis which are causes of water pollution in the investigated region were determined by the internationally accepted molecular techniques in this thesis research. The importance of this study was to establish both a basic work for protecting public health by detecting the presence of the dangerous protozoan in the investigated area and the source for other next studies.
Benzer Tezler
- Giresun ve Samsun illerinden alınan su örneklerinde Cryptosporidium spp.'nin moleküler teknikler kullanılarak araştırılması
Investigation on Cryptosporidium spp. by using molecular technics in water samples collected from provinces of Giresun and Samsun in Turkey.
EMİNE AYAZ
- Samsun ve çevresindeki içme sularında polisiklik aromatik hidrokarbonların (PAH) kromatografik yöntemlerle tayini
Determination of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) by chromatographic methods in drinking water of Samsun and it?s around
BURCU BAĞCEVAN
- Acarlar longoz ormanı Phenopelopidae ve Punctoribatidae türleri üzerine sistematik araştırmalar
Systematic research on Phenopelopidae and Punctoribatidae species in acarlar floodplain forest
AYŞENUR BİLGİN
- Ülkemizde yetişen kültür ve yabani maviyemiş bitkilerindeki 'Blueberry mosaic associated vırus' izolatlarının kısmi sekans analizleri
Partial genomic analysis of blueberry mosaic associated virus isolated from wild and cultivated blueberry plants in Turkey
HATİCE ASİL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KADRİYE ÇAĞLAYAN
- Karayaka koyun ırkının genetik karakterizasyonu
The genetic characterization of Karayaka sheep breed
KORAY KIRIKÇI
Doktora
Türkçe
2017
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiZootekni Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET AKİF ÇAM